More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0788 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_0788  MotA/TolQ/ExbB proton channel  100 
 
 
264 aa  517  1e-146  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00466749  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3237  MotA/TolQ/ExbB proton channel  50 
 
 
243 aa  195  7e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.123497  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3671  TonB system transport protein ExbB1  53.68 
 
 
260 aa  194  1e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1019  MotA/TolQ/ExbB proton channel  52.21 
 
 
251 aa  190  2e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0155072  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0964  MotA/TolQ/ExbB proton channel  52.65 
 
 
244 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3340  MotA/TolQ/ExbB proton channel  52.21 
 
 
251 aa  189  4e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191011  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0950  MotA/TolQ/ExbB proton channel  52.21 
 
 
251 aa  188  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.213402  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1052  MotA/TolQ/ExbB proton channel  51.54 
 
 
249 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.171459  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4006  MotA/TolQ/ExbB proton channel  51.98 
 
 
244 aa  187  2e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05243  biopolymer transport protein  40.25 
 
 
232 aa  173  2.9999999999999996e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001354  ferric siderophore transport system biopolymer transport protein ExbB  40.25 
 
 
232 aa  170  2e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0024242  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3329  MotA/TolQ/ExbB proton channel  48.73 
 
 
258 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.770263  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0326  TonB system transport protein ExbB1  38.59 
 
 
228 aa  128  8.000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000984448  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1752  TonB system transport protein ExbB1  40 
 
 
226 aa  125  7e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00726097  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0631  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  34.5 
 
 
204 aa  69.3  0.00000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.793155  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2890  MotA/TolQ/ExbB proton channel  38.66 
 
 
257 aa  68.2  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000981257 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0537  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.44 
 
 
206 aa  68.2  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000013307  unclonable  0.0000000588107 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11810  MotA/TolQ/ExbB proton channel  26.37 
 
 
216 aa  66.6  0.0000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1754  MotA/TolQ/ExbB proton channel  37.93 
 
 
230 aa  66.6  0.0000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.0443122 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1925  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.66 
 
 
207 aa  66.2  0.0000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.373423  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0443  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.57 
 
 
209 aa  65.9  0.0000000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.475045  hitchhiker  0.0000283851 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2483  putative biopolymer transport exbB-like transmembrane protein  27.35 
 
 
213 aa  65.9  0.0000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0658113  normal  0.425168 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2393  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.1 
 
 
197 aa  65.1  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2566  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.71 
 
 
208 aa  65.1  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.11709  decreased coverage  0.00204386 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1731  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.2 
 
 
207 aa  65.1  0.000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2673  MotA/TolQ/ExbB proton channel  48 
 
 
253 aa  63.9  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3217  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.53 
 
 
202 aa  64.3  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.581955  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2643  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.44 
 
 
210 aa  63.9  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.232186  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0569  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.89 
 
 
230 aa  63.9  0.000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.728472  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1556  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.17 
 
 
212 aa  63.9  0.000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.25632  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2303  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.17 
 
 
212 aa  63.9  0.000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.466313  normal  0.0952346 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3572  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.58 
 
 
210 aa  63.5  0.000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0594941  decreased coverage  0.0034613 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4891  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.04 
 
 
216 aa  62.8  0.000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.333569 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0286  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.57 
 
 
212 aa  62.4  0.000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3210  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.25 
 
 
201 aa  62.4  0.000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000028591  normal  0.177382 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3153  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.3 
 
 
221 aa  61.6  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0746  MotA/TolQ/ExbB proton channel  27.78 
 
 
339 aa  61.2  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3906  MotA/TolQ/ExbB proton channel  23.36 
 
 
196 aa  61.2  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.286845  normal  0.293846 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2947  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.77 
 
 
212 aa  61.2  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0645  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.51 
 
 
206 aa  60.1  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.557109  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0485  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  31.51 
 
 
206 aa  60.1  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.18294  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3563  ATPase  29.35 
 
 
220 aa  60.5  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.363023  normal  0.586206 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0561  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.9 
 
 
199 aa  60.1  0.00000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.305166 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1029  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.18 
 
 
203 aa  59.7  0.00000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000146441  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1743  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.67 
 
 
208 aa  60.1  0.00000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1438  MotA/TolQ/ExbB proton channel  40.48 
 
 
232 aa  60.1  0.00000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0691  biopolymer transport protein  42.03 
 
 
151 aa  58.9  0.00000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0618504  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0595  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.41 
 
 
231 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000225479  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2130  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.67 
 
