More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_3530 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007511  Bcep18194_B2491  LysR family transcriptional regulator  92.75 
 
 		 344 aa  642    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.290911  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3896  LysR family transcriptional regulator  92.46 
 
 		 345 aa  637    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.590324  normal  0.42297 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3530  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 345 aa  689    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.243257 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5360  LysR family transcriptional regulator  98.26 
 
 		 345 aa  678    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.516631  normal  0.350489 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3624  LysR family transcriptional regulator  91.88 
 
 		 345 aa  631  1e-180  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0663919  normal  0.760921 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5069  LysR family transcriptional regulator  88.12 
 
 		 344 aa  606  9.999999999999999e-173  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.256969 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0334  LysR family transcriptional regulator  76.45 
 
 		 351 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.86077  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1024  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 305 aa  223  4.9999999999999996e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.849003  normal  0.711621 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3909  transcriptional regulator, LysR family  40.65 
 
 		 306 aa  199  5e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1544  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 309 aa  175  9.999999999999999e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 301 aa  161  1e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 432 aa  160  3e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  37.13 
 
 		 304 aa  159  9e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 345 aa  159  9e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 320 aa  158  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 309 aa  158  2e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 320 aa  158  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  34.1 
 
 		 300 aa  155  8e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  34.97 
 
 		 316 aa  155  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 307 aa  155  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 306 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 305 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 301 aa  154  2.9999999999999998e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 318 aa  153  4e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 316 aa  152  8e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 306 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 307 aa  150  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 307 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 306 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  33.77 
 
 		 321 aa  150  3e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  35.12 
 
 		 316 aa  150  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 317 aa  150  4e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  35.39 
 
 		 309 aa  150  5e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 307 aa  149  6e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.23 
 
 		 300 aa  149  6e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 307 aa  149  6e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 307 aa  149  6e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 308 aa  149  6e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 307 aa  149  6e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 307 aa  149  6e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 309 aa  149  8e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5308  transcriptional regulator, LysR family  32.79 
 
 		 317 aa  148  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 306 aa  147  3e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 317 aa  147  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  31.51 
 
 		 304 aa  146  6e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 309 aa  145  9e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  34.75 
 
 		 307 aa  145  1e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 306 aa  144  3e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 301 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5290  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 327 aa  142  8e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3156  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 308 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  33.88 
 
 		 299 aa  141  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5015  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 308 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357265  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 315 aa  140  3e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 331 aa  140  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 307 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 308 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 308 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  33.03 
 
 		 333 aa  139  7e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 305 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 314 aa  138  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 306 aa  138  1e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 305 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 314 aa  138  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 308 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5082  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 308 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3222  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 301 aa  136  4e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2055  transcriptional regulator, LysR family  32.72 
 
 		 325 aa  136  5e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 310 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 314 aa  135  8e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  28.48 
 
 		 310 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 332 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 301 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 301 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2243  transcription regulator protein  31.63 
 
 		 326 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.145641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2448  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 325 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 303 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 320 aa  133  3.9999999999999996e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.37 
 
 		 309 aa  133  5e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  29.32 
 
 		 309 aa  133  6e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 334 aa  132  6e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 305 aa  132  7.999999999999999e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8471  transcriptional regulator, LysR family  33.12 
 
 		 341 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.376066  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 301 aa  132  9e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3034  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 301 aa  132  9e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0386168  normal  0.816732 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1550  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 333 aa  131  2.0000000000000002e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.135746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 315 aa  131  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 318 aa  130  3e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4339  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.44 
 
 		 330 aa  130  5.0000000000000004e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2223  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 313 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0307  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 308 aa  129  6e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291876  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>