More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0611 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_0530  TonB-dependent receptor  49.16 
 
 		 767 aa  659    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.898854  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0514  TonB-dependent receptor  49.16 
 
 		 768 aa  659    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.400369  normal  0.0201615 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03559  putative outer membrane receptor for iron transport  69.59 
 
 		 761 aa  1089    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.143456  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2275  TonB-dependent receptor  53.93 
 
 		 779 aa  834    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00175316  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0611  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 773 aa  1580    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000075991  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3969  TonB-dependent siderophore receptor  33.19 
 
 		 793 aa  362  1e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2088  TonB-dependent receptor  33.48 
 
 		 793 aa  352  2e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0823412 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3335  TonB-dependent receptor, plug  32.04 
 
 		 794 aa  335  2e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.364318 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3540  putative outer membrane TonB-dependent receptor  33.14 
 
 		 805 aa  314  2.9999999999999996e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0614736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1513  TonB-dependent receptor  31.61 
 
 		 859 aa  302  2e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.691941  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58570  putative outer membrane ferric siderophore receptor  31.5 
 
 		 753 aa  298  2e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.21459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1314  putative TonB-dependent receptor protein  31.13 
 
 		 843 aa  294  5e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.711074 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3914  TonB-dependent receptor, putative  30.75 
 
 		 730 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0716  TonB-dependent siderophore receptor  29.85 
 
 		 731 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000695687  hitchhiker  0.000361428 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3245  TonB-dependent siderophore receptor  30.85 
 
 		 731 aa  284  5.000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000124115  hitchhiker  0.00000616268 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0697  TonB-dependent siderophore receptor  30.56 
 
 		 731 aa  282  2e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000103778  hitchhiker  0.00047729 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4659  TonB-dependent siderophore receptor  27.77 
 
 		 747 aa  278  3e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4190  TonB-dependent siderophore receptor  28.75 
 
 		 747 aa  277  5e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.487534  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4712  TonB-dependent siderophore receptor  28.5 
 
 		 747 aa  277  6e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.779821 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1203  outer membrane ferric siderophore receptor  29.96 
 
 		 772 aa  276  8e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.83325  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0198  outer membrane ferric siderophore receptor  29.82 
 
 		 748 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0160883  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1607  TonB-dependent siderophore receptor  29.82 
 
 		 748 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1688  TonB-dependent receptor  29.42 
 
 		 748 aa  275  3e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0794  TonB-dependent siderophore receptor  28.97 
 
 		 749 aa  273  8.000000000000001e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.038915  normal  0.895019 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4808  TonB-dependent siderophore receptor  28.44 
 
 		 747 aa  273  1e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.981163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3795  TonB-dependent siderophore receptor  29.54 
 
 		 748 aa  273  1e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00506743 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5475  TonB-dependent siderophore receptor  28.44 
 
 		 747 aa  273  1e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.546607  normal  0.0926979 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0798  TonB-dependent siderophore receptor  30.04 
 
 		 773 aa  271  4e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.302135 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0894  TonB-dependent siderophore receptor  28.44 
 
 		 747 aa  270  7e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744699  normal  0.840328 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3559  TonB-dependent siderophore receptor  28.32 
 
 		 747 aa  270  8e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5128  TonB-dependent receptor  28.8 
 
 		 766 aa  269  2e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.497755  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0740  TonB-dependent siderophore receptor  30.32 
 
 		 730 aa  268  2e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000168203  hitchhiker  0.000000023146 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1987  TonB-dependent siderophore receptor  28.52 
 
 		 769 aa  268  2.9999999999999995e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0720  TonB-dependent siderophore receptor  29.92 
 
 		 730 aa  267  5.999999999999999e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000599666  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4617  TonB-dependent siderophore receptor  28.36 
 
 		 741 aa  267  5.999999999999999e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3635  TonB-dependent siderophore receptor  29.92 
 
 		 730 aa  266  8e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000376942  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0749  TonB-dependent siderophore receptor  29.92 
 
 		 730 aa  265  2e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000266639  hitchhiker  0.000229655 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0992  TonB-dependent siderophore receptor  28.61 
 
 		 762 aa  261  4e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.221466  normal  0.249222 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12430  TonB-dependent siderophore receptor  29.05 
 
 		 753 aa  260  6e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.396509  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4317  TonB-dependent siderophore receptor  29.04 
 
 		 760 aa  257  4e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00531839 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2318  TonB-dependent siderophore receptor  29.62 
 
 		 724 aa  256  1.0000000000000001e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000356836  hitchhiker  0.000261806 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0861  TonB-dependent siderophore receptor  28.79 
 
 		 780 aa  253  8.000000000000001e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0723  TonB-dependent siderophore receptor  29.58 
 
 		 740 aa  251  5e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0469238  normal  0.27958 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0891  TonB-dependent siderophore receptor  29.5 
 
 		 763 aa  250  8e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.31218 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0904  TonB-dependent siderophore receptor  28.98 
 
 		 768 aa  246  9e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0551593 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0805  TonB-dependent siderophore receptor  28.93 
 
 		 731 aa  239  1e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0044  TonB-dependent siderophore receptor  28.82 
 
 		 794 aa  234  3e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.236212 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0108  TonB-dependent siderophore receptor  27.27 
 
 		 759 aa  233  1e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0101  TonB-dependent siderophore receptor  27.01 
 
