More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2577 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2748  transcription regulator protein  87.86 
 
 		 347 aa  644    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2987  transcriptional regulator, LysR family  97.12 
 
 		 347 aa  702    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.217571  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2577  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 347 aa  721    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2977  LysR family transcriptional regulator  76.97 
 
 		 333 aa  525  1e-148  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2838  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  76.77 
 
 		 328 aa  514  1e-144  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 308 aa  133  5e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 308 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  31.72 
 
 		 310 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 308 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  29.91 
 
 		 310 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 333 aa  129  6e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 311 aa  129  6e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 298 aa  129  6e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 307 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 313 aa  126  6e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.38 
 
 		 309 aa  125  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 315 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 301 aa  125  1e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  31.51 
 
 		 323 aa  124  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  29.08 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 305 aa  125  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 323 aa  124  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 		 309 aa  124  3e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 300 aa  123  5e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 320 aa  122  8e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 327 aa  122  8e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 330 aa  122  9e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 318 aa  121  9.999999999999999e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 323 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  27.94 
 
 		 323 aa  122  9.999999999999999e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 301 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 312 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 318 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 303 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 311 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 320 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2073  transcriptional regulator, LysR family protein  28.1 
 
 		 303 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 301 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1485  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 314 aa  119  6e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.397513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 301 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 331 aa  119  7e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3034  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 301 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0386168  normal  0.816732 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 314 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2520  putative transcriptional regulator  28.67 
 
 		 302 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.617715 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 301 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 317 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3222  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 301 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 300 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4870  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 313 aa  117  3e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.42222  normal  0.01712 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5082  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 301 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 300 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0310  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 308 aa  116  5e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  29.22 
 
 		 300 aa  116  6e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  29.08 
 
 		 314 aa  116  6e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 306 aa  116  6e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 432 aa  115  6.9999999999999995e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 311 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2067  hypothetical protein  29.29 
 
 		 304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 315 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3185  putative transcriptional regulator  31 
 
 		 301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  29.75 
 
 		 327 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37140  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000373718  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  27.3 
 
 		 321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 345 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3796  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 313 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  29.38 
 
 		 313 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 313 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  26.6 
 
 		 321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 323 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  28.89 
 
 		 311 aa  114  3e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 307 aa  114  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3381  transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 		 305 aa  114  3e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.750017  normal  0.450038 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2077  hypothetical protein  28.93 
 
 		 304 aa  114  3e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3329  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 323 aa  114  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  28.9 
 
 		 318 aa  114  4.0000000000000004e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 306 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3988  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 324 aa  113  6e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  24.76 
 
 		 304 aa  112  7.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 302 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 320 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  29.62 
 
 		 316 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1145  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 304 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.610214  normal  0.415034 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 320 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 313 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 302 aa  112  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 332 aa  112  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3262  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 304 aa  111  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 306 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 313 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 306 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 317 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  28.31 
 
 		 322 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  27.69 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>