More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7224 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7224  ABC transporter substrate binding protein (nopaline)  100 
 
 		 257 aa  514  1.0000000000000001e-145  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4163  extracellular solute-binding protein family 3  87.16 
 
 		 257 aa  433  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3835  extracellular solute-binding protein family 3  86.77 
 
 		 257 aa  431  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3136  extracellular solute-binding protein  78.99 
 
 		 257 aa  397  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.598939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3808  extracellular solute-binding protein  75.49 
 
 		 257 aa  394  1e-109  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.902335  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0682  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  73.15 
 
 		 257 aa  383  1e-105  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0638  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  73.15 
 
 		 257 aa  383  1e-105  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.890453  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3855  extracellular solute-binding protein family 3  67.73 
 
 		 256 aa  350  2e-95  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.868062  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3698  extracellular solute-binding protein family 3  64.84 
 
 		 256 aa  343  1e-93  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4924  extracellular solute-binding protein  69.1 
 
 		 261 aa  342  4e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00263703 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1531  extracellular solute-binding protein  67.69 
 
 		 260 aa  342  5e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0450484  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6491  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  63.32 
 
 		 260 aa  340  1e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.353302  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0231  extracellular solute-binding protein family 3  65.6 
 
 		 255 aa  336  1.9999999999999998e-91  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0235  extracellular solute-binding protein family 3  66 
 
 		 255 aa  335  3.9999999999999995e-91  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2686  extracellular solute-binding protein family 3  65.38 
 
 		 260 aa  335  5e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.340421  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1432  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  65 
 
 		 260 aa  330  1e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.897061 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2527  extracellular solute-binding protein  64.86 
 
 		 260 aa  325  6e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.97926  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3140  extracellular solute-binding protein  64.86 
 
 		 260 aa  325  6e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3156  extracellular solute-binding protein  65.25 
 
 		 260 aa  324  9e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0760439 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0207  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  59.36 
 
 		 260 aa  312  2.9999999999999996e-84  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.670956  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2239  flagellar hook protein FlgE  48.25 
 
 		 257 aa  261  8.999999999999999e-69  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000435982  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0908  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  52.38 
 
 		 265 aa  251  6e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00179052  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0687  extracellular solute-binding protein  48.3 
 
 		 265 aa  251  1e-65  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0413327  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0760  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  51.95 
 
 		 265 aa  249  2e-65  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0753  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  51.95 
 
 		 265 aa  249  2e-65  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00539884  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1035  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  52.38 
 
 		 265 aa  250  2e-65  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00041367  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0945  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  51.95 
 
 		 265 aa  249  3e-65  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.336039  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4430  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  51.52 
 
 		 265 aa  249  4e-65  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.10616  normal  0.255053 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0947  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  51.52 
 
 		 265 aa  249  4e-65  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0812  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  51.52 
 
 		 265 aa  249  4e-65  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00534966  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0855  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  51.52 
 
 		 265 aa  249  4e-65  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0759  extracellular solute-binding protein  51.95 
 
 		 265 aa  248  6e-65  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.221068  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2345  extracellular solute-binding protein  50.42 
 
 		 273 aa  239  2.9999999999999997e-62  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.949438  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1924  glutamine-binding periplasmic protein/glutamine transport system permease protein  43.82 
 
 		 259 aa  235  5.0000000000000005e-61  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1925  solute-binding family 1 protein  47.41 
 
 		 250 aa  235  5.0000000000000005e-61  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1926  solute-binding family 1 protein  46.3 
 
 		 250 aa  234  1.0000000000000001e-60  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1758  hook assembly protein, flagella  46.75 
 
 		 250 aa  234  1.0000000000000001e-60  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000345404  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2439  extracellular solute-binding protein  45.06 
 
 		 259 aa  229  2e-59  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.732764  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2005  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  42.97 
 
 		 262 aa  230  2e-59  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2487  extracellular solute-binding protein  45.06 
 
 		 259 aa  229  2e-59  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1928  extracellular solute-binding protein  45.39 
 
