More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1525 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1525  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  100 
 
 
326 aa  660    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480979  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0197  sigma 32 (RpoH)  83.01 
 
 
329 aa  521  1e-147  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.271088 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6847  RNA polymerase factor sigma-32  50.92 
 
 
296 aa  268  7e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7583  RNA polymerase factor sigma-32  50.55 
 
 
296 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00673582  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0942  RNA polymerase factor sigma-32  50.55 
 
 
297 aa  265  7e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.784725  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5640  RNA polymerase factor sigma-32  49.82 
 
 
297 aa  264  1e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190332  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0371  RNA polymerase factor sigma-32  47.1 
 
 
299 aa  263  4e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.532177  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6760  RNA polymerase factor sigma-32  49.25 
 
 
299 aa  263  4e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1001  RNA polymerase factor sigma-32  50.18 
 
 
297 aa  262  6e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0964  RNA polymerase factor sigma-32  50.18 
 
 
297 aa  262  6e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.45833 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0347  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  47.93 
 
 
299 aa  259  3e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0455  RNA polymerase factor sigma-32  46.74 
 
 
299 aa  259  4e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.676672  normal  0.248951 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0360  RNA polymerase factor sigma-32  46.74 
 
 
299 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000866831 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2860  RNA polymerase factor sigma-32  46.01 
 
 
299 aa  258  1e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0605  RNA polymerase factor sigma-32  46.38 
 
 
299 aa  257  2e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3156  RNA polymerase factor sigma-32  49.06 
 
 
308 aa  257  2e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00251516  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2430  RNA polymerase factor sigma-32  46.38 
 
 
299 aa  256  3e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0283677 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1236  RNA polymerase factor sigma-32  50.19 
 
 
303 aa  256  3e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1650  RNA polymerase factor sigma-32  49.81 
 
 
303 aa  256  4e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0113806  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2614  RNA polymerase factor sigma-32  49.25 
 
 
301 aa  256  5e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1986  RNA polymerase factor sigma-32  47 
 
 
300 aa  255  8e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.134117 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0287  RNA polymerase factor sigma-32  46.82 
 
 
303 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2307  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.59 
 
 
303 aa  253  3e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00328793 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1597  RNA polymerase factor sigma-32  49.42 
 
 
303 aa  253  4.0000000000000004e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2159  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  49.06 
 
 
340 aa  252  6e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  45.7 
 
 
295 aa  246  3e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3538  RNA polymerase factor sigma-32  47.39 
 
 
300 aa  246  4e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0192521  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3087  RNA polymerase factor sigma-32  47.04 
 
 
302 aa  245  9e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341195  normal  0.142268 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3344  RNA polymerase factor sigma-32  46.67 
 
 
302 aa  243  3e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0584  RNA polymerase factor sigma-32  47.01 
 
 
295 aa  243  3e-63  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114197  hitchhiker  0.000584555 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1110  RNA polymerase factor sigma-32  48.85 
 
 
299 aa  242  7e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2718  RNA polymerase factor sigma-32  46.07 
 
 
296 aa  242  7e-63  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0662  RNA polymerase factor sigma-32  47.01 
 
 
295 aa  234  1.0000000000000001e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1021  RNA polymerase factor sigma-32  44.76 
 
 
306 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000226407  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2410  RNA polymerase factor sigma-32  46.64 
 
 
298 aa  230  3e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1073  RNA polymerase factor sigma-32  46.64 
 
 
298 aa  230  3e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.293042  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  43.2 
 
 
300 aa  229  5e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1572  RNA polymerase factor sigma-32  45.2 
 
 
298 aa  226  6e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.013476  normal  0.683466 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0601  RNA polymerase factor sigma-32  47.23 
 
 
292 aa  224  1e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.907617  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  44.4 
 
 
299 aa  224  1e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2254  RNA polymerase factor sigma-32  47.23 
 
 
292 aa  224  1e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.142039  normal  0.411948 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2609  RNA polymerase factor sigma-32  45.9 
 
 
298 aa  223  4e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000766177 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0482  RNA polymerase factor sigma-32  47.23 
 
 
292 aa  223  4e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.540946  normal  0.173001 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2216  RNA polymerase factor sigma-32  45.35 
 
 
301 aa  222  8e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239761  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0060  RNA polymerase factor sigma-32  44.12 
 
 
301 aa  221  9.999999999999999e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0322341  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3045  RNA polymerase factor sigma-32  43.49 
 
 
299 aa  221  9.999999999999999e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3400  RNA polymerase factor sigma-32  43.73 
 
 
298 aa  219  3.9999999999999997e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.874849  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2978  RNA polymerase factor sigma-32  45.14 
 
 
293 aa  208  8e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2854  sigma 32 (RpoH)  42.42 
 
