More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0246 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0246  histidine kinase  100 
 
 
473 aa  968    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4118  sensor protein  35.89 
 
 
497 aa  182  1e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.261596 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2716  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
592 aa  141  3e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1524  histidine kinase  33.33 
 
 
592 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.64718e-19 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2683  histidine kinase  30.03 
 
 
490 aa  138  2e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000711589 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2603  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.14 
 
 
570 aa  134  3e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2159  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.72 
 
 
498 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3017  sensor histidine kinase  33.1 
 
 
524 aa  131  3e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.413812  normal  0.591209 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2013  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.46 
 
 
801 aa  129  9.000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1533  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.91 
 
 
488 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2693  histidine kinase  27.32 
 
 
656 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.23882e-16 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0599  sensor histidine kinase  28.74 
 
 
516 aa  127  5e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.712445  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2923  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  29.97 
 
 
541 aa  126  7e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.252505  hitchhiker  0.00000000439976 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1523  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.06 
 
 
656 aa  126  9e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2148  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.46 
 
 
819 aa  125  2e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.233006  hitchhiker  0.00949178 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2742  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.46 
 
 
544 aa  124  3e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.617202  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0488  histidine kinase  32.76 
 
 
250 aa  124  3e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2161  two component sensor histidine kinase  28.87 
 
 
481 aa  124  4e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.37303e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1989  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.6 
 
 
566 aa  124  5e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0426  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  31.69 
 
 
598 aa  123  7e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.830485  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0672  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.51 
 
 
373 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0638  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.6 
 
 
373 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.47 
 
 
652 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3026  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  32.03 
 
 
819 aa  122  9.999999999999999e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.956622  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0505  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.82 
 
 
498 aa  121  3e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.51 
 
 
695 aa  121  3e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.554525  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0619  histidine kinase  32.54 
 
 
313 aa  121  3e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0672  histidine kinase  32.1 
 
 
373 aa  120  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0617  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.8 
 
 
557 aa  120  4.9999999999999996e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.543989  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1768  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.76 
 
 
576 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3535  histidine kinase  32.3 
 
 
410 aa  120  7e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3392  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.43 
 
 
662 aa  119  9e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000136214  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3371  histidine kinase  31.5 
 
 
887 aa  119  9e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.564838 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0096  histidine kinase  30.77 
 
 
525 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0201  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.8 
 
 
408 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0671  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.38 
 
 
987 aa  119  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.239322  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0941  sensor histidine kinase, putative  30.13 
 
 
248 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1567  histidine kinase  30.67 
 
 
567 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2270  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.03 
 
 
661 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.84 
 
 
845 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1801  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.66 
 
 
528 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.828791  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4259  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.71 
 
 
804 aa  117  3e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0960  histidine kinase  29.07 
 
 
531 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0625  sensory box sensor histidine kinase  28.45 
 
 
853 aa  117  5e-25  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0137493  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_566  sensor histidine kinase  28.02 
 
 
852 aa  117  5e-25  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1243  histidine kinase  29.51 
 
 
654 aa  117  5e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0706231 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1422  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.97 
 
 
655 aa  117  5e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000957952  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0598  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.02 
 
 
852 aa  116  6.9999999999999995e-25  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2807  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.87 
 
 
505 aa  116  6.9999999999999995e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1776  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  33.19 
 
 
1255 aa  116  7.999999999999999e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2828  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.37 
 
 
584 aa  116  8.999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2038  histidine kinase  32.8 
 
 
552 aa  116  8.999999999999998e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0127  sensory box sensor histidine kinase  30.9 
 
 
1061 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1700  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.21 
 
 
591 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2333  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.28 
 
 
607 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0317  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.51 
 
 
504 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.113715  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0696  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.75 
 
 
570 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4217  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.89 
 
 
686 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34172  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0233  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.26 
 
 
553 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.446176  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2000  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.64 
 
 
515 aa  114  3e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2275  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.61 
 
 
557 aa  114  3e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0835  histidine kinase  30.63 
 
 
418 aa  114  3e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.882013  normal  0.0872609 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42670  Sensory histidine protein kinase CbrA  35.83 
 
 
981 aa  114  4.0000000000000004e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.416099  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0408  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.22 
 
 
577 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.285006 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0520  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  27.38 
 
 
751 aa  114  5e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4350  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.5 
 
 
686 aa  114  5e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4373  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.5 
 
 
687 aa  114  5e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0865062  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0258  two component sensor histidine kinase  34.45 
 
 
556 aa  114  6e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_134  sensor histidine kinase  30 
 
 
1062 aa  113  7.000000000000001e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0965  PAS:hemerythrin HHE cation binding region  30.97 
 
 
681 aa  113  7.000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.94683  normal  0.555707 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1412  sensor histidine kinase/response regulator  31.28 
 
 
737 aa  113  8.000000000000001e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.281366  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1776  histidine kinase  31.11 
 
 
519 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2127  histidine kinase  28.81 
 
 
483 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2428  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  29.11 
 
 
656 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00399652  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4237  sensor protein ZraS  30.83 
 
 
458 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.355168  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0320  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.49 
 
 
576 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2633  histidine kinase  30.08 
 
 
566 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0089  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.27 
 
 
705 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0206322  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1987  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.19 
 
 
552 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03880  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with ZraR  31.06 
 
 
458 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0731183  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4022  sensor protein ZraS  31.06 
 
 
458 aa  112  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.425845  normal  0.0216302 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2458  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  29.48 
 
 
484 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1057  histidine kinase  28.49 
 
 
673 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0263803 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4452  sensor protein ZraS  30.83 
 
 
458 aa  112  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.260374  hitchhiker  0.000970682 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4495  sensor protein ZraS  30.83 
 
 
458 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000791685  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0231  GAF sensor hybrid histidine kinase  30.99 
 
 
844 aa  111  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.794534  normal  0.63544 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2388  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.05 
 
 
552 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.245714  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1502  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  29.74 
 
 
952 aa  112  2.0000000000000002e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3990  histidine kinase  30.58 
 
 
465 aa  111  3e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5473  sensor protein ZraS  31.4 
 
 
458 aa  111  3e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.548998  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4547  sensor protein ZraS  30.42 
 
 
458 aa  111  3e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00542205  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0631  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.1 
 
 
588 aa  111  3e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0172  sensory histidine kinase AtoS  30.62 
 
 
621 aa  111  3e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.557198  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1443  sensor histidine kinase/response regulator  28.88 
 
 
654 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.676986  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0886  GAF sensor hybrid histidine kinase  31.15 
 
 
842 aa  110  4.0000000000000004e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00435524 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0813  histidine kinase  31.18 
 
 
587 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3168  histidine kinase  30.77 
 
 
369 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1511  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.56 
 
 
575 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0172  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.4 
 
 
565 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0819  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  32.74 
 
 
393 aa  110  5e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0536941  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>