More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3671 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_3671  TonB system transport protein ExbB1  100 
 
 
260 aa  521  1e-147  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3237  MotA/TolQ/ExbB proton channel  81.78 
 
 
243 aa  370  1e-102  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.123497  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1019  MotA/TolQ/ExbB proton channel  79.3 
 
 
251 aa  339  2.9999999999999998e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0155072  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1052  MotA/TolQ/ExbB proton channel  74.39 
 
 
249 aa  338  4e-92  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.171459  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3340  MotA/TolQ/ExbB proton channel  79.3 
 
 
251 aa  337  8e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191011  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0964  MotA/TolQ/ExbB proton channel  78.17 
 
 
244 aa  337  9e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0950  MotA/TolQ/ExbB proton channel  80 
 
 
251 aa  337  9.999999999999999e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.213402  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4006  MotA/TolQ/ExbB proton channel  59.72 
 
 
244 aa  223  2e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3329  MotA/TolQ/ExbB proton channel  56.87 
 
 
258 aa  199  3e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.770263  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0788  MotA/TolQ/ExbB proton channel  53.68 
 
 
264 aa  193  3e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00466749  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05243  biopolymer transport protein  44.93 
 
 
232 aa  181  8.000000000000001e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001354  ferric siderophore transport system biopolymer transport protein ExbB  45.25 
 
 
232 aa  178  9e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0024242  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0326  TonB system transport protein ExbB1  43.07 
 
 
228 aa  132  6e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000984448  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1752  TonB system transport protein ExbB1  42.92 
 
 
226 aa  131  1.0000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00726097  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11810  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.79 
 
 
216 aa  78.6  0.00000000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2150  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.23 
 
 
208 aa  78.2  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.162411  normal  0.347505 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3572  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.26 
 
 
210 aa  77.8  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0594941  decreased coverage  0.0034613 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3217  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.45 
 
 
202 aa  77.4  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.581955  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2890  MotA/TolQ/ExbB proton channel  55.41 
 
 
257 aa  72.4  0.000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000981257 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2673  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.11 
 
 
253 aa  72.4  0.000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0561  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.65 
 
 
199 aa  71.6  0.00000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.305166 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2566  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.33 
 
 
208 aa  68.9  0.00000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.11709  decreased coverage  0.00204386 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2061  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.18 
 
 
209 aa  68.9  0.00000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.590103 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0746  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.03 
 
 
339 aa  68.6  0.0000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0899  biopolymer MotA/TolQ/ExbB proton channel family transporter  31.49 
 
 
214 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.197081  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2643  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.2 
 
 
210 aa  67.4  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.232186  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0537  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.49 
 
 
206 aa  67.4  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000013307  unclonable  0.0000000588107 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3153  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.51 
 
 
221 aa  66.6  0.0000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0580  MotA/TolQ/ExbB proton channel  26.23 
 
 
235 aa  67  0.0000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00547042  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0631  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  31.82 
 
 
204 aa  66.6  0.0000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.793155  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1438  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.67 
 
 
232 aa  66.6  0.0000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2483  putative biopolymer transport exbB-like transmembrane protein  30.27 
 
 
213 aa  66.2  0.0000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0658113  normal  0.425168 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1248  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.72 
 
 
210 aa  65.9  0.0000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1743  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.49 
 
 
208 aa  65.5  0.0000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3906  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.32 
 
 
196 aa  65.1  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.286845  normal  0.293846 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0591  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.46 
 
 
214 aa  65.1  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0990686 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2528  biopolymer transport EXBB-like transmembrane protein  29.26 
 
 
206 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0033963  normal  0.0481325 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3210  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.72 
 
 
201 aa  64.3  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000028591  normal  0.177382 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1925  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.4 
 
 
207 aa  64.3  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.373423  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0569  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45 
 
 
230 aa  64.3  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.728472  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4648  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.33 
 
 
218 aa  63.5  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.388023  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2399  MotA/TolQ/ExbB proton channel  27.91 
 
 
206 aa  63.5  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0433367  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1510  exbB-like biopolymer transport  27.12 
 
 
201 aa  63.2  0.000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.232406  normal  0.284557 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2092  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.17 
 
 
204 aa  63.2  0.000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0117508  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0809  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.12 
 
 
227 aa  63.2  0.000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2303  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.38 
 
 
212 aa  62.8  0.000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.466313  normal  0.0952346 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1556  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.38 
 
 
212 aa  62.8  0.000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.25632  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4891  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.39 
 
 
216 aa  62.4  0.000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.333569 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2130  MotA/TolQ/ExbB proton channel  49.25 
 
