69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1477 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1477  anti-ECFsigma factor, ChrR  100 
 
 		 249 aa  509  1e-143  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.688237  normal  0.852126 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3373  anti-sigma factor ChrR, putative  60.64 
 
 		 224 aa  293  2e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2779  anti-ECFsigma factor, ChrR  57.54 
 
 		 246 aa  276  2e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.960019 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1378  putative transcriptional activator  40.96 
 
 		 228 aa  196  4.0000000000000005e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.857298  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1985  transcriptional activator, putative  39.04 
 
 		 230 aa  177  2e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2466  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.49 
 
 		 231 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0996  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.51 
 
 		 216 aa  173  2.9999999999999996e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.84209 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2276  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.49 
 
 		 231 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2348  anti-ECFsigma factor, ChrR  40.16 
 
 		 231 aa  171  7.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.527033  normal  0.0659937 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2598  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.36 
 
 		 243 aa  170  2e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1748  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.26 
 
 		 243 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0800571  hitchhiker  0.00180975 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2637  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.75 
 
 		 240 aa  166  2e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2037  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.4 
 
 		 262 aa  167  2e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.280175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2712  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.5 
 
 		 243 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134488  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2323  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.15 
 
 		 235 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.586398  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2319  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.38 
 
 		 228 aa  155  4e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4076  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.07 
 
 		 231 aa  125  8.000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1890  putative transcriptional activator  31.37 
 
 		 226 aa  123  2e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01438  Transcription negative regulator ChrR  31.03 
 
 		 246 aa  115  5e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03283  hypothetical protein  29.25 
 
 		 219 aa  115  6.9999999999999995e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002701  putative transcriptional activator ChrR  30.83 
 
 		 219 aa  114  1.0000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1333  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.41 
 
 		 223 aa  107  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0130181  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3569  transcriptional regulator  31.45 
 
 		 223 aa  103  4e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0416  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.05 
 
 		 211 aa  98.2  1e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.168999 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0365  anti-ECFsigma factor  27.78 
 
 		 223 aa  97.1  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.931641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2472  anti-sigm factor, ChrR  27.89 
 
 		 223 aa  94.7  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.483016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1093  anti-sigma factor ChrR  28.29 
 
 		 213 aa  94  2e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2756  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.97 
 
 		 213 aa  92.4  5e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2935  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.4 
 
 		 214 aa  91.7  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.714383  normal  0.0760187 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0090  anti sigma factor protein  28.29 
 
 		 230 aa  90.9  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0721  anti-Sigm factor, ChrR  28.24 
 
 		 224 aa  85.5  7e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699177  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1618  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.75 
 
 		 214 aa  77.4  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.61386 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0517  anti-ECFsigma factor, ChrR  26.69 
 
 		 212 aa  77.8  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112614  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1439  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.34 
 
 		 214 aa  77  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.297382 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1042  transcriptional activator ChrR  26.64 
 
 		 220 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.998121  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1630  anti-ECFsigma factor, ChrR  26.88 
 
 		 235 aa  72  0.000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2958  transcriptional regulator  28.11 
 
 		 216 aa  71.6  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.406558 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0891  transcriptional activator ChrR  25.1 
 
 		 220 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.627944 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4022  anti-sigm factor, ChrR  26.72 
 
 		 213 aa  70.9  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1553  anti-ECFsigma factor, ChrR  26.09 
 
 		 212 aa  68.9  0.00000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0339  anti-sigma factor ChrR, putative  26.69 
 
 		 218 aa  67.4  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.275978 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0550  anti-ECFsigma factor, ChrR  26.27 
 
 		 220 aa  64.3  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.259297  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0275  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.09 
 
 		 227 aa  63.2  0.000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1867  anti-ECFsigma factor, ChrR  26.15 
 
 		 226 aa  62.8  0.000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.947993 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0487  anti-sigm factor, ChrR  38.1 
 
 		 219 aa  60.1  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1960  anti-ECFsigma factor, ChrR  40 
 
 		 214 aa  57.8  0.0000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0408517 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1454  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.13 
 
 		 125 aa  52.8  0.000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6449  anti-ECFsigma factor, ChrR  40.32 
 
 		 117 aa  48.1  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0335897 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5392  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.07 
 
 		 227 aa  47.4  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.503327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3608  anti-Sigm factor, ChrR  30.26 
 
 		 132 aa  46.2  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1373  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.33 
 
 		 239 aa  46.2  0.0005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.86738  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1946  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.66 
 
 		 224 aa  45.8  0.0007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00378013  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4481  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.71 
 
 		 117 aa  45.4  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5650  Allophanate hydrolase  38.71 
 
 		 114 aa  45.4  0.0008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0555941  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0982  hypothetical protein  31.82 
 
 		 223 aa  44.3  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1793  transcriptional regulator  30.65 
 
 		 230 aa  44.3  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.376612  normal  0.0711079 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0858  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.49 
 
 		 221 aa  43.5  0.003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0881  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.49 
 
 		 221 aa  43.5  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3481  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.49 
 
 		 221 aa  43.5  0.003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0893  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.49 
 
 		 221 aa  43.5  0.003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02219  predicted transcription negative regulator  29.55 
 
 		 218 aa  43.1  0.004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.279228  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1180  anti-ECFsigma factor, ChrR  32.05 
 
 		 222 aa  43.1  0.004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.700022  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4247  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.46 
 
 		 236 aa  43.1  0.005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.364362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4129  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.03 
 
 		 235 aa  42.7  0.005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1782  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.48 
 
 		 234 aa  43.1  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0336195  normal  0.05616 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0025  transcriptional activator anti-ECFsigma factor  31.75 
 
 		 223 aa  42.7  0.006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.322497  normal  0.142099 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1473  hypothetical protein  33.82 
 
 		 210 aa  42.4  0.007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2083  anti-ECFsigma factor, ChrR  32.26 
 
 		 222 aa  42  0.009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.246255  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0821  hypothetical protein  32.47 
 
 		 214 aa  42  0.009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>