More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4295 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_4295  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  100 
 
 
388 aa  799    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0107993 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3324  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  46.7 
 
 
402 aa  340  2.9999999999999998e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2661  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  41.98 
 
 
385 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.547475  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3022  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  42.09 
 
 
384 aa  296  4e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.486671 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3200  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, amiC  40.55 
 
 
386 aa  286  4e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5639  ABC transporter substrate binding protein  38.69 
 
 
410 aa  280  4e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.137599  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1755  putative regulator protein  37.15 
 
 
388 aa  270  4e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.348648  normal  0.0589242 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2778  urea ABC transporter, urea binding protein  36.67 
 
 
418 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0049  putative amidase expression-regulating protein  39.78 
 
 
380 aa  251  1e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5692  putative amidase expression-regulating protein  38.38 
 
 
377 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0892365  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1846  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.55 
 
 
380 aa  243  3e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.280778 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6645  Extracellular ligand-binding receptor  37.87 
 
 
377 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.548908  normal  0.064075 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1823  extracellular ligand-binding receptor  34.7 
 
 
419 aa  240  2.9999999999999997e-62  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.158541  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2206  regulatory protein, putative  36.59 
 
 
382 aa  239  8e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.137264  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2996  putative amidase expression-regulating protein  36.36 
 
 
391 aa  238  1e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2419  regulatory protein, putative  36.36 
 
 
382 aa  237  3e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.816344  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1305  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  37.5 
 
 
397 aa  236  4e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.614657  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5905  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  38.95 
 
 
391 aa  236  4e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.607996  normal  0.0988317 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3638  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  38.11 
 
 
382 aa  235  1.0000000000000001e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13399  normal  0.0727576 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2862  urea ABC transporter, urea binding protein  35.91 
 
 
443 aa  229  7e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6672  ABC transporter substrate binding protein  37.79 
 
 
377 aa  226  4e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0124966  normal  0.374205 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1951  putative aliphatic amidase expression-regulating protein (amiC)  35.75 
 
 
388 aa  226  6e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4902  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.96 
 
 
405 aa  226  7e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1662  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  35.64 
 
 
428 aa  225  1e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0208  putative regulator protein  37.31 
 
 
401 aa  223  6e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5281  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  35.2 
 
 
425 aa  221  9.999999999999999e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4419  putative amidase expression-regulating protein  38.02 
 
 
384 aa  219  6e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3240  urea ABC transporter, urea binding protein  34.72 
 
 
405 aa  218  2e-55  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00360419  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0462  chain B, amide receptor of the amidase operon (Amic)  36.34 
 
 
388 aa  216  4e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.564198 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0130  extracellular ligand-binding receptor  33.24 
 
 
423 aa  214  2.9999999999999995e-54  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0243473 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2143  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  35.36 
 
 
385 aa  212  7e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5753  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  35.42 
 
 
384 aa  212  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.887831 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1766  aliphatic amidase expression-regulating protein  34.82 
 
 
385 aa  211  2e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0810  putative PAS/PAC sensor protein  34.93 
 
 
840 aa  210  3e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.643579  normal  0.828908 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3498  urea ABC transporter, urea binding protein  32.51 
 
 
419 aa  209  6e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0969064 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4361  extracellular ligand-binding receptor  32.69 
 
 
438 aa  209  8e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000367621  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20580  aliphatic amidase expression-regulating protein  34.26 
 
 
385 aa  208  1e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0172164  normal  0.861433 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3881  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  32.31 
 
 
411 aa  205  1e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0803  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  33.61 
 
 
388 aa  204  2e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.123562  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2260  urea ABC transporter, urea binding protein  32.24 
 
 
440 aa  204  2e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.411735  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1506  putative substrate-binding component of ABC transporter  33.6 
 
 
436 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1674  urea ABC transporter, urea binding protein  33.43 
 
 
407 aa  201  1.9999999999999998e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2205  extracellular ligand-binding receptor  31.2 
 
 
393 aa  200  3e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1289  putative substrate-binding component of ABC transporter  33.06 
 
 
436 aa  199  7e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4596  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  35.12 
 
 
372 aa  199  7.999999999999999e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3260  putative negative amidase regulator, AmiC  34.51 
 
 
353 aa  199  9e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.469072  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2418  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.92 
 
 
393 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3992  putative negative amidase regulator, AmiC  33.97 
 
 
353 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2291  extracellular ligand-binding receptor  30.87 
 
 
421 aa  195  1e-48  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553297  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2330  extracellular ligand-binding receptor  31.32 
 
 
421 aa  195  1e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.26288  normal  0.0264278 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2338  extracellular ligand-binding receptor  30.87 
 