 
228 aa  62.4  0.000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0769434  normal  0.602608 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2279  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.88 
 
 
233 aa  62.4  0.000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0525667  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1436  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.11 
 
 
218 aa  62  0.000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.383265  normal  0.726638 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0595  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.65 
 
 
231 aa  61.6  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000225479  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2391  biopolymer transport protein  29.38 
 
 
234 aa  61.2  0.00000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1401  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.33 
 
 
188 aa  61.6  0.00000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.471919  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1853  biopolymer transport exbB protein  34.48 
 
 
203 aa  61.2  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.118422  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2393  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.73 
 
 
197 aa  60.5  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1654  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.25 
 
 
480 aa  61.2  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.759397  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1731  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.33 
 
 
207 aa  60.8  0.00000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2805  MotA/TolQ/ExbB proton channel  27.33 
 
 
206 aa  60.1  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00166663  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0916  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.04 
 
 
200 aa  60.5  0.00000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.931657  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0286  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.2 
 
 
212 aa  60.5  0.00000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1369  MotA/TolQ/ExbB proton channel  27.23 
 
 
206 aa  60.5  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3598  tonB-system energizer ExbB  27.37 
 
 
304 aa  59.7  0.00000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0848  TolR-like transport protein  33.9 
 
 
470 aa  59.7  0.00000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.638917  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3670  tonB-system energizer ExbB  37.25 
 
 
144 aa  59.3  0.00000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0724  MotA/TolQ/ExbB proton channel  37.21 
 
 
227 aa  58.9  0.00000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.49682  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0485  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  35.34 
 
 
206 aa  58.9  0.00000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.18294  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0645  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.34 
 
 
206 aa  58.9  0.00000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.557109  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0170  MotA/TolQ/ExbB proton channel  24.42 
 
 
209 aa  58.9  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.508954  normal  0.361198 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4481  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.79 
 
 
230 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1696  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.05 
 
 
235 aa  58.2  0.0000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0353  TonB system biopolymer transport component  33.33 
 
 
460 aa  58.5  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.899068  normal  0.349209 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1559  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.22 
 
 
244 aa  58.5  0.0000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.413379  hitchhiker  0.000693318 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1754  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.73 
 
 
230 aa  58.2  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.0443122 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1566  Tol-Pal system, TolQ  37.5 
 
 
263 aa  58.5  0.0000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000967145 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2942  MotA/TolQ/ExbB proton channel  38.27 
 
 
236 aa  58.2  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000153109  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1848  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.74 
 
 
239 aa  58.2  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.775268  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3240  tolQ protein  34.65 
 
 
236 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.126744  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1858  flagellar motor protein  29.34 
 
 
246 aa  57.4  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.403238  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1029  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.98 
 
 
203 aa  58.2  0.0000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000146441  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1865  MotA/TolQ/ExbB proton channel  37.5 
 
 
210 aa  57.8  0.0000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.646793 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5123  MotA/TolQ/ExbB proton channel  39.39 
 
 
234 aa  57.4  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2157  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.57 
 
 
488 aa  57.4  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1465  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.33 
 
 
144 aa  57.4  0.0000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.163062  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1569  tonB-system energizer ExbB  38.57 
 
 
144 aa  57.8  0.0000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.794762  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1464  hypothetical protein  29.59 
 
 
229 aa  56.6  0.0000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0673  TonB system transport protein ExbB  31 
 
 
230 aa  57  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.649257  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2815  biopolymer transport proteins-like  29.52 
 
 
464 aa  57  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00525326  hitchhiker  0.00000294383 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0349  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.47 
 
 
226 aa  57  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.931428  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1825  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  38.54 
 
 
451 aa  56.6  0.0000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3975  tolQ protein  34.04 
 
 
231 aa  56.6  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0234616  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1412  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34.04 
 
 
231 aa  56.6  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0108204  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0453  biopolymer transport proteins-like  26.97 
 
 
465 aa  56.6  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.204978  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1153  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  35.71 
 
 
457 aa  56.6  0.0000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2947  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30 
 
 
212 aa  56.2  0.0000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4594  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.43 
 
 
215 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02687  tolQ protein  38.27 
 
 
229 aa  56.2  0.0000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000858548  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0873  MotA/TolQ/ExbB proton channel  25.79 
 
 
240 aa  56.2  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.362466  normal  0.116747 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0533  protein TolQ  34.09 
 
 
225 aa  55.8  0.0000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.331397  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1761  TolQ protein  27.75 
 
 
237 aa  55.8  0.0000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>