165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_7048 on replicon NC_012858
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012858  Rleg_7048  Ku protein  100 
 
 		 270 aa  547  1e-155  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.711994  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5141  Ku protein  87.04 
 
 		 270 aa  457  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.622858  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6966  Ku protein  75.28 
 
 		 275 aa  426  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8016  Ku protein  69.23 
 
 		 273 aa  369  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0632763  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4362  Ku family containing protein  61.48 
 
 		 269 aa  336  1.9999999999999998e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1427  Ku family containing protein  58.58 
 
 		 271 aa  333  1e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.213972  hitchhiker  0.00131417 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4314  Ku family containing protein  61.74 
 
 		 266 aa  320  9.999999999999999e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1151  Ku domain-containing protein  56.87 
 
 		 270 aa  317  2e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2175  Ku domain-containing protein  59.62 
 
 		 262 aa  314  9.999999999999999e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0621113  decreased coverage  0.00931596 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1735  Ku protein  58.62 
 
 		 271 aa  312  2.9999999999999996e-84  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0383  Ku protein  59.11 
 
 		 267 aa  312  3.9999999999999997e-84  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2434  Ku domain-containing protein  58.39 
 
 		 264 aa  311  4.999999999999999e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.359133  normal  0.109903 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0523  hypothetical protein  60 
 
 		 262 aa  309  4e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0306  Ku protein  55.51 
 
 		 268 aa  294  9e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0275  Ku protein  55.93 
 
 		 267 aa  293  2e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2240  Ku protein  51.49 
 
 		 268 aa  275  6e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.986714 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0355  hypothetical protein  41.64 
 
 		 327 aa  220  1.9999999999999999e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.162182 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3065  hypothetical protein  41.06 
 
 		 321 aa  215  5e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.012759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4172  Ku protein  41.54 
 
 		 293 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.411787  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3871  hypothetical protein  40.23 
 
 		 312 aa  213  3.9999999999999995e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0577  Ku  38.75 
 
 		 349 aa  211  7.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0450  hypothetical protein  40.57 
 
 		 333 aa  211  1e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0154  hypothetical protein  39.16 
 
 		 328 aa  210  2e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3917  hypothetical protein  40.68 
 
 		 278 aa  210  2e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0698  Ku-like protein  39.69 
 
 		 332 aa  209  5e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3686  Ku  42.75 
 
 		 291 aa  208  6e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.486254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6331  hypothetical protein  41.7 
 
 		 293 aa  206  3e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.120205 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0391  Ku protein  39.54 
 
 		 331 aa  206  4e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3491  hypothetical protein  41.18 
 
 		 294 aa  203  2e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3324  hypothetical protein  38.78 
 
 		 310 aa  202  4e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1875  Ku-like protein  40.75 
 
 		 293 aa  199  3e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0388482  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4302  Ku family containing protein  38.31 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.551773  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1773  Ku protein  38.38 
 
 		 283 aa  186  5e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.155858 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1426  Ku family containing protein  37.69 
 
 		 294 aa  179  4e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198791  hitchhiker  0.00133741 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3981  Ku family containing protein  38.35 
 
 		 285 aa  177  1e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.288761 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1149  Ku domain-containing protein  34.98 
 
 		 281 aa  177  2e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1734  Ku protein  34.72 
 
 		 282 aa  177  2e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.675504 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0381  Ku protein  36.12 
 
 		 287 aa  176  3e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3906  hypothetical protein  37.17 
 
 		 269 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.906907  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1694  Ku protein  34.98 
 
 		 285 aa  169  3e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0306892  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1263  Ku domain-containing protein  35.21 
 
 		 267 aa  167  2e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.647128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0276  Ku protein  33.85 
 
 		 284 aa  165  9e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2176  Ku domain-containing protein  36 
 
 		 267 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00076571  normal  0.0371963 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0307  Ku protein  33.46 
 
 		 284 aa  162  8.000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7047  Ku protein  35.78 
 
 		 302 aa  160  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.616024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5142  Ku protein  33.33 
 
 		 304 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4361  Ku family containing protein  34.38 
 
 		 299 aa  159  3e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2978  Ku domain-containing protein  34.96 
 
 		 307 aa  156  4e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.180009  normal  0.23611 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4316  Ku family containing protein  34.1 
 