 		 759 aa  231  5e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0576  catecholate siderophore receptor Fiu  28.98 
 
 		 754 aa  229  1e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.0000714833  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4373  TonB-dependent siderophore receptor  27.81 
 
 		 751 aa  228  3e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4068  putative TonB-dependent receptor  29.26 
 
 		 733 aa  224  4e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4025  TonB-dependent siderophore receptor  25.68 
 
 		 826 aa  223  9.999999999999999e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3724  TonB-dependent receptor for iron transport  27.91 
 
 		 765 aa  222  1.9999999999999999e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0376  TonB-dependent siderophore receptor  26.79 
 
 		 769 aa  218  4e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2044  TonB-dependent receptor  26.62 
 
 		 776 aa  215  1.9999999999999998e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1708  catecholate siderophore receptor Fiu  26.54 
 
 		 779 aa  212  2e-53  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1637  catecholate siderophore receptor Fiu  26.38 
 
 		 763 aa  212  3e-53  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.824429  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1173  TonB-dependent siderophore receptor  28.12 
 
 		 741 aa  211  5e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0802  TonB-dependent siderophore receptor  27.39 
 
 		 764 aa  206  2e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47140  putative TonB-dependent receptor  28.3 
 
 		 732 aa  206  2e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12330  TonB-dependent siderophore receptor  27.72 
 
 		 769 aa  205  3e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3297  TonB-dependent siderophore receptor  28.06 
 
 		 733 aa  202  1.9999999999999998e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.14113 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2813  molybdate ABC transporter permease  27.53 
 
 		 743 aa  199  1.0000000000000001e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000103561  decreased coverage  0.000000463153 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3225  TonB-dependent siderophore receptor  27.37 
 
 		 803 aa  199  2.0000000000000003e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0588544 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3980  TonB-dependent siderophore receptor  26.21 
 
 		 719 aa  196  1e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.348977  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00772  predicted iron outer membrane transporter  26.61 
 
 		 760 aa  191  4e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0954  catecholate siderophore receptor Fiu  26.61 
 
 		 760 aa  191  4e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.691601  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00789  hypothetical protein  26.61 
 
 		 760 aa  191  4e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2837  TonB-dependent siderophore receptor  26.61 
 
 		 760 aa  191  5e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0860  catecholate siderophore receptor Fiu  26.61 
 
 		 760 aa  191  5e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2838  catecholate siderophore receptor Fiu  26.61 
 
 		 760 aa  191  5e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.167931 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0873  catecholate siderophore receptor Fiu  26.61 
 
 		 760 aa  191  5.999999999999999e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0829  catecholate siderophore receptor Fiu  27.02 
 
 		 760 aa  190  9e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0700  TonB-dependent receptor  27.04 
 
 		 785 aa  188  3e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.241055 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1055  TonB-dependent siderophore receptor  26.23 
 
 		 720 aa  187  9e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3638  TonB-dependent siderophore receptor  26.72 
 
 		 821 aa  179  2e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1260  TonB-dependent siderophore receptor  26.88 
 
 		 755 aa  178  3e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1524  TonB-dependent siderophore receptor  23.54 
 
 		 847 aa  178  3e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2953  TonB-dependent siderophore receptor  26.02 
 
 		 792 aa  177  6e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1523  TonB-dependent siderophore receptor  25.64 
 
 		 727 aa  176  9.999999999999999e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.249023  normal  0.758259 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0218  TonB-dependent siderophore receptor  28.63 
 
 		 732 aa  174  5e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7102  TonB-dependent siderophore receptor  26.73 
 
 		 790 aa  174  7.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3802  TonB-dependent siderophore receptor  25.55 
 
 		 742 aa  173  1e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.799699  normal  0.136718 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3915  TonB-dependent siderophore receptor  25.55 
 
 		 742 aa  173  1e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3526  TonB-dependent siderophore receptor  26.2 
 
 		 722 aa  172  1e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0238  TonB-dependent siderophore receptor  25.48 
 
 		 777 aa  171  4e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0584339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2996  TonB-dependent siderophore receptor  25.92 
 
 		 733 aa  171  5e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.18602  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2859  TonB-dependent siderophore receptor  25.52 
 
 		 733 aa  171  6e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.335633 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2944  TonB-dependent siderophore receptor  26.89 
 
 		 733 aa  170  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3612  TonB-dependent siderophore receptor  25.59 
 
 		 770 aa  169  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.565753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3109  TonB-dependent siderophore receptor  25.83 
 
 		 710 aa  169  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7101  TonB-dependent siderophore receptor  28.17 
 
 		 732 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2303  TonB-dependent siderophore receptor  25.73 
 
 		 710 aa  166  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.470584  normal  0.447365 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2876  TonB-dependent siderophore receptor  24.97 
 
 		 751 aa  165  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02662  putative TonB-dependent receptor  25.13 
 
 		 693 aa  164  5.0000000000000005e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.196813  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3085  TonB-dependent siderophore receptor  24.35 
 
 		 767 aa  163  1e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.432475  normal  0.216415 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3280  TonB-dependent siderophore receptor  24.89 
 
 		 707 aa  161  5e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0713327  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3574  TonB-dependent siderophore receptor  25.93 
 
 		 734 aa  160  8e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.647008 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5373  TonB-dependent siderophore receptor  24.84 
 
 		 745 aa  159  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.834495  normal  0.604125 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>