More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1157 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_1157  MotA/TolQ/ExbB proton channel  100 
 
 
230 aa  463  1e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.550239  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2672  MotA/TolQ/ExbB proton channel  100 
 
 
230 aa  463  1e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.866778  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2922  MotA/TolQ/ExbB proton channel  81.3 
 
 
230 aa  384  1e-106  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.835722  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2227  MotA/TolQ/ExbB proton channel  80.95 
 
 
233 aa  379  1e-104  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.260682  hitchhiker  0.000349255 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2890  MotA/TolQ/ExbB proton channel  82.61 
 
 
230 aa  374  1e-102  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.229588 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3115  protein TolQ  80.44 
 
 
240 aa  354  5.999999999999999e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.168396  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2261  protein TolQ  78.79 
 
 
233 aa  350  8e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.267713  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2771  MotA/TolQ/ExbB proton channel  78.79 
 
 
233 aa  350  8e-96  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.978169 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2463  protein TolQ  72.84 
 
 
234 aa  350  1e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0263661  normal  0.458025 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4794  MotA/TolQ/ExbB proton channel  75.54 
 
 
235 aa  345  4e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.108923  normal  0.0322253 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2954  transmembrane protein/ biopolymer transport  72.93 
 
 
227 aa  343  1e-93  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0172322  normal  0.721905 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2941  protein TolQ  72.97 
 
 
236 aa  333  9e-91  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3253  tolQ protein  69.55 
 
 
262 aa  315  4e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3200  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  69.55 
 
 
225 aa  315  5e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.949255  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2664  tolQ protein  69.55 
 
 
225 aa  315  5e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2078  tolQ protein  69.55 
 
 
225 aa  315  5e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3238  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  69.55 
 
 
225 aa  315  5e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.923457  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0830  tolQ protein  69.55 
 
 
225 aa  315  5e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1946  tolQ protein  69.55 
 
 
225 aa  315  5e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1376  tolQ protein  69.55 
 
 
225 aa  315  5e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0482994  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0697  protein TolQ  69.09 
 
 
225 aa  305  4.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.772794  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0680  MotA/TolQ/ExbB proton channel  69.09 
 
 
242 aa  305  6e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.646362  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3892  MotA/TolQ/ExbB proton channel  68.64 
 
 
246 aa  304  7e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2584  protein TolQ  68.18 
 
 
225 aa  302  3.0000000000000004e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.922054  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0772  protein TolQ  68.49 
 
 
225 aa  302  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.265235  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0803  MotA/TolQ/ExbB proton channel  68.49 
 
 
225 aa  302  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0320  MotA/TolQ/ExbB proton channel  68.49 
 
 
225 aa  302  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4056  MotA/TolQ/ExbB proton channel  63.51 
 
 
225 aa  296  2e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3917  biopolymer MotA/TolQ/ExbB proton channel family transporter  68.81 
 
 
225 aa  295  4e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.22506  normal  0.159351 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0762  protein TolQ  68.35 
 
 
225 aa  294  1e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167492  normal  0.258035 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2452  protein TolQ  68.81 
 
 
225 aa  294  1e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0725  protein TolQ  62.95 
 
 
230 aa  285  2.9999999999999996e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.750364  normal  0.0773075 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0681  protein TolQ  62.5 
 
 
230 aa  284  7e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.458824  normal  0.677661 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0785  protein TolQ  63.96 
 
 
222 aa  282  3.0000000000000004e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0555571  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2209  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  59.47 
 
 
231 aa  281  5.000000000000001e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00714084 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2717  MotA/TolQ/ExbB proton channel  59.09 
 
 
228 aa  271  5.000000000000001e-72  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.169266  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0732  TOLQ-like transport transmembrane protein  62.5 
 
 
230 aa  271  7e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.682761 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0792  MotA/TolQ/ExbB proton channel  63.8 
 
 
227 aa  268  4e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2678  MotA/TolQ/ExbB proton channel  63.35 
 
 
227 aa  266  2e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0278  MotA/TolQ/ExbB proton channel  63.68 
 
 
218 aa  265  2.9999999999999995e-70  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.145562  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0306  protein TolQ  61.88 
 
 
218 aa  260  1e-68  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0846201  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2342  MotA/TolQ/ExbB proton channel  55.45 
 
 
224 aa  250  1e-65  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.348836  normal  0.105576 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0245  MotA/TolQ/ExbB proton channel  53.1 
 
 
235 aa  245  4e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2214  MotA/TolQ/ExbB proton channel  51.93 
 
 
232 aa  239  2e-62  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2232  TolQ protein  52.19 
 
 
228 aa  239  2.9999999999999997e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2191  Tol-Pal system TolQ  52.29 
 
 
226 aa  234  9e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000779627  normal  0.358656 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0563  protein TolQ  52.21 
 
 
230 aa  229  2e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.533269  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1226  tolQ protein  51.13 
 
 
225 aa  227  1e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.369592  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1728  tolQ protein  46.49 
 
 
228 aa  227  1e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4539  TolQ protein  53 
 
 
231 aa  227  1e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51750  TolQ protein  53 
 