 		 285 aa  152  4e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2238  Ku protein  33.92 
 
 		 287 aa  152  5.9999999999999996e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6965  Ku protein  32.2 
 
 		 297 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.697838  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0524  hypothetical protein  35.11 
 
 		 267 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8015  Ku protein  32.86 
 
 		 295 aa  147  3e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1347  Ku domain-containing protein  30.77 
 
 		 339 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0473966  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6482  Ku domain-containing protein  30.77 
 
 		 339 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.193734  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6072  Ku protein  31 
 
 		 339 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0823424 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5611  Ku domain-containing protein  30.4 
 
 		 335 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.542393 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1894  Ku domain-containing protein  32.35 
 
 		 310 aa  137  2e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566888 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6341  Ku protein  30.4 
 
 		 335 aa  136  4e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.198926 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0980  Ku protein  32.21 
 
 		 324 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0489  Ku protein  31.5 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.288787 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0502  Ku protein  31.95 
 
 		 304 aa  133  3e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0488801 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0189  hypothetical DNA-binding protein  28.73 
 
 		 284 aa  131  1.0000000000000001e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2134  Ku protein  28.36 
 
 		 274 aa  129  7.000000000000001e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3002  hypothetical protein  29.39 
 
 		 311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0841521  normal  0.430535 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0497  Ku protein  29.1 
 
 		 341 aa  127  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1176  Ku  31.7 
 
 		 320 aa  126  4.0000000000000003e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.336283  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5475  Ku protein  28.52 
 
 		 347 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110297 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1857  Ku domain protein  29.3 
 
 		 333 aa  125  5e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.195497 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2329  Ku-domain-containing protein  30.8 
 
 		 335 aa  125  6e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.831159  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2607  DNA end-binding protein Ku  29.92 
 
 		 290 aa  125  7e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1902  Ku protein  32.81 
 
 		 330 aa  123  3e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3216  Ku domain-containing protein  30.92 
 
 		 283 aa  123  3e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.437219 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1209  Ku protein  30.04 
 
 		 273 aa  122  5e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.580217  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2990  Ku protein  33.07 
 
 		 286 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.575135  normal  0.987869 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1337  Ku70/Ku80 beta-barrel domain-containing protein  29.15 
 
 		 367 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3113  Ku protein  29.15 
 
 		 368 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2989  Ku protein  29.15 
 
 		 368 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0677507  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0921  Ku family containing protein  31.58 
 
 		 318 aa  120  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.4753  normal  0.90193 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2246  putative Ku-like DNA-end-binding protein  28.41 
 
 		 299 aa  118  9.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5247  Ku protein  31.58 
 
 		 347 aa  118  9.999999999999999e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0342675  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2520  Ku domain-containing protein  30.34 
 
 		 375 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0938  Ku family containing protein  29.59 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.903247  normal  0.163745 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2656  Ku protein  26.46 
 
 		 282 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.677604  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8388  Ku family containing protein  31.95 
 
 		 293 aa  116  3.9999999999999997e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.97043 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3084  Ku protein  32.74 
 
 		 284 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0045  Ku domainn containing protein  28.57 
 
 		 278 aa  114  1.0000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.661126  normal  0.14113 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2640  Ku protein  26.07 
 
 		 273 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.536145  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3255  hypothetical protein  26.07 
 
 		 273 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0605236  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3805  DNA end-binding protein Ku  30.38 
 
 		 396 aa  112  7.000000000000001e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.683793  normal  0.320133 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2524  Ku domain-containing protein  28.68 
 
 		 347 aa  112  7.000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000225561 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2119  Ku protein  29.17 
 
 		 343 aa  112  8.000000000000001e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0642435  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4340  Ku protein  30.84 
 
 		 325 aa  112  9e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00918042 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2506  Ku family containing protein  26.07 
 
 		 273 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1335  Ku protein  28.3 
 
 		 347 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.326458  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3329  Ku protein  28.03 
 
 		 286 aa  111  1.0000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0181402  normal  0.3354 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0953  Ku domain-containing protein  28.74 
 
 		 270 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3465  KU domain protein  28.68 
 
 		 299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.674832  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4108  Ku family containing protein  31.46 
 
 		 391 aa  110  2.0000000000000002e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2229  Ku protein  31.45 
 
 		 274 aa  110  3e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>