More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7614 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7614  nickel transporter permease NikB  100 
 
 		 314 aa  620  1e-176  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0803  nickel transporter permease NikB  81.53 
 
 		 314 aa  523  1e-147  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.226349  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0753  nickel transporter permease NikB  81.21 
 
 		 314 aa  520  1e-146  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2276  nickel transporter permease NikB  80.97 
 
 		 314 aa  502  1e-141  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.293593  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4817  nickel transporter permease NikB  68.51 
 
 		 314 aa  438  9.999999999999999e-123  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03326  nickel transporter subunit  68.18 
 
 		 314 aa  437  1e-121  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3959  nickel transporter permease NikB  68.18 
 
 		 314 aa  437  1e-121  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0238  nickel ABC transporter, permease subunit NikB  68.18 
 
 		 314 aa  437  1e-121  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3761  nickel transporter permease NikB  68.18 
 
 		 314 aa  437  1e-121  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3844  nickel transporter permease NikB  68.18 
 
 		 314 aa  437  1e-121  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3676  nickel transporter permease NikB  68.18 
 
 		 314 aa  437  1e-121  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03279  hypothetical protein  68.18 
 
 		 314 aa  437  1e-121  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0239  nickel transporter permease NikB  68.18 
 
 		 314 aa  437  1e-121  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6075  nickel transporter permease NikB  67.74 
 
 		 319 aa  433  1e-120  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1835  nickel transporter permease NikB  69.48 
 
 		 314 aa  417  9.999999999999999e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.829834  hitchhiker  0.0019148 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3006  nickel transporter permease NikB  65.15 
 
 		 313 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0438476  normal  0.3014 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3343  nickel transporter permease NikB  65.47 
 
 		 313 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0350  nickel ABC transporter, permease subunit NikB  53.25 
 
 		 310 aa  349  3e-95  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1322  nickel transport system permease protein NikB  53.07 
 
 		 310 aa  349  4e-95  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00196564  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2401  nickel transporter permease NikB  60.06 
 
 		 313 aa  337  9.999999999999999e-92  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1031  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.87 
 
 		 312 aa  332  5e-90  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0169288  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.47 
 
 		 312 aa  291  9e-78  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.81 
 
 		 316 aa  276  4e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0021  nickel ABC transporter, permease subunit NikB  40.65 
 
 		 311 aa  261  1e-68  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00143513  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.21 
 
 		 306 aa  244  1.9999999999999999e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.333133  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.74 
 
 		 306 aa  243  3.9999999999999997e-63  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  40 
 
 		 339 aa  241  2e-62  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0719  hypothetical protein  40 
 
 		 316 aa  237  2e-61  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.870853 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.02 
 
 		 334 aa  232  5e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.41 
 
 		 324 aa  232  5e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.86 
 
 		 335 aa  232  6e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.96 
 
 		 336 aa  231  8.000000000000001e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.532586  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0270  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.81 
 
 		 321 aa  230  2e-59  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.350596  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3675  oligopeptide ABC transporter, permease  38.39 
 
 		 316 aa  229  4e-59  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0490538 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0066  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.46 
 
 		 334 aa  229  4e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2054  peptide ABC transporter permease  38.02 
 
 		 336 aa  228  1e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0359637  normal  0.365039 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0391  Nickel-transporting ATPase  39.16 
 
 		 334 aa  227  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.941274  normal  0.201292 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1434  peptide ABC transporter, permease protein  38.74 
 
 		 326 aa  226  3e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.393954  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0511  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.85 
 
 		 314 aa  226  3e-58  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4456  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.02 
 
 		 307 aa  226  5.0000000000000005e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.30112  hitchhiker  0.0000547502 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3774  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.89 
 
 		 320 aa  226  5.0000000000000005e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.542684  normal  0.67395 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.76 
 
 		 335 aa  226  6e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.948745  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2196  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.31 
 
 		 334 aa  226  6e-58  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.45 
 
 		 322 aa  225  9e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.414511 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3392  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.45 
 