 
231 aa  227  1e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.438505  hitchhiker  0.0000223597 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3975  tolQ protein  53 
 
 
231 aa  226  2e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0234616  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1412  MotA/TolQ/ExbB proton channel  53 
 
 
231 aa  226  2e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0108204  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0142  MotA/TolQ/ExbB proton channel  53.15 
 
 
225 aa  226  2e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1274  MotA/TolQ/ExbB proton channel  52.75 
 
 
231 aa  226  3e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.232758  normal  0.304845 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1219  biopolymer transport protein TolQ  53.46 
 
 
231 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.712744  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1248  Tol-Pal system, TolQ  53.46 
 
 
231 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.216384  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4199  protein TolQ  53.46 
 
 
231 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.40323  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3996  protein TolQ  53.46 
 
 
231 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.523638  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4405  MotA/TolQ/ExbB proton channel  53.05 
 
 
221 aa  222  4e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0344768  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2534  MotA/TolQ/ExbB proton channel  48 
 
 
228 aa  221  8e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000101898  normal  0.114902 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2443  MotA/TolQ/ExbB proton channel  48 
 
 
228 aa  221  8e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000858501  normal  0.237078 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1739  Tol-Pal system TolQ  47.56 
 
 
228 aa  221  9e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000243293  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1782  protein TolQ  47.56 
 
 
228 aa  221  9e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000921899  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2541  protein TolQ  47.56 
 
 
228 aa  221  9e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000245733  hitchhiker  0.00000309411 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2371  MotA/TolQ/ExbB proton channel  48 
 
 
228 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00211275  normal  0.155674 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1743  MotA/TolQ/ExbB proton channel  47.11 
 
 
228 aa  219  3e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000915639  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1459  MotA/TolQ/ExbB proton channel  49.34 
 
 
229 aa  219  3e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00757308  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1604  MotA/TolQ/ExbB proton channel  47.11 
 
 
228 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00156809  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01607  hypothetical protein  48.66 
 
 
232 aa  218  5e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2532  peptidase A8, signal peptidase II  50.44 
 
 
231 aa  218  6e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00489789  normal  0.411252 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2751  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  47.56 
 
 
228 aa  217  1e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1432  tolQ protein  49.55 
 
 
227 aa  217  2e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000136252  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0533  protein TolQ  51.11 
 
 
225 aa  215  5.9999999999999996e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.331397  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2734  protein TolQ  46.67 
 
 
229 aa  213  9.999999999999999e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.252045  hitchhiker  0.000106629 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1524  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45.85 
 
 
229 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0123133  normal  0.884869 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1391  MotA/TolQ/ExbB proton channel  46.67 
 
 
229 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000787618  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1854  MotA/TolQ/ExbB proton channel  46.29 
 
 
229 aa  212  3.9999999999999995e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0235502  normal  0.794171 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2567  Tol-Pal system TolQ  46.67 
 
 
229 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000576197  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2942  MotA/TolQ/ExbB proton channel  52.7 
 
 
236 aa  210  1e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000153109  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3122  protein TolQ  49.08 
 
 
259 aa  209  2e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1761  TolQ protein  45.95 
 
 
237 aa  210  2e-53  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0413  TolQ  45.95 
 
 
237 aa  210  2e-53  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0635098  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1895  TolQ protein, inner membrane component  48.44 
 
 
228 aa  210  2e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1702  MotA/TolQ/ExbB proton channel  50.45 
 
 
229 aa  209  3e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0354123  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1153  colicin uptake protein TolQ  46.43 
 
 
228 aa  207  1e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1394  colicin uptake protein TolQ  48.07 
 
 
228 aa  206  2e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00123539  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2871  colicin uptake protein TolQ  48.07 
 
 
228 aa  206  2e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000018196  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1235  colicin uptake protein TolQ  45.49 
 
 
227 aa  205  4e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0719257  normal  0.246715 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1276  colicin uptake protein TolQ  47.98 
 
 
224 aa  205  4e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000244479  hitchhiker  0.000166082 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0903  colicin uptake protein TolQ  47.79 
 
 
230 aa  203  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000748349  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2959  colicin uptake protein TolQ  47.84 
 
 
225 aa  204  1e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0410151  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2905  colicin uptake protein TolQ  45.98 
 
 
228 aa  204  1e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.045905  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0781  colicin uptake protein TolQ  47.79 
 
 
230 aa  203  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000154258  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0872  colicin uptake protein TolQ  47.79 
 
 
230 aa  203  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0427185  normal  0.214895 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1246  colicin uptake protein TolQ  47.11 
 
 
228 aa  203  1e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0152271  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0841  colicin uptake protein TolQ  47.79 
 
 
230 aa  203  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000287891  normal  0.682306 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0808  colicin uptake protein TolQ  47.79 
 
 
230 aa  203  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000314408  normal  0.698213 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3090  colicin uptake protein TolQ  47.58 
 
 
228 aa  203  2e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0237739  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0065  protein TolQ  47.27 
 
 
233 aa  202  5e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.566643  normal  0.905632 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>