More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew185_2551 on replicon NC_009665
Organism: Shewanella baltica OS185



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009665  Shew185_2551  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 320 aa  659    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3657  LysR family transcriptional regulator  92.19 
 
 		 320 aa  616  1e-175  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0288  LysR family transcriptional regulator  91.88 
 
 		 320 aa  615  1e-175  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4210  LysR family transcriptional regulator  60.88 
 
 		 335 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0243  LysR family transcriptional regulator  58.04 
 
 		 321 aa  387  1e-106  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3981  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 320 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3242  LysR family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 320 aa  258  1e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3839  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 322 aa  99.8  5e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3766  LysR family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 322 aa  98.2  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3964  LysR family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 322 aa  97.8  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0238  LysR family transcriptional regulator  21.59 
 
 		 321 aa  96.7  4e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0311  LysR family transcriptional regulator  24.65 
 
 		 322 aa  96.3  7e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3969  LysR family transcriptional regulator  21.09 
 
 		 321 aa  92.8  7e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2900  hypothetical protein  30.23 
 
 		 324 aa  92.8  8e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0180  transcriptional regulator, LysR family  23.61 
 
 		 322 aa  87.8  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0179  LysR family transcriptional regulator  23.61 
 
 		 322 aa  87.8  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0239  LysR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 321 aa  87.8  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3154  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 324 aa  87.8  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 321 aa  87.8  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0520  LysR family transcriptional regulator  21.04 
 
 		 321 aa  87  4e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4287  LysR family transcriptional regulator  23.26 
 
 		 322 aa  87  4e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.128947 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0237  LysR family transcriptional regulator  24.33 
 
 		 323 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1735  LysR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 297 aa  84  0.000000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.73522  normal  0.158282 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3565  LysR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 326 aa  84  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2618  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 306 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0512  transcriptional regulator-like protein  25.33 
 
 		 314 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 306 aa  80.5  0.00000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5526  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 306 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1325  LysR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 294 aa  77  0.0000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.138863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3970  LysR family transcriptional regulator  21.27 
 
 		 317 aa  76.3  0.0000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3874  LysR family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 323 aa  76.3  0.0000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 301 aa  75.9  0.0000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3690  LysR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 306 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.996067 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3988  LysR family transcriptional regulator  22.56 
 
 		 324 aa  74.7  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0420  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 309 aa  74.7  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 301 aa  75.1  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 314 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1094  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 304 aa  73.9  0.000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.154385 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0881  LysR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 306 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.995576 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4571  LysR family transcriptional regulator  21.51 
 
 		 319 aa  73.2  0.000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 313 aa  72.4  0.000000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  27.17 
 
 		 321 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2612  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 350 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13871  hitchhiker  0.00000334013 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2679  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 350 aa  72  0.00000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.245615  hitchhiker  0.000486304 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1485  LysR family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 314 aa  71.6  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.397513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 295 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0885  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 326 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3153  LysR family transcriptional regulator  20.82 
 
 		 334 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  25.51 
 
 		 305 aa  70.5  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  25.51 
 
 		 305 aa  70.5  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1661  LysR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 328 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 314 aa  70.5  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1474  LysR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 324 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000979777  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3883  LysR family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 326 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 314 aa  70.5  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1510  LysR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 324 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000904227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0917  LysR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 321 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0292456  normal  0.707414 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1479  LysR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 324 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000211446  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2413  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 307 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00812709 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 312 aa  69.7  0.00000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2419  LysR family transcriptional regulator  23.28 
 
 		 342 aa  69.3  0.00000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.349153  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5736  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 308 aa  69.3  0.00000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401426  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0617  transcriptional regulator, LysR family protein  26.23 
 
 		 319 aa  68.9  0.00000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.468918  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2873  transcriptional regulator, LysR family  24.82 
 
 		 324 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000342278  hitchhiker  0.00000105997 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0796  transcriptional regulator, LysR family  23.46 
 
 		 326 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.473428  normal  0.137552 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1797  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 308 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.764878  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2409  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 308 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0488071  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2319  LysR family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 310 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.253365  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3724  LysR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 307 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.153047 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  32.63 
 
 		 341 aa  67.8  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 310 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3566  LysR family transcriptional regulator  23.86 
 
 		 332 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4563  LysR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 307 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.340631  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1381  LysR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 324 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2454  LysR family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 342 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00089328  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0342  LysR family transcriptional regulator  23.67 
 
 		 335 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3800  LysR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 307 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0503398 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2786  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 337 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.989304  hitchhiker  0.00367325 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2899  transcriptional regulator-like protein  19.59 
 
 		 327 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0948  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 308 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  22.9 
 
 		 322 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2656  transcriptional regulator  29.79 
 
 		 308 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2517  transcriptional regulator  29.79 
 
 		 308 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0156688  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1620  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 308 aa  67  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0241  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 308 aa  67  0.0000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3640  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 327 aa  67  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.525425  normal  0.47067 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0272  LysR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 305 aa  67  0.0000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00042007 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0912  transcriptional regulator, LysR family protein  24.81 
 
 		 318 aa  67  0.0000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000235744  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2227  LysR family transcriptional regulator  23.31 
 
 		 330 aa  66.6  0.0000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000157838  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001991  transcriptional regulator  32.63 
 
 		 314 aa  66.2  0.0000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  20.9 
 
 		 314 aa  66.2  0.0000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1424  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 439 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  24.85 
 
 		 299 aa  65.9  0.0000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  24.85 
 
 		 310 aa  66.2  0.0000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6632  LysR family transcriptional regulator  23.7 
 
 		 310 aa  65.1  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.946509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0871  LysR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 302 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4915  transcriptional regulator, LysR family  24.61 
 
 		 315 aa  64.7  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6527  LysR family transcriptional regulator  23.95 
 
 		 306 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0997  LysR family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 321 aa  64.7  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  21.4 
 
 		 314 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>