More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3394 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3394  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 277 aa  549  1e-155  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00053127  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3509  MscS mechanosensitive ion channel  73.63 
 
 		 278 aa  418  1e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.126996  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0443  MscS mechanosensitive ion channel  73.99 
 
 		 278 aa  419  1e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0311128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3684  MscS mechanosensitive ion channel  74.36 
 
 		 278 aa  419  1e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.051909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0457  MscS mechanosensitive ion channel  70.4 
 
 		 278 aa  412  1e-114  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0484  MscS mechanosensitive ion channel  76.84 
 
 		 278 aa  411  1e-114  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0216741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3856  MscS mechanosensitive ion channel  76.47 
 
 		 278 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.20088  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0487  MscS Mechanosensitive ion channel  76.47 
 
 		 278 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0457  MscS mechanosensitive ion channel  72.56 
 
 		 277 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0463  MscS mechanosensitive ion channel  76.47 
 
 		 278 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.11026  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0539  MscS mechanosensitive ion channel  75.74 
 
 		 278 aa  401  1e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.815557  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4512  MscS mechanosensitive ion channel  74.43 
 
 		 277 aa  403  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3406  MscS mechanosensitive ion channel  70.4 
 
 		 277 aa  367  1e-100  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0408  hypothetical protein  67.03 
 
 		 282 aa  360  2e-98  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0306  small-conductance mechanosensitive channel  51.12 
 
 		 284 aa  294  1e-78  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000279081  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0104  mechanosensitive ion channel family protein  45.56 
 
 		 309 aa  266  4e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00678  mechanosensitive ion channel family protein  46.64 
 
 		 271 aa  265  5.999999999999999e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.096226  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1730  MscS Mechanosensitive ion channel  47.78 
 
 		 276 aa  264  1e-69  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.351236  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0246  hypothetical protein  48.15 
 
 		 285 aa  253  3e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0427  MscS mechanosensitive ion channel  33.2 
 
 		 288 aa  167  2e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0918944  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3024  MscS Mechanosensitive ion channel  33.2 
 
 		 282 aa  165  8e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000332583  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03562  hypothetical protein  32.13 
 
 		 288 aa  165  9e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2546  small-conductance mechanosensitive channel  33.1 
 
 		 286 aa  164  2.0000000000000002e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.748104  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3200  MscS Mechanosensitive ion channel  34.59 
 
 		 275 aa  162  7e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.126037  normal  0.165541 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  34.66 
 
 		 270 aa  159  3e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1206  MscS mechanosensitive ion channel  33.7 
 
 		 275 aa  155  9e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0281  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3340  small-conductance mechanosensitive channel  32.96 
 
 		 275 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002474  small-conductance mechanosensitive channel  32.61 
 
 		 288 aa  153  2.9999999999999998e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1205  MscS mechanosensitive ion channel  31.85 
 
 		 275 aa  152  5e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00184527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1276  MscS mechanosensitive ion channel  31.85 
 
 		 275 aa  152  5e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000188457  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2803  MscS mechanosensitive ion channel  32.68 
 
 		 277 aa  152  5e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  31.15 
 
 		 269 aa  150  3e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01983  MscS Mechanosensitive ion channel ei VT8  31.5 
 
 		 279 aa  147  2.0000000000000003e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.865643  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2465  putative small-conductance mechanosensitive channel  30.86 
 
 		 275 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.404234  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1350  MscS Mechanosensitive ion channel  32.34 
 
 		 275 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000676183  hitchhiker  0.0000000000523866 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3171  MscS mechanosensitive ion channel  32.34 
 
 		 275 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000563606  hitchhiker  0.0000513684 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  31.52 
 
 		 276 aa  147  3e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0032  hypothetical protein  30.89 
 
 		 287 aa  146  3e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.20954  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3028  MscS mechanosensitive ion channel  32.68 
 
 		 275 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000445897  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3013  MscS mechanosensitive ion channel  32.68 
 
 		 275 aa  145  5e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000253066  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1359  MscS mechanosensitive ion channel  32.33 
 
 		 275 aa  145  6e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0797  MscS Mechanosensitive ion channel  33.97 
 
 		 268 aa  145  6e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2675  MscS mechanosensitive ion channel  29.26 
 
 		 275 aa  144  1e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00133263  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1419  mechanosensitive ion channel family protein  31.39 
 
 		 278 aa  140  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0940  MscS mechanosensitive ion channel  31.54 
 
 		 275 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.546965 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1140  MscS mechanosensitive ion channel  30.71 
 
 		 274 aa  140  3e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15609  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2423  MscS Mechanosensitive ion channel  30.08 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.591216  normal  0.0692547 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0786  mechanosensitive channel MscS  34.62 
 
 		 286 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02755  mechanosensitive channel  34.62 
 
