229 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_6911 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010552  BamMC406_3271  pyridoxal-dependent decarboxylase  78.83 
 
 
450 aa  699    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6911  Pyridoxal-dependent decarboxylase  100 
 
 
451 aa  910    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.414893 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4172  pyridoxal-dependent decarboxylase  81.03 
 
 
450 aa  717    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2911  pyridoxal-dependent decarboxylase  80.58 
 
 
450 aa  691    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  73.77 
 
 
450 aa  649    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.164346  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2955  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  95.41 
 
 
450 aa  781    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4823  pyridoxal-dependent decarboxylase  81.03 
 
 
450 aa  717    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.493898  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5130  pyridoxal-dependent decarboxylase  78.12 
 
 
450 aa  697    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.768223 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0411  Pyridoxal-dependent decarboxylase  70.92 
 
 
450 aa  650    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.2389  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3343  pyridoxal-dependent decarboxylase  81.03 
 
 
450 aa  717    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.748078  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2732  pyridoxal-dependent decarboxylase  47.47 
 
 
463 aa  328  2.0000000000000001e-88  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.238333 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2702  pyridoxal-dependent decarboxylase  46.77 
 
 
463 aa  324  2e-87  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.146813  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2746  pyridoxal-dependent decarboxylase  46.77 
 
 
463 aa  324  2e-87  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4423  pyridoxal-dependent decarboxylase  47.38 
 
 
473 aa  323  6e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.904496 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2558  Pyridoxal-dependent decarboxylase  44.66 
 
 
467 aa  311  2e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0178  Pyridoxal-dependent decarboxylase  47.33 
 
 
462 aa  306  3e-82  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2249  Pyridoxal-dependent decarboxylase  44.31 
 
 
471 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.198283  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5923  pyridoxal-dependent decarboxylase  42.38 
 
 
483 aa  296  4e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.520992  normal  0.358507 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1168  Pyridoxal-dependent decarboxylase  43.61 
 
 
482 aa  296  6e-79  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1409  pyridoxal-dependent decarboxylase  41.18 
 
 
474 aa  293  5e-78  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1421  Pyridoxal-dependent decarboxylase  43.79 
 
 
463 aa  293  6e-78  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000571165 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2377  pyridoxal-dependent decarboxylase  44.26 
 
 
518 aa  291  1e-77  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.873986 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3740  Pyridoxal-dependent decarboxylase  43.48 
 
 
455 aa  285  1.0000000000000001e-75  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0339785 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2867  pyridoxal-dependent decarboxylase  42.64 
 
 
529 aa  277  2e-73  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121962  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3871  pyridoxal-dependent decarboxylase  35.59 
 
 
480 aa  265  8.999999999999999e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1440  pyridoxal-dependent decarboxylase  35.48 
 
 
474 aa  223  4e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.108677 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2266  Pyridoxal-dependent decarboxylase  38.27 
 
 
517 aa  212  1e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.981708  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7120  pyridoxal-dependent decarboxylase  35.75 
 
 
466 aa  182  2e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00363554  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2413  Pyridoxal-dependent decarboxylase  34.9 
 
 
459 aa  178  2e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.190091 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3049  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.91 
 
 
471 aa  169  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1241  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.97 
 
 
466 aa  166  5.9999999999999996e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0060  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.84 
 
 
465 aa  166  5.9999999999999996e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.474391 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2531  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.22 
 
 
460 aa  159  1e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00114613  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1181  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.89 
 
 
464 aa  158  2e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.823264 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1514  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.98 
 
 
467 aa  155  2e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02091  tyrosine decarboxylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G04980)  30.57 
 
 
508 aa  153  5.9999999999999996e-36  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4065  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.39 
 
 
529 aa  140  3.9999999999999997e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.125159  normal  0.183613 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2925  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.55 
 
 
470 aa  139  1e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2115  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.84 
 
 
489 aa  133  5e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4339  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.9 
 
 
517 aa  132  1.0000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.843861  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3466  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.13 
 
 
470 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.811665  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04970  decarboxylase, pyridoxal-dependent  26.23 
 
 
479 aa  129  1.0000000000000001e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.421495  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2555  decarboxylase, pyridoxal-dependent  28.37 
 
