More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1082 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1082  histidine kinase  100 
 
 		 253 aa  513  1e-144  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3744  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.94 
 
 		 479 aa  187  1e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0408317  normal  0.996792 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1270  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.11 
 
 		 941 aa  183  2.0000000000000003e-45  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.109629  normal  0.20707 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2770  histidine kinase  41.99 
 
 		 418 aa  179  2.9999999999999997e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1148  sensor histidine kinase  39.65 
 
 		 604 aa  178  8e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0731  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.74 
 
 		 536 aa  176  3e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000138137  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2525  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.67 
 
 		 725 aa  174  9.999999999999999e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.302229  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1796  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.52 
 
 		 756 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.232536 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.3 
 
 		 553 aa  171  6.999999999999999e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0009  sensory box histidine kinase  41.05 
 
 		 499 aa  171  1e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2669  sensor histidine kinase  41.36 
 
 		 343 aa  171  1e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0666  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.82 
 
 		 618 aa  171  2e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3339  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.24 
 
 		 748 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2356  phytochrome family protein, putative  38.24 
 
 		 755 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.634458 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2567  sensor histidine kinase  41.18 
 
 		 583 aa  168  9e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1141  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.84 
 
 		 520 aa  166  2e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3039  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  40.25 
 
 		 355 aa  167  2e-40  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.610599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3435  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.1 
 
 		 605 aa  167  2e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.188279 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2639  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.89 
 
 		 396 aa  165  5.9999999999999996e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.136447  normal  0.717158 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0946  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.04 
 
 		 656 aa  165  6.9999999999999995e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2077  sensor histidine kinase/response regulator fusion protein (sensor for arcA)  35.98 
 
 		 492 aa  165  6.9999999999999995e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0651522  normal  0.191572 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04304  two-component system sensor protein  37.25 
 
 		 603 aa  165  8e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1956  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.39 
 
 		 748 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.727974  normal  0.121547 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2297  sensory box histidine kinase  38.89 
 
 		 762 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00806153  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2129  histidine kinase  37.23 
 
 		 282 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.136588  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4038  histidine kinase  38.05 
 
 		 240 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.642823 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2815  sensory box histidine kinase  38.16 
 
 		 749 aa  162  4.0000000000000004e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1212  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.08 
 
 		 458 aa  162  4.0000000000000004e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.377857  hitchhiker  0.00290095 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3432  histidine kinase  38.31 
 
 		 796 aa  162  4.0000000000000004e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2086  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.44 
 
 		 798 aa  162  5.0000000000000005e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.0947899999999999e-22 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2444  sensor histidine kinase  39.21 
 
 		 610 aa  162  7e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.119384  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2748  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.72 
 
 		 616 aa  162  7e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.459436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2154  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.3 
 
 		 572 aa  161  7e-39  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.32555 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0103  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.32 
 
 		 639 aa  161  9e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1116  Bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)-like protein  38.6 
 
 		 496 aa  161  1e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0450  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.92 
 
 		 1177 aa  160  1e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4352  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.66 
 
 		 1166 aa  160  2e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0010  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.02 
 
 		 604 aa  160  2e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3146  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.46 
 
 		 521 aa  160  2e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2789  sensory box histidine kinase  39.33 
 
 		 770 aa  159  3e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0938  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.29 
 
 		 486 aa  159  3e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0161289 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3141  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.86 
 
 		 762 aa  159  5e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.583701  normal  0.345899 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2206  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.02 
 
 		 762 aa  159  5e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.15596  normal  0.128973 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0011  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.21 
 
 		 483 aa  158  7e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0404114  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4414  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.82 
 
 		 1166 aa  158  7e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.107711 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2388  sensory box histidine kinase  38.12 
 
 		 733 aa  158  8e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0010  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.82 
 
 		 363 aa  158  8e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2088  histidine kinase  37.66 
 
 		 282 aa  157  1e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.409720000000001e-18 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3455  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.63 
 