 		 278 aa  223  2e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1150  extracellular solute-binding protein  47.01 
 
 		 281 aa  216  2e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1126  extracellular solute-binding protein family 3  46.46 
 
 		 271 aa  216  2.9999999999999998e-55  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.390537  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0212  amino acid ABC transporter, substrate-binding  44.18 
 
 		 260 aa  216  2.9999999999999998e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4150  extracellular solute-binding protein family 3  45.5 
 
 		 268 aa  211  9e-54  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0790  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.15 
 
 		 483 aa  202  4e-51  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.124129  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5576  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.18 
 
 		 503 aa  202  4e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5030  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.85 
 
 		 489 aa  199  3.9999999999999996e-50  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4942  amino acid ABC transporter permease  41.85 
 
 		 489 aa  199  3.9999999999999996e-50  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5323  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.85 
 
 		 489 aa  199  5e-50  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1232  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.61 
 
 		 503 aa  196  4.0000000000000005e-49  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0615942 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  44.23 
 
 		 266 aa  195  5.000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  42.8 
 
 		 264 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.25 
 
 		 264 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  43.65 
 
 		 265 aa  186  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1729  extracellular solute-binding protein family 3  41.86 
 
 		 264 aa  186  3e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  43.03 
 
 		 264 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.916643 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  43.67 
 
 		 268 aa  186  3e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  43.8 
 
 		 264 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  44.21 
 
 		 264 aa  186  4e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  44.21 
 
 		 264 aa  186  5e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  44.44 
 
 		 266 aa  185  5e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0781  amino-acid ABC transporter extracellular-binding protein yckK  40.56 
 
 		 252 aa  184  1.0000000000000001e-45  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  41.5 
 
 		 266 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  40.77 
 
 		 264 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  41.49 
 
 		 266 aa  182  6e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2588  extracellular solute-binding protein  42.91 
 
 		 270 aa  182  7e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0767  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.35 
 
 		 264 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0133342  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1254  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.35 
 
 		 264 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1977  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.35 
 
 		 284 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4695  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  40.7 
 
 		 264 aa  181  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344661  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1549  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  40 
 
 		 266 aa  181  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.356902  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1808  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.35 
 
 		 264 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.655664  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1824  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.35 
 
 		 264 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0726824  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1679  extracellular solute-binding protein  40.7 
 
 		 264 aa  181  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0815907 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  43.86 
 
 		 253 aa  181  1e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0395  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.35 
 
 		 264 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.364587  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1737  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.35 
 
 		 264 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.084035  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  40.38 
 
 		 264 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  41.11 
 
 		 266 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  41.47 
 
 		 265 aa  178  9e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1529  extracellular solute-binding protein  42.49 
 
 		 264 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1073  extracellular solute-binding protein  42.49 
 
 		 264 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1553  extracellular solute-binding protein  42.49 
 
 		 264 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  41.15 
 
 		 265 aa  176  3e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04090  putative binding protein component of ABC transporter  39.77 
 
 		 256 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2113  extracellular solute-binding protein  39.77 
 
 		 290 aa  173  1.9999999999999998e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  41.32 
 
 		 270 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2649  extracellular solute-binding protein  40.59 
 
 		 266 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0458  extracellular solute-binding protein  40.59 
 
 		 266 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357598  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1295  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.77 
 
 		 267 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.397869 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0433  extracellular solute-binding protein  40.59 
 
 		 266 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980273  hitchhiker  0.00000000179971 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3548  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  40.59 
 
 		 266 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.233102 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  39 
 
 		 266 aa  172  5.999999999999999e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  40.7 
 
 		 266 aa  172  5.999999999999999e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  39.92 
 
 		 266 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  39 
 
 		 266 aa  172  5.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  39 
 
 		 266 aa  172  5.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0351  extracellular solute-binding protein  40.17 
 
 		 266 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0382  extracellular solute-binding protein  40.59 
 
 		 266 aa  171  9e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>