More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2599 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2599  HxlR family transcriptional regulator  100 
 
 		 111 aa  229  9e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2189  HxlR family transcriptional regulator  67 
 
 		 111 aa  149  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.310544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0045  hypothetical protein  47.62 
 
 		 118 aa  81.6  0.000000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0377  transcriptional regulator, HxlR family  35.79 
 
 		 125 aa  74.3  0.0000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0395493  normal  0.03196 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0198  transcriptional regulator  35.79 
 
 		 125 aa  74.3  0.0000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2294  MarR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 111 aa  67  0.00000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.107881  normal  0.103763 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2640  transcriptional regulator, HxlR family  36.19 
 
 		 111 aa  65.5  0.0000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.954281  normal  0.0406571 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3785  transcriptional regulator, HxlR family  35.87 
 
 		 118 aa  65.9  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.139955  normal  0.719008 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1278  HxlR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 113 aa  65.9  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.592235 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2765  transcriptional regulator, HxlR family  35.96 
 
 		 125 aa  65.5  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.307556  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1471  transcriptional regulator, HxlR family  43.53 
 
 		 108 aa  65.1  0.0000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25590  predicted transcriptional regulator  33.71 
 
 		 129 aa  65.1  0.0000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.6055  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0748  HxlR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 112 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0026  transcriptional regulator, HxlR family  36.17 
 
 		 153 aa  64.3  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4443  transcriptional regulator, MarR family  40.22 
 
 		 112 aa  63.9  0.0000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.937867  normal  0.431407 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2016  transcriptional regulator, putative  41.57 
 
 		 171 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1097  putative transcriptional regulator  39.76 
 
 		 130 aa  63.9  0.0000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0145861 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0897  PadR family transcriptional regulator  41.57 
 
 		 154 aa  63.9  0.0000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3135  PadR family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 148 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0178  hypothetical protein  33.33 
 
 		 114 aa  63.5  0.0000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3189  transcriptional regulator, putative  40.45 
 
 		 146 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0929776  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0745  MarR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 112 aa  63.2  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000483022  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0740  MarR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 112 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0891  hypothetical protein  40.22 
 
 		 112 aa  63.5  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0931  hypothetical protein  40.22 
 
 		 112 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.480340000000001e-32 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2730  PadR family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 154 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.42105  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1488  transcriptional regulator, HxlR family  37.65 
 
 		 109 aa  63.5  0.000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.696737 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3172  PadR family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 174 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.767015  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1879  PadR family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 174 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1564  HxlR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 119 aa  63.2  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0663317  normal  0.0831873 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6229  HxlR family transcriptional regulator  36 
 
 		 115 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.25386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1430  transcriptional regulatory protein  40.45 
 
 		 154 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.240046  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6398  HxlR family transcriptional regulator  36 
 
 		 115 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6631  HxlR family transcriptional regulator  36 
 
 		 115 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.932723  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0929  hypothetical protein  39.13 
 
 		 112 aa  62  0.000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0796  hypothetical protein  39.13 
 
 		 112 aa  62  0.000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.580799  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0836  hypothetical protein  39.13 
 
 		 112 aa  62  0.000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.126369  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1531  transcriptional regulator, putative  31.96 
 
 		 115 aa  62  0.000000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2255  transcriptional regulator, HxlR family  35 
 
 		 159 aa  61.6  0.000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.395748  normal  0.27377 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06336  hypothetical protein  35.42 
 
 		 122 aa  61.6  0.000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0862  transcriptional regulator, HxlR family  30.69 
 
 		 119 aa  61.6  0.000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.273669  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3367  transcriptional regulator, HxlR family  30.84 
 
 		 133 aa  61.6  0.000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1133  transcriptional regulator, HxlR family  33.33 
 
 		 128 aa  61.2  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.354623 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5518  putative transcriptional regulatory protein  38.82 
 
 		 124 aa  61.2  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263293  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0290  transcriptional regulator protein-like protein  35.44 
 
 		 154 aa  60.8  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0952  transcriptional regulator  31 
 
 		 130 aa  61.2  0.000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000720896  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5907  transcriptional regulator, HxlR family  31.37 
 
 		 112 aa  61.2  0.000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0042  transcriptional regulator, HxlR family  38.82 
 
 		 132 aa  60.8  0.000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02523  hypothetical transcriptional regulator  35.71 
 
 		 119 aa  60.8  0.000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.479975  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1282  transcriptional regulator, HxlR family  39.13 
 
 		 120 aa  60.8  0.000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1405  HxlR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 105 aa  60.8  0.000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3732  HxlR family transcriptional regulator  36 
 
