More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSp0338 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RSp0338  negative regulator of exopolysaccharide production transcription regulator protein  100 
 
 		 236 aa  464  9.999999999999999e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.104039  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3718  two component transcriptional regulator, LuxR family  84.32 
 
 		 231 aa  396  1e-109  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0262455  normal  0.571903 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4795  two component transcriptional regulator, LuxR family  83.19 
 
 		 221 aa  376  1e-103  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.180506 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1185  transcription regulator protein  58.18 
 
 		 222 aa  247  1e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.124825  normal  0.600184 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1028  two component transcriptional regulator, LuxR family  55.91 
 
 		 222 aa  241  1e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.146412  normal  0.260968 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1120  two component transcriptional regulator, LuxR family  55.91 
 
 		 219 aa  236  3e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  0.118956 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4844  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.01 
 
 		 303 aa  120  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3767  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.01 
 
 		 303 aa  120  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03679  transcription regulator protein  38.15 
 
 		 299 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000906887  normal  0.0907157 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2570  two component LuxR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 224 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.282998  normal  0.225314 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0555  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.94 
 
 		 227 aa  99.4  4e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401942  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5861  LuxR family transcriptional regulator  54.22 
 
 		 309 aa  94.7  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.971396 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0264  two component LuxR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 221 aa  94  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5380  regulatory protein, LuxR  53.01 
 
 		 315 aa  94  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.869493  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0866  two component LuxR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 220 aa  92.4  5e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3170  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  31.6 
 
 		 227 aa  92.4  6e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2232  two component LuxR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 212 aa  90.5  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7667  two component LuxR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 209 aa  89.7  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5831  LuxR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 276 aa  87.8  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0991  two component LuxR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 210 aa  87.8  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5353  regulatory protein, LuxR  61.54 
 
 		 330 aa  86.7  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02404  transcriptional regulator LuxR/uhpA family  30.88 
 
 		 218 aa  86.3  4e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1929  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.44 
 
 		 209 aa  85.9  5e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.142226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2039  two component LuxR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 212 aa  85.9  5e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3716  two component LuxR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 209 aa  85.1  8e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.576881  normal  0.099275 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0852  two component LuxR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 224 aa  84.3  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.852842  normal  0.596615 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0522  response regulator receiver protein  30.99 
 
 		 223 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2603  two component LuxR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 226 aa  84  0.000000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0876088  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0625  two component LuxR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 221 aa  83.6  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.793996  hitchhiker  0.00440064 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1151  two-component response regulator  30.2 
 
 		 248 aa  82  0.000000000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4822  two component LuxR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 223 aa  81.3  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1543  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.3 
 
 		 221 aa  81.3  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0341  two component LuxR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 216 aa  81.3  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03258  two-component system regulatory protein  29.76 
 
 		 222 aa  81.6  0.00000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3356  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 216 aa  80.9  0.00000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.334369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1813  two component LuxR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 249 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.172477 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4028  two component LuxR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 212 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2275  LuxR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 209 aa  79.7  0.00000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.314776  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1690  two component LuxR family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 215 aa  79.7  0.00000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.104312 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1574  two component LuxR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 219 aa  80.1  0.00000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.347453 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2218  two component LuxR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 221 aa  80.1  0.00000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0555  two component LuxR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 232 aa  80.1  0.00000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.173401  normal  0.808062 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0584  two component response regulator  28.71 
 
 		 215 aa  79.7  0.00000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.566414  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0408  two component LuxR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 214 aa  79.3  0.00000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.82136  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3229  two component LuxR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 224 aa  79.3  0.00000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1346  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.45 
 
 		 236 aa  79  0.00000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.361751  hitchhiker  0.00000337078 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2921  two component LuxR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 229 aa  79  0.00000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.190475 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1466  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.84 
 
 		 215 aa  78.6  0.00000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.25338  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1981  two component LuxR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 213 aa  78.6  0.00000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.607794  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2554  two component LuxR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 219 aa  78.2  0.00000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.958854  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4744  response regulator receiver protein  29.25 
 