 		 322 aa  225  9e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.45 
 
 		 322 aa  225  9e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0476049  normal  0.20897 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3232  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  39.22 
 
 		 335 aa  224  1e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.624237  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4385  oligopeptide ABC transporter, permease protein  37.22 
 
 		 316 aa  224  1e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.02052e-22 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.22 
 
 		 335 aa  224  1e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0804  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.22 
 
 		 316 aa  224  1e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00583871  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0823  oligopeptide ABC transporter, permease  37.22 
 
 		 316 aa  224  2e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.164685  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3964  hypothetical protein  38.62 
 
 		 335 aa  223  2e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.1929 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0946  oligopeptide ABC transporter, permease protein  37.22 
 
 		 316 aa  224  2e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.170303  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.25 
 
 		 334 aa  224  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0103751  normal  0.0395583 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1001  oligopeptide ABC transporter, permease protein  37.54 
 
 		 316 aa  223  3e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0808  oligopeptide ABC transporter, permease  36.91 
 
 		 316 aa  223  3e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.282065  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 		 334 aa  223  3e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13220  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  40.32 
 
 		 308 aa  223  4e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.444748  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 		 309 aa  223  4e-57  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0997  oligopeptide ABC transporter, permease protein  36.91 
 
 		 316 aa  223  4.9999999999999996e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  5.28482e-62 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.29 
 
 		 306 aa  222  7e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.64 
 
 		 336 aa  222  8e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.88 
 
 		 335 aa  222  8e-57  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.905382  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1517  peptide ABC transporter, permease protein  38.19 
 
 		 314 aa  221  9.999999999999999e-57  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0892192  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0859  oligopeptide ABC transporter permease  36.91 
 
 		 316 aa  221  9.999999999999999e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0909  oligopeptide ABC transporter permease protein  36.91 
 
 		 316 aa  221  9.999999999999999e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0836804  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0274  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.95 
 
 		 312 aa  221  9.999999999999999e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.6 
 
 		 314 aa  221  9.999999999999999e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4297  alkaline phosphatase  39.4 
 
 		 336 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.259448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4239  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.7 
 
 		 336 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0349667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2357  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.81 
 
 		 336 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0452163  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.53 
 
 		 316 aa  221  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0881  alkaline phosphatase  39.4 
 
 		 336 aa  220  3e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0924  alkaline phosphatase  39.4 
 
 		 336 aa  220  3e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0920  alkaline phosphatase  39.4 
 
 		 336 aa  220  3e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.745476  normal  0.672413 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58440  ABC transporter permease  39.1 
 
 		 336 aa  220  3e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.514083  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.66 
 
 		 316 aa  219  3.9999999999999997e-56  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.137804  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4562  dipeptide ABC transporter, permease protein  39.7 
 
 		 336 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.46 
 
 		 334 aa  219  3.9999999999999997e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0644  oligopeptide ABC transporter, permease protein  37.06 
 
 		 314 aa  219  5e-56  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2033  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.21 
 
 		 324 aa  219  5e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0113  nickel-transporting ATPase  37.98 
 
 		 336 aa  219  6e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1235  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.84 
 
 		 333 aa  218  8.999999999999998e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391976  normal  0.26803 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.31 
 
 		 333 aa  218  1e-55  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000322853  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  37.31 
 
 		 336 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  37.01 
 
 		 336 aa  218  1e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  37.65 
 
 		 336 aa  218  1e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.31 
 
 		 336 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5117  ABC transporter permease  38.51 
 
 		 336 aa  218  1e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2185  ABC transporter, inner membrane subunit  41.99 
 
 		 309 aa  217  2e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.86 
 
 		 334 aa  217  2e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.186843  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0183  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  36.75 
 
 		 336 aa  217  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.3 
 
 		 325 aa  217  2e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0812  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.21 
 
 		 336 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.153061  normal  0.318777 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  37.05 
 
 		 336 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.634321 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.03 
 
 		 306 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  36.75 
 
 		 336 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.05 
 
 		 336 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.05 
 
 		 336 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0538  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.38 
 
 		 311 aa  216  4e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.396259 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>