 		 472 aa  157  1e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2811  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.77 
 
 		 738 aa  157  2e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0011  histidine kinase  38.94 
 
 		 330 aa  157  2e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2793  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.19 
 
 		 763 aa  156  3e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.172208  normal  0.714834 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2131  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37 
 
 		 810 aa  155  4e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0852026  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5638  histidine kinase  39.21 
 
 		 540 aa  155  4e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2403  ATP-binding region, ATPase-like  35.22 
 
 		 776 aa  155  6e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0308443 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0693  sensory box histidine kinase  39.17 
 
 		 602 aa  155  7e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.958566  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0302  histidine kinase  40.95 
 
 		 584 aa  155  8e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5134  histidine kinase  33.18 
 
 		 431 aa  154  1e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000139793 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3502  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.74 
 
 		 807 aa  153  2e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.309689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4048  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  36.68 
 
 		 431 aa  153  2e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1730  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.45 
 
 		 591 aa  154  2e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.319599  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1773  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  38.59 
 
 		 386 aa  153  2e-36  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0822  sensory box histidine kinase  38.5 
 
 		 729 aa  153  2.9999999999999998e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0881  sensor histidine kinase  38.03 
 
 		 524 aa  153  2.9999999999999998e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.525652  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1005  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.44 
 
 		 604 aa  152  5.9999999999999996e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4451  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.74 
 
 		 775 aa  152  7e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3148  sensor histidine kinase  39.48 
 
 		 671 aa  151  8e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4197  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.02 
 
 		 1562 aa  151  8e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2195  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.07 
 
 		 502 aa  151  8.999999999999999e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.067402 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3357  sensory box histidine kinase  38.6 
 
 		 794 aa  151  1e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0383  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.16 
 
 		 746 aa  151  1e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.269133 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4064  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.43 
 
 		 639 aa  150  2e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.12518  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1284  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.51 
 
 		 791 aa  150  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0336702 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0306  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.73 
 
 		 583 aa  150  2e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1036  sensor histidine kinase  39.57 
 
 		 579 aa  149  3e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.696907  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2024  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.84 
 
 		 517 aa  150  3e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3012  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.96 
 
 		 556 aa  149  4e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0214699  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2656  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35 
 
 		 915 aa  149  4e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3437  sensory box histidine kinase  35.42 
 
 		 533 aa  149  5e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1756  PAS sensor signal transduction histidine kinase  36.95 
 
 		 718 aa  149  5e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.977279  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0539  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.63 
 
 		 751 aa  149  6e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.802089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3327  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41 
 
 		 578 aa  149  6e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4270  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.63 
 
 		 751 aa  148  7e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.235212 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1193  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  40.87 
 
 		 857 aa  148  7e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3377  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.33 
 
 		 775 aa  148  7e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4824  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.07 
 
 		 431 aa  148  8e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1642  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.68 
 
 		 406 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.905013  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5902  histidine kinase  37.76 
 
 		 286 aa  147  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1145  multi-sensor signal transduction multi-kinase  37.93 
 
 		 532 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2827  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.58 
 
 		 1064 aa  146  2.0000000000000003e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3425  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.8 
 
 		 775 aa  146  3e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0531418  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2571  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.24 
 
 		 406 aa  145  5e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.156881 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2410  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.91 
 
 		 628 aa  145  6e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2565  sensor histidine kinase  36.48 
 
 		 255 aa  145  7.0000000000000006e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2667  sensory box histidine kinase  38.6 
 
 		 498 aa  145  7.0000000000000006e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0344  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.47 
 
 		 730 aa  145  7.0000000000000006e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0059666  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0314  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.84 
 
 		 583 aa  145  7.0000000000000006e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2384  sensor histidine kinase  38.24 
 
 		 614 aa  145  8.000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0919  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.25 
 
 		 559 aa  145  9e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.4473e-32 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2859  bacteriophytochrome-like protein  41.28 
 
 		 424 aa  144  1e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>