222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5130 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007511  Bcep18194_B2911  pyridoxal-dependent decarboxylase  93.99 
 
 
450 aa  807    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4172  pyridoxal-dependent decarboxylase  92.89 
 
 
450 aa  821    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6911  Pyridoxal-dependent decarboxylase  78.67 
 
 
451 aa  669    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.414893 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2955  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  79.13 
 
 
450 aa  645    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4823  pyridoxal-dependent decarboxylase  92.89 
 
 
450 aa  821    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.493898  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5130  pyridoxal-dependent decarboxylase  100 
 
 
450 aa  897    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.768223 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3343  pyridoxal-dependent decarboxylase  92.89 
 
 
450 aa  821    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.748078  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3271  pyridoxal-dependent decarboxylase  96.88 
 
 
450 aa  843    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0411  Pyridoxal-dependent decarboxylase  69.66 
 
 
450 aa  629  1e-179  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.2389  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  71.24 
 
 
450 aa  621  1e-176  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.164346  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2732  pyridoxal-dependent decarboxylase  46.85 
 
 
463 aa  321  9.999999999999999e-87  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.238333 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0178  Pyridoxal-dependent decarboxylase  48.2 
 
 
462 aa  319  6e-86  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2702  pyridoxal-dependent decarboxylase  46.4 
 
 
463 aa  318  2e-85  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.146813  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2746  pyridoxal-dependent decarboxylase  46.4 
 
 
463 aa  318  2e-85  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2558  Pyridoxal-dependent decarboxylase  43.54 
 
 
467 aa  310  4e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4423  pyridoxal-dependent decarboxylase  44.89 
 
 
473 aa  308  1.0000000000000001e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.904496 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2249  Pyridoxal-dependent decarboxylase  43.31 
 
 
471 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.198283  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1421  Pyridoxal-dependent decarboxylase  42.99 
 
 
463 aa  300  5e-80  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000571165 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1409  pyridoxal-dependent decarboxylase  41.54 
 
 
474 aa  292  7e-78  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1168  Pyridoxal-dependent decarboxylase  42.86 
 
 
482 aa  291  2e-77  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5923  pyridoxal-dependent decarboxylase  42.89 
 
 
483 aa  290  4e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.520992  normal  0.358507 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3871  pyridoxal-dependent decarboxylase  41.28 
 
 
480 aa  286  8e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2377  pyridoxal-dependent decarboxylase  43.36 
 
 
518 aa  272  7e-72  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.873986 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2867  pyridoxal-dependent decarboxylase  43.22 
 
 
529 aa  266  7e-70  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121962  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3740  Pyridoxal-dependent decarboxylase  41.78 
 
 
455 aa  265  2e-69  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0339785 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1440  pyridoxal-dependent decarboxylase  37.29 
 
 
474 aa  230  4e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.108677 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2266  Pyridoxal-dependent decarboxylase  38.36 
 
 
517 aa  229  8e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.981708  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2413  Pyridoxal-dependent decarboxylase  35.9 
 
 
459 aa  186  5e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.190091 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7120  pyridoxal-dependent decarboxylase  35.73 
 
 
466 aa  184  3e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00363554  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1241  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.67 
 
 
466 aa  183  6e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1181  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.58 
 
 
464 aa  181  2.9999999999999997e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.823264 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1514  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.64 
 
 
467 aa  177  3e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2531  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.82 
 
 
460 aa  175  9.999999999999999e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00114613  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0060  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.52 
 
 
465 aa  175  1.9999999999999998e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.474391 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3049  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.41 
 
 
471 aa  171  3e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02091  tyrosine decarboxylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G04980)  33.62 
 
 
508 aa  163  5.0000000000000005e-39  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2925  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.47 
 
 
470 aa  162  9e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4065  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.47 
 
 
529 aa  149  1.0000000000000001e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.125159  normal  0.183613 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2115  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.67 
 
 
489 aa  144  3e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4339  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.32 
 
 
517 aa  138  2e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.843861  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2157  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.05 
 
 
479 aa  136  8e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5531  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  30.21 
 
 
502 aa  136  9e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.245703 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1282  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.74 
 