 		 209 aa  78.2  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.620464  normal  0.690137 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5117  two component LuxR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 253 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.180541 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2789  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.89 
 
 		 212 aa  77.8  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.246733  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02120  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with NarQ or NarX  30.37 
 
 		 215 aa  77  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0748  transcriptional regulator NarP  30.37 
 
 		 215 aa  77  0.0000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.251733  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0164  two component LuxR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 215 aa  77.8  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.523755  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02079  hypothetical protein  30.37 
 
 		 215 aa  77  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0465  two component transcriptional regulator  30.37 
 
 		 239 aa  77  0.0000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0029  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.06 
 
 		 214 aa  77  0.0000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2492  transcriptional regulator NarP  30.37 
 
 		 215 aa  77  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2341  transcriptional regulator NarP  30.37 
 
 		 215 aa  77  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.277554 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1457  transcriptional regulator NarP  30.37 
 
 		 215 aa  77  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.956805 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2331  transcriptional regulator NarP  30.37 
 
 		 215 aa  77  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0011  two component LuxR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 214 aa  77  0.0000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4341  two component LuxR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 343 aa  76.6  0.0000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2486  transcriptional regulator NarP  29.11 
 
 		 215 aa  77  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.187807  normal  0.0115945 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3330  transcriptional regulator NarP  30.37 
 
 		 215 aa  76.6  0.0000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2472  transcriptional regulator NarP  29.11 
 
 		 215 aa  76.3  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4850  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.64 
 
 		 257 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0778424  normal  0.0399542 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0929  two component LuxR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 209 aa  76.3  0.0000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000567962  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1549  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.9 
 
 		 238 aa  76.3  0.0000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.196807  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2589  transcriptional regulator NarP  29.19 
 
 		 215 aa  76.3  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.167087 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0273  two component LuxR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 231 aa  76.3  0.0000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2381  transcriptional regulator NarP  29.11 
 
 		 215 aa  76.3  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2430  transcriptional regulator NarP  29.19 
 
 		 215 aa  76.3  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.426027  normal  0.504703 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1450  two component LuxR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 224 aa  76.3  0.0000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3748  two component LuxR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 211 aa  75.9  0.0000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.107866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0842  two component LuxR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 209 aa  75.9  0.0000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000336278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3459  two component LuxR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 223 aa  75.9  0.0000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.306063  normal  0.532773 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7105  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.98 
 
 		 241 aa  75.5  0.0000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106023  normal  0.469545 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002211  transcriptional regulator LuxR family  32.93 
 
 		 209 aa  75.5  0.0000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0290  response regulator receiver protein  29.27 
 
 		 210 aa  75.5  0.0000000000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0664  two component LuxR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 223 aa  75.5  0.0000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.358413 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3089  two component LuxR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 219 aa  75.1  0.0000000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1071  two component LuxR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 209 aa  74.7  0.000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4433  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.11 
 
 		 215 aa  74.7  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3283  two component LuxR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 223 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.335218 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3355  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.95 
 
 		 208 aa  74.7  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.687232  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0663  two component LuxR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 219 aa  74.7  0.000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3982  DNA-binding nitrate/nitrite response regulator  27.4 
 
 		 209 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0799  two component transcriptional regulator, LuxR family  25 
 
 		 226 aa  73.9  0.000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2822  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.16 
 
 		 231 aa  73.9  0.000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.311075  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0091  two component LuxR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 218 aa  73.6  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2042  two component LuxR family transcriptional regulator  22.54 
 
 		 208 aa  73.2  0.000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5646  putative LuxR family transcriptional regulator  58.21 
 
 		 231 aa  73.2  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.387707 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0261  two component LuxR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 210 aa  73.6  0.000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.574059  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2076  response regulator receiver protein  27.14 
 
 		 238 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0315  LuxR family DNA-binding response regulator  29.91 
 
 		 213 aa  72.8  0.000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5114  two component LuxR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 230 aa  72.8  0.000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00554548 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0920  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.14 
 
 		 225 aa  73.2  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.491034  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>