 
484 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000100435 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2223  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.82 
 
 
470 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0898505  normal  0.960692 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2734  decarboxylase, pyridoxal-dependent  25.93 
 
 
484 aa  124  5e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08514e-18 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2539  decarboxylase, pyridoxal-dependent  25.93 
 
 
484 aa  123  6e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2867  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  25.16 
 
 
471 aa  123  6e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2724  decarboxylase, pyridoxal-dependent  25.93 
 
 
484 aa  123  6e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2788  aromatic amino acid decarboxylase  25.16 
 
 
471 aa  123  6e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2916  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.83 
 
 
510 aa  122  9e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.122607 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1334  aromatic amino acid decarboxylase  25.16 
 
 
471 aa  122  9.999999999999999e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0909  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.23 
 
 
486 aa  120  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0883  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.23 
 
 
486 aa  120  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2552  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.01 
 
 
470 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00803752 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2157  pyridoxal-dependent decarboxylase  23.96 
 
 
479 aa  119  7.999999999999999e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3163  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.79 
 
 
478 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.491116  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1282  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.65 
 
 
477 aa  119  9.999999999999999e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1238  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.18 
 
 
486 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3459  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.4 
 
 
511 aa  118  3e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1957  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.28 
 
 
476 aa  117  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1409  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.32 
 
 
478 aa  117  5e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.557357  hitchhiker  0.0000101933 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3338  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.28 
 
 
492 aa  117  5e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133892  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5531  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  28.29 
 
 
502 aa  117  5e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.245703 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2160  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  25.49 
 
 
479 aa  115  1.0000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.222222  normal  0.771411 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1124  aromatic amino acid decarboxylase, putative  27.22 
 
 
491 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3209  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.8 
 
 
579 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1074  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.1 
 
 
551 aa  114  3e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0179371  normal  0.433316 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.46 
 
 
466 aa  114  5e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3501  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.74 
 
 
464 aa  113  7.000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00371632 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1738  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.6 
 
 
474 aa  113  8.000000000000001e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0590  putative L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  24.59 
 
 
484 aa  113  9e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.126403  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.32 
 
 
495 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0161317  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0076  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.84 
 
 
458 aa  112  2.0000000000000002e-23  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2714  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.48 
 
 
488 aa  111  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216735  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2059  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.22 
 
 
495 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00190827  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2448  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  25.19 
 
 
515 aa  110  4.0000000000000004e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1102  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.96 
 
 
492 aa  110  5e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.967255  normal  0.206901 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3171  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.52 
 
 
505 aa  110  6e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.902274  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2547  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.94 
 
 
515 aa  110  7.000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3190  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  24.94 
 
 
515 aa  109  8.000000000000001e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.399603  normal  0.0148161 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0071  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.88 
 
 
474 aa  109  8.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.621553  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2551  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.31 
 
 
534 aa  109  8.000000000000001e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.547739 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0214  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.29 
 
 
527 aa  108  1e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09421  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  23.43 
 
 
461 aa  109  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1305  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.64 
 
 
480 aa  108  2e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1428  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.35 
 
 
476 aa  108  2e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3364  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.68 
 
 
470 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.561482 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1832  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.75 
 
 
475 aa  107  5e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.536749  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1807  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.32 
 
 
789 aa  107  5e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000170312  normal  0.0915506 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2418  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.9 
 
 
490 aa  107  6e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000894226  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1038  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.63 
 
 
483 aa  106  7e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03010  PLP-dependent enzyme, glutamate decarboxylase  29.2 
 
 
442 aa  105  2e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0134  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  26.38 
 
 
515 aa  105  2e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2740  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.15 
 
 
530 aa  103  4e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.14205  normal  0.0399621 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4295  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.95 
 
 
508 aa  103  6e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000243421 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4177  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.81 
 
 
484 aa  103  7e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.51833  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2138  putative diaminobutyrate--2-oxoglutarate aminotransferase  24.93 
 
 
967 aa  102  1e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00227594  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3330  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.74 
 
 
503 aa  101  2e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.405304  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2033  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.17 
 
 
490 aa  101  2e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.376208  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6192  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.54 
 
 
492 aa  101  3e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.478239  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>