More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS02131 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS02131  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  100 
 
 		 283 aa  574  1.0000000000000001e-163  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1147  extracellular solute-binding protein  44.64 
 
 		 280 aa  234  8e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.421653 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1879  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  42.22 
 
 		 281 aa  224  1e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1953  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  41.85 
 
 		 281 aa  221  8e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.450219  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6090  extracellular solute-binding protein  34.55 
 
 		 285 aa  152  4e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.574363 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1819  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  34.21 
 
 		 275 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309777  normal  0.651618 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5110  extracellular solute-binding protein  32.42 
 
 		 279 aa  139  7e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.539737  hitchhiker  0.00536253 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4558  extracellular solute-binding protein  32.33 
 
 		 289 aa  139  7e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.776949 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4844  extracellular solute-binding protein family 3  32.1 
 
 		 275 aa  138  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.732367  normal  0.095648 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2658  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.34 
 
 		 282 aa  136  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1330  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.18 
 
 		 282 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1064  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.78 
 
 		 289 aa  132  5e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00655066  normal  0.28594 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0156  extracellular solute-binding protein  30.38 
 
 		 307 aa  128  9.000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1295  extracellular solute-binding protein  33.21 
 
 		 292 aa  125  6e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.914061  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  33.21 
 
 		 250 aa  124  2e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1231  extracellular solute-binding protein  30.43 
 
 		 260 aa  122  8e-27  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.62778 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  32.35 
 
 		 257 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  31.8 
 
 		 247 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0716  extracellular solute-binding protein  30.17 
 
 		 272 aa  119  7.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5967  ABC-type amino acid transport/signal transduction periplasmic protein  31.56 
 
 		 275 aa  118  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.594037  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1044  extracellular solute-binding protein family 3  32.16 
 
 		 247 aa  118  9.999999999999999e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0415  ABC transporter extracellular solute-binding protein  30.17 
 
 		 276 aa  118  9.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.162998 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6445  extracellular solute-binding protein family 3  27.82 
 
 		 275 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0216332 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0717  extracellular solute-binding protein family 3  32.16 
 
 		 247 aa  114  1.0000000000000001e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.303541  normal  0.0145592 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4637  extracellular solute-binding protein family 3  28.05 
 
 		 275 aa  112  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.350827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1377  extracellular solute-binding protein  28.86 
 
 		 277 aa  112  9e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000115158  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0983  extracellular solute-binding protein family 3  29.17 
 
 		 264 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0154796  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0375  extracellular solute-binding protein  30.94 
 
 		 265 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.734058 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3277  extracellular solute-binding protein family 3  28.41 
 
 		 264 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0724  extracellular solute-binding protein  30.13 
 
 		 260 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.531273  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1475  extracellular solute-binding protein  29.69 
 
 		 260 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0984243  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0441  extracellular solute-binding protein  29.66 
 
 		 266 aa  109  6e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4898  extracellular solute-binding protein  28.9 
 
 		 266 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.733781 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5815  putative ABC transporter binding protein subunit  31.7 
 
 		 266 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.387818  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5024  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.9 
 
 		 266 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.258075  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5074  extracellular solute-binding protein  28.9 
 
 		 266 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67050  putative binding protein component of ABC transporter  31.32 
 
 		 266 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  32.77 
 
 		 246 aa  107  3e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4942  amino acid ABC transporter permease  32.26 
 
 		 489 aa  106  4e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5030  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.26 
 
 		 489 aa  106  4e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  29.46 
 
 		 264 aa  106  5e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  32.77 
 
 		 246 aa  105  8e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2345  extracellular solute-binding protein  29.12 
 
 		 273 aa  105  1e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.949438  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5323  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.85 
 
 		 489 aa  104  2e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1070  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  29.87 
 
 		 263 aa  102  9e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.623597  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0231  extracellular solute-binding protein family 3  31.18 
 
 		 255 aa  100  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0178  extracellular solute-binding protein  32.48 
 
 		 299 aa  101  2e-20  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1863  extracellular solute-binding protein  31.76 
 
 		 292 aa  100  2e-20  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1767  extracellular solute-binding protein  32.36 
 
 		 276 aa  100  3e-20  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.99488  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0800  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.76 
 
 		 256 aa  100  4e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.38805  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1259  extracellular solute-binding protein  31.91 
 