 
421 aa  195  1e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1953  putative aliphatic amidase expression-regulating protein (amiC)  32.79 
 
 
410 aa  194  2e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2007  urea ABC transporter, urea binding protein  30.39 
 
 
405 aa  193  4e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0700  urea ABC transporter, urea binding protein  30.52 
 
 
463 aa  191  1e-47  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0172324  hitchhiker  0.0000000649369 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29741  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  31.52 
 
 
431 aa  189  7e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1687  extracellular ligand-binding receptor  31.13 
 
 
413 aa  189  8e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1139  urea ABC transporter, urea binding protein  31.71 
 
 
413 aa  188  1e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2596  extracellular ligand-binding receptor  30.62 
 
 
402 aa  189  1e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.677611 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3798  extracellular ligand-binding receptor  30.85 
 
 
402 aa  187  2e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0952  twin-arginine translocation pathway signal  31.56 
 
 
419 aa  186  7e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.553309  normal  0.40345 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3780  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  27.58 
 
 
404 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.583472  hitchhiker  0.00053565 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  29.53 
 
 
397 aa  184  2.0000000000000003e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1421  putative substrate-binding periplasmic transport protein  31.2 
 
 
422 aa  184  3e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1360  urea ABC transporter, urea binding protein  30.35 
 
 
413 aa  183  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.396806  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2250  putative urea ABC transporter, urea binding protein  30.71 
 
 
431 aa  183  5.0000000000000004e-45  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.582147  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3279  hypothetical protein  33.24 
 
 
353 aa  183  5.0000000000000004e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.379355  normal  0.855443 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1200  urea ABC transporter, urea binding protein  30.35 
 
 
413 aa  183  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.12535 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0986  twin-arginine translocation pathway signal  31.05 
 
 
418 aa  182  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6186  urea ABC transporter, urea binding protein  30.62 
 
 
410 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.411723  normal  0.830735 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2620  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  31.71 
 
 
432 aa  179  7e-44  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0558299  normal  0.886918 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1988  putative substrate-binding periplasmic transport protein  30.93 
 
 
423 aa  179  8e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.146215 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3867  extracellular ligand-binding receptor  28.69 
 
 
421 aa  179  9e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5512  ABC transporter substrate-binding protein  30.35 
 
 
422 aa  178  1e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.115941  normal  0.320522 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1775  twin-arginine translocation pathway signal  30.08 
 
 
414 aa  178  1e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.185236  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08881  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  32.12 
 
 
425 aa  178  1e-43  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4426  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.22 
 
 
421 aa  177  3e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.171999 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0701  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  31.22 
 
 
421 aa  177  3e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.525993  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3572  ABC transporter substrate-binding protein  29 
 
 
422 aa  176  5e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.536665  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2746  urea ABC transporter, urea binding protein  30.67 
 
 
423 aa  176  7e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.276837  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3211  twin-arginine translocation pathway signal  31.3 
 
 
420 aa  174  1.9999999999999998e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.35137  normal  0.840301 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0590  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.42 
 
 
421 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4898  urea ABC transporter, urea binding protein  30.95 
 
 
421 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0308389 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0564  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.73 
 
 
420 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3381  ABC transporter substrate-binding protein  28.73 
 
 
417 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3690  urea ABC transporter, urea binding protein  28.73 
 
 
417 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2873  urea ABC transporter, urea binding protein  30.4 
 
 
422 aa  174  2.9999999999999996e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.862041  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1340  urea ABC transporter urea binding protein  30.4 
 
 
422 aa  174  2.9999999999999996e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.231626 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4885  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.42 
 
 
421 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1557  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  30.29 
 
 
441 aa  173  3.9999999999999995e-42  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2794  urea ABC transporter, urea binding protein  30.4 
 
 
422 aa  173  3.9999999999999995e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1255  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic protein  29.71 
 
 
445 aa  173  3.9999999999999995e-42  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.857524 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4841  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.69 
 
 
421 aa  173  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.365474 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4719  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  30.69 
 
 
421 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.14369  normal  0.0383938 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4078  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.23 
 
 
414 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.749846  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4633  urea ABC transporter, urea binding protein  30.69 
 
 
421 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.688874  normal  0.0837107 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2500  urea ABC transporter, urea binding protein  30.13 
 
 
422 aa  172  1e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.172849  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3500  twin-arginine translocation pathway signal  30.5 
 
 
420 aa  171  2e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3381  twin-arginine translocation pathway signal  30.32 
 
 
419 aa  171  2e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5579  hypothetical protein  30.67 
 
 
421 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64270  hypothetical protein  30.4 
 
 
421 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00916173  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>