 
228 aa  58.5  0.0000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0769434  normal  0.602608 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2061  MotA/TolQ/ExbB proton channel  43.04 
 
 
209 aa  58.5  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.590103 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2279  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.33 
 
 
233 aa  58.5  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0525667  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1248  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.49 
 
 
210 aa  58.2  0.0000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1436  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.36 
 
 
218 aa  58.2  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.383265  normal  0.726638 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1848  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.15 
 
 
239 aa  58.2  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.775268  normal 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3670  tonB-system energizer ExbB  35 
 
 
144 aa  57.4  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1510  exbB-like biopolymer transport  41.67 
 
 
201 aa  57.8  0.0000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.232406  normal  0.284557 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3788  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34.75 
 
 
237 aa  57.4  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1865  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.28 
 
 
210 aa  57.4  0.0000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.646793 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2957  biopolymer transport proteins-like  28.65 
 
 
242 aa  57.8  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1569  tonB-system energizer ExbB  38.57 
 
 
144 aa  57  0.0000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.794762  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0390  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34 
 
 
227 aa  57.4  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1152  TonB system transport protein ExbB2  37.11 
 
 
180 aa  57  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0916  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.77 
 
 
200 aa  57  0.0000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.931657  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1465  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45.59 
 
 
144 aa  56.6  0.0000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.163062  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1369  MotA/TolQ/ExbB proton channel  43.42 
 
 
206 aa  56.6  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0170  MotA/TolQ/ExbB proton channel  27.6 
 
 
209 aa  56.6  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.508954  normal  0.361198 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2150  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.78 
 
 
208 aa  56.6  0.0000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.162411  normal  0.347505 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0591  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.56 
 
 
214 aa  56.6  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0990686 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5123  MotA/TolQ/ExbB proton channel  40.96 
 
 
234 aa  56.6  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2399  MotA/TolQ/ExbB proton channel  23.85 
 
 
206 aa  56.2  0.0000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0433367  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2154  biopolymer transport protein (ExbB)-like  29.63 
 
 
208 aa  56.2  0.0000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2528  biopolymer transport EXBB-like transmembrane protein  24.31 
 
 
206 aa  55.8  0.0000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0033963  normal  0.0481325 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0595  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.9 
 
 
235 aa  55.8  0.0000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1782  protein TolQ  31.43 
 
 
228 aa  55.5  0.0000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000921899  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2541  protein TolQ  31.43 
 
 
228 aa  55.5  0.0000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000245733  hitchhiker  0.00000309411 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1739  Tol-Pal system TolQ  31.43 
 
 
228 aa  55.5  0.0000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000243293  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2942  MotA/TolQ/ExbB proton channel  38.27 
 
 
236 aa  55.5  0.0000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000153109  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1226  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.35 
 
 
217 aa  55.5  0.0000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0673  TonB system transport protein ExbB  31.18 
 
 
230 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.649257  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4455  MotA/TolQ/ExbB proton channel  24.76 
 
 
226 aa  55.1  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0873  MotA/TolQ/ExbB proton channel  25 
 
 
240 aa  55.1  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.362466  normal  0.116747 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1604  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.43 
 
 
228 aa  55.1  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00156809  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1743  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.48 
 
 
228 aa  54.7  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000915639  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3975  tolQ protein  36.71 
 
 
231 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0234616  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1412  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.71 
 
 
231 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0108204  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0724  MotA/TolQ/ExbB proton channel  37.04 
 
 
227 aa  53.9  0.000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.49682  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1654  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.02 
 
 
480 aa  54.3  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.759397  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1157  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.05 
 
 
230 aa  53.9  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.550239  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2672  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.05 
 
 
230 aa  53.9  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.866778  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2890  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34.02 
 
 
230 aa  54.7  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.229588 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0785  protein TolQ  34 
 
 
222 aa  54.3  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0555571  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4062  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.8 
 
 
236 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.508438  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1853  biopolymer transport exbB protein  41.24 
 
 
203 aa  53.9  0.000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.118422  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4481  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.11 
 
 
230 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0809  MotA/TolQ/ExbB proton channel  37.63 
 
 
227 aa  53.9  0.000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0349  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.45 
 
 
226 aa  53.5  0.000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.931428  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3240  tolQ protein  35.23 
 
 
236 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.126744  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0142  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.63 
 
 
225 aa  53.1  0.000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0009  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.48 
 
 
253 aa  53.5  0.000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00486785 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6028  MotA/TolQ/ExbB proton channel  27.68 
 
 
227 aa  53.1  0.000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.735155  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>