 		 286 aa  139  6e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0769  MscS Mechanosensitive ion channel  34.62 
 
 		 286 aa  139  6e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3082  mechanosensitive channel MscS  34.62 
 
 		 286 aa  139  6e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1152  MscS mechanosensitive ion channel  31.91 
 
 		 274 aa  139  6e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0163398  normal  0.0148083 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4221  mechanosensitive channel MscS  34.62 
 
 		 286 aa  139  6e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02718  hypothetical protein  34.62 
 
 		 286 aa  139  6e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3349  mechanosensitive channel MscS  34.62 
 
 		 286 aa  139  6e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3251  mechanosensitive channel MscS  34.62 
 
 		 286 aa  139  6e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3061  mechanosensitive channel MscS  34.62 
 
 		 291 aa  139  6e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.219365 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4433  MscS Mechanosensitive ion channel  30.12 
 
 		 285 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0556  MscS Mechanosensitive ion channel  31.4 
 
 		 293 aa  139  7e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0585  putative small-conductance mechanosensitive channel  32.72 
 
 		 277 aa  138  8.999999999999999e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000591532  normal  0.0145572 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0541  MscS mechanosensitive ion channel  29.01 
 
 		 273 aa  138  1e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4436  MscS Mechanosensitive ion channel  29.73 
 
 		 285 aa  137  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.312478 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3671  MscS mechanosensitive ion channel  31.58 
 
 		 277 aa  137  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4503  MscS Mechanosensitive ion channel  29.73 
 
 		 285 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 		 275 aa  137  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4349  MscS Mechanosensitive ion channel  29.73 
 
 		 285 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3778  MscS mechanosensitive ion channel  29.89 
 
 		 276 aa  136  4e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0527  MscS mechanosensitive ion channel  32.57 
 
 		 276 aa  136  4e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.546646 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5331  MscS mechanosensitive ion channel  26.35 
 
 		 301 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  29.07 
 
 		 270 aa  135  9.999999999999999e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1245  MscS mechanosensitive ion channel  31.01 
 
 		 274 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.016266  normal  0.622604 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2565  hypothetical protein  29.63 
 
 		 283 aa  133  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1674  MscS mechanosensitive ion channel  32.17 
 
 		 270 aa  133  3e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.702305  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3896  MscS Mechanosensitive ion channel  32.13 
 
 		 283 aa  132  6e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1345  MscS mechanosensitive ion channel  29.96 
 
 		 274 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000767633  hitchhiker  0.0000248019 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0515  MscS Mechanosensitive ion channel  29.5 
 
 		 292 aa  131  9e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01095  mechanosensitive ion channel family protein  32.6 
 
 		 280 aa  131  1.0000000000000001e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0812  small-conductance mechanosensitive channel  31 
 
 		 274 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00165  mechanosensitive ion channel family protein  32.63 
 
 		 276 aa  131  1.0000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3627  MscS mechanosensitive ion channel  33.89 
 
 		 268 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.143912 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  29.3 
 
 		 298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3620  MscS mechanosensitive ion channel  27.73 
 
 		 277 aa  130  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.812148  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0390  MscS mechanosensitive ion channel  30.49 
 
 		 274 aa  130  3e-29  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.855015  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3699  MscS Mechanosensitive ion channel  31.27 
 
 		 283 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3818  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  27.91 
 
 		 289 aa  129  6e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.905722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0452  MscS mechanosensitive ion channel  29.79 
 
 		 283 aa  129  6e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00426986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0854  MscS mechanosensitive ion channel  27.91 
 
 		 289 aa  129  6e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11552  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0851  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  27.91 
 
 		 289 aa  129  6e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.17895  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5803  Small-conductance mechanosensitive channel  27.88 
 
 		 284 aa  128  8.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.528701 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2755  MscS mechanosensitive ion channel:conserved TM helix  28.15 
 
 		 276 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.661967 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1967  MscS Mechanosensitive ion channel  33.21 
 
 		 279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4603  mechanosensitive ion channel family protein  27.74 
 
 		 275 aa  126  3e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00921  small conductance mechanosensitive ion channel  29.64 
 
 		 322 aa  124  2e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.230623  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1162  MscS Mechanosensitive ion channel  30.24 
 
 		 294 aa  123  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.102088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02189  hypothetical protein  30.08 
 
 		 249 aa  123  4e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3307  mechanosensitive channel MscS  32.62 
 
 		 286 aa  122  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3229  mechanosensitive channel MscS  32.62 
 
 		 286 aa  122  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3409  mechanosensitive channel MscS  32.62 
 
 		 286 aa  122  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.427229  normal  0.109816 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3240  mechanosensitive channel MscS  32.62 
 
 		 286 aa  122  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3304  mechanosensitive channel MscS  32.19 
 
 		 286 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>