 
477 aa  135  9.999999999999999e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1102  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.21 
 
 
492 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.967255  normal  0.206901 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3338  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.14 
 
 
492 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133892  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.17 
 
 
495 aa  126  6e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0161317  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3209  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.84 
 
 
579 aa  125  1e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2059  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.92 
 
 
495 aa  125  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00190827  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4944  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.83 
 
 
486 aa  124  4e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.326969  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.99 
 
 
466 aa  123  5e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1334  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.67 
 
 
497 aa  123  6e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2418  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.36 
 
 
490 aa  123  8e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000894226  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4871  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.32 
 
 
486 aa  122  9e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16102  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4177  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.26 
 
 
484 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.51833  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1409  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  25.77 
 
 
478 aa  122  9.999999999999999e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.557357  hitchhiker  0.0000101933 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2555  decarboxylase, pyridoxal-dependent  27.33 
 
 
484 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000100435 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2714  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.79 
 
 
488 aa  122  1.9999999999999998e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216735  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1038  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.37 
 
 
483 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2539  decarboxylase, pyridoxal-dependent  26.74 
 
 
484 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2724  decarboxylase, pyridoxal-dependent  26.74 
 
 
484 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4283  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.6 
 
 
486 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2734  decarboxylase, pyridoxal-dependent  26.74 
 
 
484 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08514e-18 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2033  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.87 
 
 
490 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.376208  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0883  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.07 
 
 
486 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0909  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  25.83 
 
 
486 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04970  decarboxylase, pyridoxal-dependent  23.33 
 
 
479 aa  116  6.9999999999999995e-25  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.421495  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2160  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  24.43 
 
 
479 aa  116  1.0000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.222222  normal  0.771411 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2916  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.18 
 
 
510 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.122607 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2983  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.36 
 
 
496 aa  115  2.0000000000000002e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2788  aromatic amino acid decarboxylase  23.86 
 
 
471 aa  115  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2867  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  23.86 
 
 
471 aa  115  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0071  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.67 
 
 
474 aa  114  3e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.621553  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1124  aromatic amino acid decarboxylase, putative  25.7 
 
 
491 aa  114  5e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1334  aromatic amino acid decarboxylase  23.86 
 
 
471 aa  114  5e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6192  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31 
 
 
492 aa  113  5e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.478239  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1738  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.87 
 
 
474 aa  114  5e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3466  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  24.88 
 
 
470 aa  113  6e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.811665  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1238  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.71 
 
 
486 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1305  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.12 
 
 
480 aa  111  2.0000000000000002e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0076  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.99 
 
 
458 aa  111  3e-23  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03010  PLP-dependent enzyme, glutamate decarboxylase  30.9 
 
 
442 aa  110  4.0000000000000004e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1832  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.64 
 
 
475 aa  110  4.0000000000000004e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.536749  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1007  putative decarboxylase  27.71 
 
 
543 aa  109  9.000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0114  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.05 
 
 
480 aa  109  1e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15522  normal  0.0242531 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2223  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.19 
 
 
470 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0898505  normal  0.960692 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0590  putative L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  25.56 
 
 
484 aa  108  2e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.126403  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1957  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.29 
 
 
476 aa  108  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2448  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  24.46 
 
 
515 aa  107  5e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3501  pyridoxal-dependent decarboxylase  23.99 
 
 
464 aa  107  5e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00371632 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1074  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.52 
 
 
551 aa  107  6e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0179371  normal  0.433316 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1428  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.13 
 
 
476 aa  106  9e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0214  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.65 
 
 
527 aa  105  2e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3459  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.8 
 
 
511 aa  104  3e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3190  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  23.97 
 
 
515 aa  104  4e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.399603  normal  0.0148161 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2032  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.17 
 
 
547 aa  104  4e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0351867  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1807  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.97 
 
 
789 aa  104  4e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000170312  normal  0.0915506 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3163  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.22 
 
 
478 aa  103  7e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.491116  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1644  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.53 
 
 
550 aa  103  9e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3135  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.82 
 
 
551 aa  102  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0142161 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2547  pyridoxal-dependent decarboxylase  23.73 
 
 
515 aa  102  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>