 		 295 aa  99.8  5e-20  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2239  flagellar hook protein FlgE  30.95 
 
 		 257 aa  99.4  6e-20  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000435982  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2011  extracellular solute-binding protein  30.71 
 
 		 282 aa  99  8e-20  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.986691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1594  extracellular solute-binding protein  27.44 
 
 		 252 aa  98.6  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.854968  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0501  extracellular solute-binding protein  28.76 
 
 		 281 aa  98.2  1e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3517  extracellular solute-binding protein family 3  29.18 
 
 		 273 aa  97.8  2e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  29.66 
 
 		 260 aa  97.4  3e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0906  extracellular solute-binding protein  30.13 
 
 		 279 aa  97.1  3e-19  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.663665  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5576  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.47 
 
 		 503 aa  97.1  3e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  30.51 
 
 		 266 aa  96.7  4e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3166  extracellular solute-binding protein  30.17 
 
 		 242 aa  96.3  6e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.190587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3696  extracellular solute-binding protein  27 
 
 		 268 aa  95.9  7e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.589095  normal  0.448557 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1495  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30 
 
 		 247 aa  95.9  7e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000566563  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1126  extracellular solute-binding protein family 3  30.34 
 
 		 271 aa  95.9  7e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.390537  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1294  extracellular solute-binding protein family 3  27.51 
 
 		 263 aa  95.9  7e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0278324  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04090  putative binding protein component of ABC transporter  28.98 
 
 		 256 aa  95.5  9e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  30 
 
 		 264 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1758  extracellular solute-binding protein family 3  31.47 
 
 		 247 aa  95.1  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.809792  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1942  extracellular solute-binding protein family 3  27.92 
 
 		 266 aa  94.7  1e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000237139  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  31.58 
 
 		 265 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2113  extracellular solute-binding protein  28.46 
 
 		 290 aa  95.1  1e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2352  extracellular solute-binding protein family 3  30.2 
 
 		 275 aa  95.1  1e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.9341599999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3152  extracellular solute-binding protein family 3  31.3 
 
 		 271 aa  95.5  1e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0865808 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1122  extracellular solute-binding protein family 3  29.29 
 
 		 266 aa  94.7  2e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  30 
 
 		 264 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1479  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.04 
 
 		 247 aa  94.4  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1773  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.82 
 
 		 247 aa  94.7  2e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000148695  normal  0.114873 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  30 
 
 		 264 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2600  extracellular solute-binding protein  28.51 
 
 		 252 aa  94.4  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1600  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.82 
 
 		 247 aa  94.7  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  28.89 
 
 		 264 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.916643 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1044  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.82 
 
 		 244 aa  93.6  3e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0161  extracellular solute-binding protein family 3  27.82 
 
 		 246 aa  94  3e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.377397  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  28.21 
 
 		 265 aa  93.6  3e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  28.39 
 
 		 253 aa  93.6  3e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2908  cystine transporter subunit  32.02 
 
 		 265 aa  93.6  3e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.647057  normal  0.0539473 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1868  extracellular solute-binding protein family 3  25.19 
 
 		 247 aa  93.6  4e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  5.265180000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0235  extracellular solute-binding protein family 3  29.89 
 
 		 255 aa  93.2  4e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  29.36 
 
 		 513 aa  93.2  4e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3136  extracellular solute-binding protein  30.74 
 
 		 257 aa  93.2  4e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.598939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1925  solute-binding family 1 protein  31.49 
 
 		 250 aa  92.8  5e-18  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0401  extracellular solute-binding protein  27.66 
 
 		 254 aa  92.8  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.538689 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3698  extracellular solute-binding protein family 3  31.52 
 
 		 256 aa  92.8  6e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7224  ABC transporter substrate binding protein (nopaline)  31.12 
 
 		 257 aa  92.8  6e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0357  extracellular solute-binding protein  40.48 
 
 		 270 aa  92.8  6e-18  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3950  extracellular solute-binding protein  28.69 
 
 		 258 aa  92.4  7e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.358906 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3760  extracellular solute-binding protein  29.39 
 
 		 245 aa  92  9e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000882813  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0891  extracellular solute-binding protein family 3  31.58 
 
 		 267 aa  92  9e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  27.34 
 
 		 285 aa  91.7  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1298  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.08 
 
 		 247 aa  92  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.219686  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>