More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1493 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1493  response regulator receiver  100 
 
 		 166 aa  333  5e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3857  response regulator receiver domain-containing protein  89.57 
 
 		 165 aa  251  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1870  response regulator receiver protein  85.82 
 
 		 167 aa  237  5.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3805  response regulator receiver domain-containing protein  72.73 
 
 		 167 aa  231  5e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0529  putative response regulator receiver protein  62.5 
 
 		 169 aa  165  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.289144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0517  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  34.17 
 
 		 139 aa  79.3  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.355984  normal  0.550913 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4802  response regulator receiver protein  36.21 
 
 		 150 aa  77.8  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.972925  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7676  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  36.13 
 
 		 136 aa  76.6  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3853  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  39.64 
 
 		 417 aa  74.7  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.548821 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4061  putative response regulator receiver protein  33.91 
 
 		 137 aa  74.7  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.601343  normal  0.164869 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3799  response regulator receiver/diguanylate phosphodiesterase  38.84 
 
 		 415 aa  69.7  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1419  signal transduction histidine kinase  38.89 
 
 		 551 aa  68.6  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1496  response regulator and cylclic diguanylate phosphodiesterase  36.8 
 
 		 413 aa  66.2  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0532  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  33.33 
 
 		 144 aa  61.2  0.000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.693911  normal  0.53556 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3025  two component transcriptional regulator  35.34 
 
 		 270 aa  60.8  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1876  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  37.07 
 
 		 416 aa  61.2  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.296132  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3227  response regulator receiver protein  31.5 
 
 		 134 aa  60.8  0.000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.30627  normal  0.696337 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0022  GAF sensor hybrid histidine kinase  39.78 
 
 		 1356 aa  60.1  0.00000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2107  response regulator receiver protein  34.75 
 
 		 768 aa  60.5  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1479  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  31.71 
 
 		 445 aa  59.3  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1421  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  36.78 
 
 		 404 aa  58.9  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3750  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  29.57 
 
 		 397 aa  58.9  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2036  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 465 aa  58.9  0.00000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1407  two component transcriptional regulator  31.86 
 
 		 265 aa  58.9  0.00000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1940  response regulator  29.69 
 
 		 397 aa  58.5  0.00000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249901  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1055  two component signal transduction response regulator  37.5 
 
 		 734 aa  58.2  0.00000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0148851  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2694  two component transcriptional regulator  38.76 
 
 		 235 aa  57.8  0.00000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154697  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0463  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.29 
 
 		 642 aa  57.8  0.00000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.683271 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3035  response regulator receiver domain-containing protein  36.97 
 
 		 127 aa  57.4  0.0000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0247  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 467 aa  57  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1391  response regulator receiver protein  34.62 
 
 		 368 aa  57.4  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5328  putative two-component response regulatory protein  35.8 
 
 		 133 aa  56.6  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.247483  normal  0.152499 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2171  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  34.4 
 
 		 408 aa  55.8  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.189433  normal  0.293545 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.37 
 
 		 234 aa  55.8  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.178035  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0525  two component transcriptional regulator / cell cycle transcriptional regulator CtrA  28.32 
 
 		 239 aa  55.5  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1727  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  33.63 
 
 		 793 aa  55.8  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1587  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.96 
 
 		 231 aa  55.5  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0331  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.14 
 
 		 955 aa  55.8  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.383184 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4117  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 465 aa  55.5  0.0000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.167574 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0723  transcriptional regulator, response regulator  31.2 
 
 		 225 aa  55.1  0.0000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4221  two component transcriptional regulator  27.34 
 
 		 240 aa  55.1  0.0000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.430301  normal  0.246318 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5993  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.35 
 
 		 234 aa  55.1  0.0000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0299234  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2540  two component transcriptional regulator  36.78 
 
 		 228 aa  55.1  0.0000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0634  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.45 
 
 		 1000 aa  55.1  0.0000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.932649  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2668  response regulator receiver protein  30.09 
 
 		 675 aa  54.7  0.0000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4076  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.9 
 
 		 253 aa  55.1  0.0000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.31516 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0380  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 522 aa  55.1  0.0000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0200588 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4649  two component transcriptional regulator  42.17 
 
