More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1661 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1661  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 328 aa  674    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2679  LysR family transcriptional regulator  85.98 
 
 		 350 aa  593  1e-169  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.245615  hitchhiker  0.000486304 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2612  LysR family transcriptional regulator  85.37 
 
 		 350 aa  589  1e-167  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13871  hitchhiker  0.00000334013 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2786  LysR family transcriptional regulator  81.31 
 
 		 337 aa  560  1.0000000000000001e-159  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.989304  hitchhiker  0.00367325 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1381  LysR family transcriptional regulator  77.5 
 
 		 324 aa  541  1e-153  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1479  LysR family transcriptional regulator  78.19 
 
 		 324 aa  524  1e-148  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000211446  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1474  LysR family transcriptional regulator  78.19 
 
 		 324 aa  524  1e-148  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000979777  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1510  LysR family transcriptional regulator  78.19 
 
 		 324 aa  524  1e-148  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000904227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2873  transcriptional regulator, LysR family  77.88 
 
 		 324 aa  520  1e-146  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000342278  hitchhiker  0.00000105997 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0997  LysR family transcriptional regulator  50.93 
 
 		 321 aa  336  2.9999999999999997e-91  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0917  LysR family transcriptional regulator  49.04 
 
 		 321 aa  305  5.0000000000000004e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0292456  normal  0.707414 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2919  LysR family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 321 aa  305  8.000000000000001e-82  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2227  LysR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 330 aa  278  7e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000157838  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0912  transcriptional regulator, LysR family protein  45.16 
 
 		 318 aa  256  3e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000235744  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3766  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 322 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3964  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 322 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3839  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 322 aa  113  5e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0311  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 322 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0179  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 322 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0180  transcriptional regulator, LysR family  27.52 
 
 		 322 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4287  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 322 aa  103  5e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.128947 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4571  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 319 aa  100  3e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0238  LysR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 321 aa  99.4  8e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3970  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 317 aa  90.9  3e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0237  LysR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 323 aa  90.1  4e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3589  transcriptional regulator-like protein  23 
 
 		 318 aa  89.4  8e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3969  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 321 aa  86.7  5e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0238  transcriptional regulator-like protein  28.26 
 
 		 332 aa  85.9  8e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3565  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 326 aa  85.9  8e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0239  LysR family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 321 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3154  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 324 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2900  hypothetical protein  26 
 
 		 324 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0512  transcriptional regulator-like protein  28.92 
 
 		 314 aa  82.8  0.000000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2899  transcriptional regulator-like protein  25.31 
 
 		 327 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3566  LysR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 332 aa  80.1  0.00000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3572  LysR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 325 aa  77  0.0000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3571  LysR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 316 aa  75.9  0.0000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0617  transcriptional regulator, LysR family protein  22.67 
 
 		 319 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.468918  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3153  LysR family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 334 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0520  LysR family transcriptional regulator  21.82 
 
 		 321 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3590  transcriptional regulator-like protein  26.25 
 
 		 316 aa  73.2  0.000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3666  LysR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 326 aa  72.8  0.000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0496532  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2838  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.87 
 
 		 328 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2551  LysR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 320 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4210  LysR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 335 aa  70.1  0.00000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2977  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 333 aa  70.1  0.00000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 313 aa  68.6  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3657  LysR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 320 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0288  LysR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 320 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 313 aa  68.9  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 315 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3428  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 303 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000186024  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  27.19 
 
 		 317 aa  65.9  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0243  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 321 aa  65.1  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2073  transcriptional regulator, LysR family protein  27.98 
 
 		 303 aa  64.7  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  38.1 
 
 		 314 aa  63.9  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  38.1 
 
 		 314 aa  63.9  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  36.9 
 
 		 321 aa  63.9  0.000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 317 aa  63.5  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  26.04 
 
 		 323 aa  63.9  0.000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0999  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 315 aa  62  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.913515  normal  0.929233 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3981  LysR family transcriptional regulator  22.1 
 
 		 320 aa  61.6  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 315 aa  61.2  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0624  LysR family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 300 aa  60.5  0.00000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.754981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3988  putative transcriptional regulator SyrB  27.98 
 
 		 301 aa  60.5  0.00000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.859636  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2577  transcriptional regulator, LysR family  25.63 
 
 		 347 aa  60.1  0.00000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 334 aa  60.1  0.00000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3275  transcriptional regulator, LysR family  22.86 
 
 		 300 aa  59.7  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0115346  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2748  transcription regulator protein  23.73 
 
 		 347 aa  59.3  0.00000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 306 aa  59.3  0.00000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5069  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 344 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.256969 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  27.69 
 
 		 309 aa  59.3  0.00000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 314 aa  59.3  0.00000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4179  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  25.68 
 
 		 319 aa  59.3  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.542905  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 308 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 307 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2491  LysR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 344 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.290911  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2987  transcriptional regulator, LysR family  25.21 
 
 		 347 aa  58.9  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.217571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 308 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2445  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  28.8 
 
 		 308 aa  59.3  0.0000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.333927  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5108  transcriptional regulator, LysR family  26.7 
 
 		 300 aa  58.9  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00133603 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4072  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  25.68 
 
 		 319 aa  58.5  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1385  LysR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 311 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4129  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  25.68 
 
 		 319 aa  58.5  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.176556  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4057  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  25.68 
 
 		 319 aa  58.5  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.873373  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 303 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4236  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  25.68 
 
 		 319 aa  58.5  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.253513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1380  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 309 aa  57.8  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.306362  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3021  transcriptional regulator, LysR family  27.95 
 
 		 300 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3530  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 345 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.243257 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 314 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3896  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 345 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.590324  normal  0.42297 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 320 aa  57.4  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5360  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 345 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.516631  normal  0.350489 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3040  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 300 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.575858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  26.28 
 
 		 298 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 311 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0689  transcriptional regulator, LysR family  27.95 
 
 		 300 aa  57.8  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.555049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  26.28 
 
 		 298 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0655  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 300 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>