More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_0288 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3657  LysR family transcriptional regulator  99.69 
 
 		 320 aa  660    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0288  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 320 aa  662    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2551  LysR family transcriptional regulator  91.88 
 
 		 320 aa  615  1e-175  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4210  LysR family transcriptional regulator  62.26 
 
 		 335 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0243  LysR family transcriptional regulator  58.99 
 
 		 321 aa  393  1e-108  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3242  LysR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 320 aa  260  2e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3981  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 320 aa  258  7e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0238  LysR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 321 aa  101  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3766  LysR family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 322 aa  101  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3964  LysR family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 322 aa  101  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3839  LysR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 322 aa  100  4e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3969  LysR family transcriptional regulator  22.64 
 
 		 321 aa  100  5e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0311  LysR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 322 aa  98.6  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0520  LysR family transcriptional regulator  22.33 
 
 		 321 aa  93.2  5e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2900  hypothetical protein  30.23 
 
 		 324 aa  93.2  5e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3565  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 326 aa  91.7  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0237  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 323 aa  90.5  4e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0239  LysR family transcriptional regulator  21.29 
 
 		 321 aa  89.4  7e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3154  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 324 aa  89  1e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0180  transcriptional regulator, LysR family  24.39 
 
 		 322 aa  87.4  3e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0179  LysR family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 322 aa  87.4  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0512  transcriptional regulator-like protein  27.86 
 
 		 314 aa  86.7  4e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 321 aa  86.7  6e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4287  LysR family transcriptional regulator  23.69 
 
 		 322 aa  85.9  9e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.128947 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1735  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 297 aa  85.9  9e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.73522  normal  0.158282 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2618  LysR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 306 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3970  LysR family transcriptional regulator  22.66 
 
 		 317 aa  82  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 306 aa  79  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3988  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 324 aa  75.1  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3153  LysR family transcriptional regulator  21.24 
 
 		 334 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2873  transcriptional regulator, LysR family  25.54 
 
 		 324 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000342278  hitchhiker  0.00000105997 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1474  LysR family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 324 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000979777  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1479  LysR family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 324 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000211446  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1510  LysR family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 324 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000904227  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0420  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 309 aa  73.2  0.000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3874  LysR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 323 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1325  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 294 aa  73.2  0.000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.138863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0342  LysR family transcriptional regulator  24.33 
 
 		 335 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 314 aa  73.2  0.000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4571  LysR family transcriptional regulator  21.51 
 
 		 319 aa  72.8  0.000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  26.78 
 
 		 321 aa  72  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0917  LysR family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 321 aa  72  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0292456  normal  0.707414 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 312 aa  72  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1094  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 304 aa  71.6  0.00000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.154385 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  30.41 
 
 		 313 aa  71.2  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5526  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 306 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2899  transcriptional regulator-like protein  20.08 
 
 		 327 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3690  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 306 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.996067 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2612  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 350 aa  70.9  0.00000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13871  hitchhiker  0.00000334013 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2679  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 350 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.245615  hitchhiker  0.000486304 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 295 aa  69.3  0.00000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1661  LysR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 328 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  28.12 
 
 		 305 aa  68.9  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  28.12 
 
 		 305 aa  68.9  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1381  LysR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 324 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  31.44 
 
 		 341 aa  68.2  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0912  transcriptional regulator, LysR family protein  24.81 
 
 		 318 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000235744  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0881  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 306 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.995576 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3566  LysR family transcriptional regulator  23.35 
 
 		 332 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1485  LysR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 314 aa  67.4  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.397513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2786  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 337 aa  67  0.0000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.989304  hitchhiker  0.00367325 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  22.95 
 
 		 314 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2413  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 307 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00812709 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5736  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 308 aa  66.6  0.0000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401426  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  26.42 
 
 		 314 aa  66.2  0.0000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  26.42 
 
 		 314 aa  66.2  0.0000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2319  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 310 aa  66.2  0.0000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.253365  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001991  transcriptional regulator  31.44 
 
 		 314 aa  66.2  0.0000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1797  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 308 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.764878  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2454  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 342 aa  66.2  0.0000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00089328  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2409  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 308 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0488071  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3724  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 307 aa  65.9  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.153047 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4563  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 307 aa  65.9  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.340631  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3800  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 307 aa  65.9  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0503398 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 310 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3696  transcriptional regulator, LysR family  26.42 
 
 		 325 aa  65.5  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.643345  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0272  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 305 aa  65.1  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00042007 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  23.05 
 
 		 314 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 301 aa  64.7  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3590  transcriptional regulator-like protein  25.52 
 
 		 316 aa  64.7  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0885  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 326 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2227  LysR family transcriptional regulator  23.68 
 
 		 330 aa  64.3  0.000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000157838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  24.85 
 
 		 310 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  24.85 
 
 		 299 aa  63.5  0.000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3428  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 303 aa  63.5  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000186024  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6126  LysR family transcriptional regulator  23.49 
 
 		 301 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.936354  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4915  transcriptional regulator, LysR family  24.61 
 
 		 315 aa  63.5  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0617  transcriptional regulator, LysR family protein  24.18 
 
 		 319 aa  63.5  0.000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.468918  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6632  LysR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 310 aa  63.2  0.000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.946509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  23.23 
 
 		 322 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0241  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 308 aa  62.8  0.000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2517  transcriptional regulator  29.79 
 
 		 308 aa  62.8  0.000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0156688  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0948  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 308 aa  62.8  0.000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 320 aa  62.8  0.000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2749  leucine transcriptional activator  28.9 
 
 		 324 aa  62.8  0.000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1620  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 308 aa  62.8  0.000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6527  LysR family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 306 aa  62.8  0.000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2656  transcriptional regulator  29.79 
 
 		 308 aa  62.8  0.000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1424  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 439 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2704  transcriptional regulator, LysR family  26 
 
 		 323 aa  62.4  0.000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.613515 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>