 		 230 aa  54.7  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.424735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0092  response regulator receiver protein  29.93 
 
 		 682 aa  54.7  0.0000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3273  two component Fis family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 194 aa  54.3  0.0000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1803  two component transcriptional regulator  32.26 
 
 		 232 aa  54.3  0.0000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.782093  normal  0.890279 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1133  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.83 
 
 		 217 aa  54.3  0.0000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1503  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 513 aa  54.3  0.0000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0623  DNA-binding response regulator  29.5 
 
 		 231 aa  54.3  0.0000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000212568  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1088  two component transcriptional regulator  35.8 
 
 		 264 aa  53.9  0.0000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.237646 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6964  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.79 
 
 		 226 aa  53.9  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.043471  normal  0.107802 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2801  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.09 
 
 		 1041 aa  53.5  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0225241 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2844  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.48 
 
 		 657 aa  53.5  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.389478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0005  response regulator  28.24 
 
 		 243 aa  53.5  0.000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.201532  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0879  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 489 aa  53.9  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.318917 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2226  response regulator receiver protein  31.71 
 
 		 383 aa  53.5  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.916787 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4308  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.82 
 
 		 552 aa  53.5  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0064  histidine kinase  39.24 
 
 		 598 aa  53.9  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4779  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  27.83 
 
 		 494 aa  53.5  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0029  response regulator receiver protein  32.97 
 
 		 126 aa  53.5  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0568  response regulator  28.8 
 
 		 368 aa  53.5  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00216047  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0418  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 123 aa  53.5  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.22885  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0318  two component transcriptional regulator  32.71 
 
 		 227 aa  53.1  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2051  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.58 
 
 		 236 aa  53.5  0.000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0854  response regulator receiver protein  35.53 
 
 		 124 aa  52.8  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5173  DNA-binding response regulator  32.65 
 
 		 221 aa  52.8  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4744  response regulator  32.65 
 
 		 221 aa  52.8  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4763  response regulator  32.65 
 
 		 221 aa  52.8  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5179  DNA-binding response regulator  32.65 
 
 		 221 aa  52.8  0.000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4859  two component transcriptional regulator  32.65 
 
 		 221 aa  52.8  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1467  response regulator receiver protein  35.9 
 
 		 367 aa  52.8  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0140274  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5275  DNA-binding response regulator  32.65 
 
 		 221 aa  52.8  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3295  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  32.97 
 
 		 514 aa  52.8  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.836784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1928  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  28 
 
 		 477 aa  52.8  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0247  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  34.23 
 
 		 485 aa  53.1  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.898521  normal  0.0558214 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1554  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.04 
 
 		 229 aa  52.8  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709514 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3458  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.9 
 
 		 958 aa  52.8  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3038  response regulator receiver protein  35.9 
 
 		 367 aa  52.8  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0232368  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5144  DNA-binding response regulator  32.65 
 
 		 221 aa  52.8  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5188  DNA-binding response regulator  32.65 
 
 		 221 aa  52.8  0.000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2906  response regulator receiver protein  35.9 
 
 		 367 aa  52.8  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0132666  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1530  response regulator receiver protein  31.67 
 
 		 127 aa  53.1  0.000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.754323  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3146  histidine kinase  31.52 
 
 		 1140 aa  52.8  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.353593  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2896  response regulator receiver protein  35.9 
 
 		 367 aa  52.8  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00201335  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2805  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.36 
 
 		 224 aa  53.1  0.000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.244907 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2645  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  33.33 
 
 		 364 aa  52.8  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0737  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  29.37 
 
 		 406 aa  52.8  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4553  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.73 
 
 		 227 aa  53.1  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.130056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3586  sensor histidine kinase/response regulator  35.9 
 
 		 1153 aa  53.1  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2268  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.45 
 
 		 459 aa  52.8  0.000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00701331 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3276  winged helix family two component transcriptional regulator  32.56 
 
 		 234 aa  52.4  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.208422  normal  0.192837 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1016  two component Fis family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 490 aa  52.4  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0838008  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0563  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 		 1127 aa  52  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3934  DNA-binding response regulator  28.15 
 
 		 223 aa  52.4  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1100  two component transcriptional regulator  31.06 
 
 		 230 aa  52.4  0.000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>