 		 104 aa  60.8  0.000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00142315  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0247  HxlR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 129 aa  60.5  0.000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.402556  normal  0.678764 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0518  transcriptional regulator, HxlR family  35.35 
 
 		 127 aa  60.5  0.000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4104  transcriptional regulator, HxlR family  34.78 
 
 		 119 aa  60.5  0.000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.533713  normal  0.821475 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0075  transcriptional regulator, HxlR family  34.52 
 
 		 129 aa  59.7  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2245  transcriptional regulator, HxlR family  28.85 
 
 		 128 aa  59.7  0.00000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1884  hypothetical protein  33.33 
 
 		 125 aa  59.7  0.00000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.226318  normal  0.614663 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3282  transcriptional regulator, HxlR family  37.37 
 
 		 125 aa  59.7  0.00000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0941  transcriptional regulator, HxlR family  44.58 
 
 		 134 aa  59.7  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.824933  normal  0.442386 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2370  putative transcriptional regulator  33.71 
 
 		 121 aa  60.1  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.132848  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0207  HxlR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 123 aa  59.7  0.00000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3815  transcriptional regulator, HxlR family  29.63 
 
 		 125 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.266885  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0341  transcriptional regulator, MarR family  34.44 
 
 		 109 aa  60.1  0.00000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.45733  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0313  HxlR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 121 aa  59.7  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.250935  normal  0.451658 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0758  transcriptional regulator, HxlR family  34.34 
 
 		 98 aa  59.3  0.00000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1717  transcriptional regulator, putative  32.94 
 
 		 115 aa  58.9  0.00000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4989  HxlR family transcriptional regulator  34 
 
 		 104 aa  58.9  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0469  putative transcriptional regulator  35.11 
 
 		 128 aa  59.3  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0456  transcriptional regulator, HxlR family  31.68 
 
 		 149 aa  59.3  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.208849  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0653  HxlR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 133 aa  58.9  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.174756 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0808  HxlR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 159 aa  59.3  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.40472  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3391  transcriptional regulator, HxlR family  39.36 
 
 		 125 aa  58.5  0.00000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1319  transcriptional regulator  29.91 
 
 		 118 aa  58.5  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0476  hypothetical protein  35.11 
 
 		 126 aa  58.5  0.00000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1000  hypothetical protein  39.36 
 
 		 114 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0590382  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4850  transcriptional regulator, HxlR family  33.33 
 
 		 239 aa  58.2  0.00000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.856766 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3293  putative transcriptional regulator  31.11 
 
 		 119 aa  58.5  0.00000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0763403 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2415  transcriptional regulator, HxlR family  31.11 
 
 		 144 aa  58.5  0.00000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0681664 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1776  putative transcriptional regulator  37.5 
 
 		 134 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3139  transcriptional regulator, HxlR family  31.58 
 
 		 117 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1021  hypothetical protein  39.36 
 
 		 114 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4287  transcriptional regulator, HxlR family  30.93 
 
 		 119 aa  58.5  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.332291  normal  0.235494 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0500  hypothetical protein  35.11 
 
 		 126 aa  58.2  0.00000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02250  predicted transcriptional regulator  34.44 
 
 		 110 aa  58.2  0.00000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5643  hypothetical protein  35 
 
 		 104 aa  58.2  0.00000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00272116  hitchhiker  0.0000000000000412224 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3638  transcriptional regulator, HxlR family  32.94 
 
 		 129 aa  58.2  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.386135  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0882  transcriptional regulator, HxlR family protein  31.25 
 
 		 118 aa  57.8  0.00000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3564  HxlR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 140 aa  58.2  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2523  transcriptional regulator  36.59 
 
 		 135 aa  57.8  0.00000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2802  transcriptional regulator, HxlR family  30.68 
 
 		 127 aa  57.8  0.00000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2693  putative transcriptional regulator  32.93 
 
 		 235 aa  57.8  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.863177 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1769  transcriptional regulator superfamily  27 
 
 		 112 aa  57.8  0.00000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000531887  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3780  transcriptional regulator protein  34.51 
 
 		 130 aa  57.8  0.00000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.616266  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3423  transcriptional regulator, HxlR family  39.76 
 
 		 127 aa  57.8  0.00000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.201208  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0168  helix-turn-helix HxlR type  31.13 
 
 		 118 aa  57.4  0.00000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2871  HxlR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 141 aa  57.8  0.00000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.30961 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4975  HxlR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 112 aa  57.4  0.00000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2974  transcriptional regulator, HxlR family  28.85 
 
 		 160 aa  57.8  0.00000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.607542 
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0240  helix-turn-helix HxlR type  31.13 
 
 		 118 aa  57.4  0.00000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.566878  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>