202 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_2249 on replicon NC_011369
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011369  Rleg2_2249  Pyridoxal-dependent decarboxylase  100 
 
 
471 aa  951    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.198283  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2558  Pyridoxal-dependent decarboxylase  90.56 
 
 
467 aa  838    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4423  pyridoxal-dependent decarboxylase  65.95 
 
 
473 aa  580  1e-164  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.904496 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5923  pyridoxal-dependent decarboxylase  52.06 
 
 
483 aa  444  1e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.520992  normal  0.358507 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1168  Pyridoxal-dependent decarboxylase  48.96 
 
 
482 aa  364  2e-99  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2732  pyridoxal-dependent decarboxylase  50.74 
 
 
463 aa  364  2e-99  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.238333 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2702  pyridoxal-dependent decarboxylase  50.49 
 
 
463 aa  361  1e-98  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.146813  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2746  pyridoxal-dependent decarboxylase  50.49 
 
 
463 aa  361  1e-98  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1421  Pyridoxal-dependent decarboxylase  46.72 
 
 
463 aa  345  1e-93  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000571165 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1409  pyridoxal-dependent decarboxylase  45.22 
 
 
474 aa  344  2e-93  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2377  pyridoxal-dependent decarboxylase  48.77 
 
 
518 aa  335  1e-90  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.873986 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4172  pyridoxal-dependent decarboxylase  44.9 
 
 
450 aa  318  1e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4823  pyridoxal-dependent decarboxylase  44.9 
 
 
450 aa  318  1e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.493898  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0178  Pyridoxal-dependent decarboxylase  46.94 
 
 
462 aa  318  1e-85  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3343  pyridoxal-dependent decarboxylase  44.9 
 
 
450 aa  318  1e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.748078  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0411  Pyridoxal-dependent decarboxylase  43.79 
 
 
450 aa  318  1e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.2389  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2867  pyridoxal-dependent decarboxylase  43.76 
 
 
529 aa  316  7e-85  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121962  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3740  Pyridoxal-dependent decarboxylase  45.13 
 
 
455 aa  313  5.999999999999999e-84  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0339785 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2911  pyridoxal-dependent decarboxylase  44.67 
 
 
450 aa  312  7.999999999999999e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3271  pyridoxal-dependent decarboxylase  42.73 
 
 
450 aa  312  1e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  44.03 
 
 
450 aa  311  1e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.164346  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5130  pyridoxal-dependent decarboxylase  43.31 
 
 
450 aa  310  2e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.768223 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3871  pyridoxal-dependent decarboxylase  38.82 
 
 
480 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6911  Pyridoxal-dependent decarboxylase  44.31 
 
 
451 aa  302  7.000000000000001e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.414893 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2955  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  43.94 
 
 
450 aa  301  2e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1440  pyridoxal-dependent decarboxylase  36.88 
 
 
474 aa  238  2e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.108677 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2266  Pyridoxal-dependent decarboxylase  36.59 
 
 
517 aa  219  1e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.981708  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4871  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.78 
 
 
486 aa  197  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16102  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1241  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.9 
 
 
466 aa  196  8.000000000000001e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7120  pyridoxal-dependent decarboxylase  34.6 
 
 
466 aa  196  1e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00363554  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2413  Pyridoxal-dependent decarboxylase  35.06 
 
 
459 aa  195  2e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.190091 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2531  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.81 
 
 
460 aa  194  3e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00114613  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1102  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.21 
 
 
492 aa  187  4e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.967255  normal  0.206901 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4944  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.1 
 
 
486 aa  186  7e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.326969  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5531  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  32.17 
 
 
502 aa  185  1.0000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.245703 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4283  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.8 
 
 
486 aa  185  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3049  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.59 
 
 
471 aa  184  2.0000000000000003e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1181  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.93 
 
 
464 aa  184  3e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.823264 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1514  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.42 
 
 
467 aa  183  7e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0060  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.38 
 
 
465 aa  182  1e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.474391 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2925  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.37 
 
 
470 aa  181  2.9999999999999997e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1334  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.37 
 
 
497 aa  179  1e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4177  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.11 
 
 
484 aa  176  9e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.51833  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4065  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.33 
 