 
279 aa  200  1.9999999999999998e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000132969  hitchhiker  0.0000000816438 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0655  RNA polymerase sigma-32 factor  40.07 
 
 
284 aa  200  3e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00800994  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1991  RNA polymerase sigma factor RpoH  43.33 
 
 
307 aa  199  3.9999999999999996e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0906  RNA polymerase factor sigma-32  43.49 
 
 
292 aa  199  3.9999999999999996e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1887  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  42.22 
 
 
307 aa  196  3e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1972  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.22 
 
 
307 aa  196  3e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0341  RNA polymerase sigma-32 factor  40.29 
 
 
288 aa  196  4.0000000000000005e-49  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788591  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0385  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  37.76 
 
 
300 aa  195  1e-48  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.58272  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0655  RNA polymerase sigma-32 factor  39.07 
 
 
297 aa  195  1e-48  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0381956  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2297  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.11 
 
 
305 aa  192  5e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000241193  normal  0.392536 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1330  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.53 
 
 
285 aa  192  6e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000387324  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0181  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  39.31 
 
 
280 aa  191  2e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000220203  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0456  RNA polymerase factor sigma-32  43.63 
 
 
292 aa  191  2e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.369824  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1848  RNA polymerase sigma factor RpoH  41.13 
 
 
307 aa  190  2.9999999999999997e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370084  normal  0.912724 
 
 
-
 
NC_002978  WD1064  heat shock sigma factor RpoH  37.88 
 
 
297 aa  189  4e-47  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0283902  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0114  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  37.72 
 
 
292 aa  187  2e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00356807  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1717  RNA polymerase factor sigma-32  41.83 
 
 
293 aa  185  9e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4806  RNA polymerase factor sigma-32  41.73 
 
 
293 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0484047  hitchhiker  0.000291044 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0586  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  40.23 
 
 
285 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00166054 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0570  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  40.59 
 
 
291 aa  183  3e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0858  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  37.95 
 
 
350 aa  182  7e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000347952  normal  0.310936 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0573  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  39.47 
 
 
285 aa  182  7e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000689788  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0664  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  39.08 
 
 
282 aa  181  1e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000163215  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1693  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.12 
 
 
298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.199349 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3950  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  40.74 
 
 
280 aa  179  4e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000446037  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4270  RNA polymerase factor sigma-32  39.92 
 
 
285 aa  179  7e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2323  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  39.54 
 
 
290 aa  178  1e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000107256  normal  0.893759 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3837  RNA polymerase factor sigma-32  37.76 
 
 
286 aa  177  2e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0265332  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1763  RNA polymerase factor sigma-32  37.85 
 
 
311 aa  176  3e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00750009  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1701  RNA polymerase factor sigma-32  37.85 
 
 
311 aa  176  5e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0000437901  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1137  RNA polymerase factor sigma-32  37.46 
 
 
311 aa  176  7e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0702  sigma 32 (RpoH)  38.28 
 
 
285 aa  176  7e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000179676  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3380  RNA polymerase factor sigma-32  38.29 
 
 
284 aa  174  9.999999999999999e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.0000950238  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2382  RNA polymerase, sigma (32) factor  39.62 
 
 
286 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.21763e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1108  RNA polymerase sigma-70  40.28 
 
 
299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0489202  normal  0.248396 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2116  sigma 70 family protein  38.43 
 
 
360 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00000000331512  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2201  RNA polymerase factor sigma-32  36.64 
 
 
311 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.66943  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2826  RNA polymerase factor sigma-32  36.64 
 
 
311 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3111  RNA polymerase factor sigma-32  39.15 
 
 
288 aa  174  2.9999999999999996e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.58748  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2815  RNA polymerase factor sigma-32  36.64 
 
 
311 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2733  RNA polymerase factor sigma-32  37.78 
 
 
311 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.328689  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2875  RNA polymerase factor sigma-32  37.78 
 
 
311 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4146  RNA polymerase factor sigma-32  38.58 
 
 
307 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4142  RNA polymerase factor sigma-32  39.53 
 
 
287 aa  172  9e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000322567  normal  0.133894 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0356  RNA polymerase factor sigma-32  36.5 
 
 
372 aa  171  1e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000321506  hitchhiker  0.000547654 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0374  RNA polymerase factor sigma-32  36.67 
 
 
306 aa  171  1e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.391616  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0207  RNA polymerase factor sigma-32  35.74 
 
 
341 aa  171  2e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00507389  hitchhiker  0.000595744 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0345  sigma-70 factor  37.02 
 
 
281 aa  171  2e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.79091  normal  0.0122375 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3813  RNA polymerase factor sigma-32  39.53 
 
 
287 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.674997  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1128  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  40.6 
 
 
300 aa  171  2e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1069  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  40.6 
 
 
300 aa  171  2e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2302  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  38.01 
 
 
287 aa  171  2e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.962406  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>