 
529 aa  164  3e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.125159  normal  0.183613 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2157  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.61 
 
 
479 aa  164  5.0000000000000005e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0114  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.84 
 
 
480 aa  160  5e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15522  normal  0.0242531 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4339  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.3 
 
 
517 aa  158  2e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.843861  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2115  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.96 
 
 
489 aa  157  5.0000000000000005e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3466  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.67 
 
 
470 aa  154  4e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.811665  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1305  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.47 
 
 
480 aa  150  4e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2916  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.05 
 
 
510 aa  150  6e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.122607 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.91 
 
 
466 aa  149  7e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2555  decarboxylase, pyridoxal-dependent  27.01 
 
 
484 aa  147  3e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000100435 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2539  decarboxylase, pyridoxal-dependent  27.01 
 
 
484 aa  145  1e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2724  decarboxylase, pyridoxal-dependent  27.01 
 
 
484 aa  145  1e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1282  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.83 
 
 
477 aa  145  1e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04970  decarboxylase, pyridoxal-dependent  26.79 
 
 
479 aa  145  1e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.421495  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2734  decarboxylase, pyridoxal-dependent  27.01 
 
 
484 aa  145  1e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08514e-18 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1038  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.45 
 
 
483 aa  144  3e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0071  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.83 
 
 
474 aa  140  6e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.621553  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1124  aromatic amino acid decarboxylase, putative  27.62 
 
 
491 aa  140  7e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1238  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.97 
 
 
486 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3501  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.24 
 
 
464 aa  134  3.9999999999999996e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00371632 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1738  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.08 
 
 
474 aa  133  5e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03010  PLP-dependent enzyme, glutamate decarboxylase  31.07 
 
 
442 aa  133  7.999999999999999e-30  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02091  tyrosine decarboxylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G04980)  30.7 
 
 
508 aa  132  1.0000000000000001e-29  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3338  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.39 
 
 
492 aa  129  8.000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133892  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1957  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.19 
 
 
476 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6535  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.61 
 
 
474 aa  127  5e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.240801 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0214  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.43 
 
 
527 aa  127  6e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2983  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.57 
 
 
496 aa  126  7e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1409  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.23 
 
 
478 aa  126  9e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.557357  hitchhiker  0.0000101933 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2788  aromatic amino acid decarboxylase  27.23 
 
 
471 aa  124  2e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0076  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.72 
 
 
458 aa  124  4e-27  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2647  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.78 
 
 
478 aa  124  4e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.88616  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2867  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.01 
 
 
471 aa  123  6e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2740  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.92 
 
 
530 aa  122  9.999999999999999e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.14205  normal  0.0399621 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1334  aromatic amino acid decarboxylase  27.01 
 
 
471 aa  122  9.999999999999999e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0883  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  22.8 
 
 
486 aa  121  3e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0909  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  22.8 
 
 
486 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1832  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.61 
 
 
475 aa  120  7e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.536749  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2714  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.01 
 
 
488 aa  120  7e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216735  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3163  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.38 
 
 
478 aa  118  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.491116  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2552  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.14 
 
 
470 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00803752 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1644  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.01 
 
 
550 aa  117  6e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2418  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.65 
 
 
490 aa  117  6e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000894226  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1074  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.24 
 
 
551 aa  116  7.999999999999999e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0179371  normal  0.433316 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3364  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.91 
 
 
470 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.561482 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6192  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.63 
 
 
492 aa  114  3e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.478239  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2551  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.57 
 
 
534 aa  114  3e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.547739 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1126  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.61 
 
 
471 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0279279 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1707  group II decarboxylase  31.29 
 
 
552 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0663746  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2059  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.72 
 
 
495 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00190827  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2448  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  26.12 
 
 
515 aa  111  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.16 
 
 
530 aa  110  4.0000000000000004e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2160  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  23.71 
 
 
479 aa  110  4.0000000000000004e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.222222  normal  0.771411 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4221  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.79 
 
 
488 aa  110  6e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.488782 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0279  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.66 
 
 
461 aa  110  7.000000000000001e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3330  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.51 
 
 
503 aa  110  7.000000000000001e-23  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.405304  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2223  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.56 
 
 
470 aa  110  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0898505  normal  0.960692 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>