247 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0322 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0322  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 400 aa  778    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.809903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0422  extracellular ligand-binding receptor  77.78 
 
 		 399 aa  587  1e-166  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0148  extracellular ligand-binding receptor  78.17 
 
 		 403 aa  576  1.0000000000000001e-163  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0398  extracellular ligand-binding receptor  77.36 
 
 		 399 aa  569  1e-161  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0183  hypothetical protein  78.03 
 
 		 415 aa  569  1e-161  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0190  hypothetical protein  75.13 
 
 		 407 aa  556  1e-157  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.613594  normal  0.386647 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0327  extracellular ligand-binding receptor  79.85 
 
 		 399 aa  502  1e-141  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.19118  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0026  Extracellular ligand-binding receptor  56.72 
 
 		 398 aa  334  2e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0404  extracellular ligand-binding receptor  53.8 
 
 		 403 aa  332  9e-90  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.697779  normal  0.706576 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3284  extracellular ligand-binding receptor  52.65 
 
 		 425 aa  326  4.0000000000000003e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0437  extracellular ligand-binding receptor  54.09 
 
 		 401 aa  325  1e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0602967  normal  0.574504 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0291  Extracellular ligand-binding receptor  51.37 
 
 		 403 aa  324  2e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.28159 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0023  extracellular ligand-binding receptor  54.47 
 
 		 404 aa  315  9.999999999999999e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0633447 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0472  extracellular ligand-binding receptor  52.17 
 
 		 399 aa  311  1e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108493  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2940  extracellular ligand-binding receptor  51.34 
 
 		 421 aa  306  4.0000000000000004e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3584  extracellular ligand-binding receptor  45.35 
 
 		 413 aa  254  2.0000000000000002e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4012  hypothetical protein  41.78 
 
 		 402 aa  230  3e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.101541  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3012  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  39.06 
 
 		 420 aa  207  2e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3694  hypothetical protein  41.98 
 
 		 408 aa  190  4e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.61828  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3957  hypothetical protein  32.9 
 
 		 400 aa  178  1e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2832  hypothetical protein  35.86 
 
 		 394 aa  176  6e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0190613  normal  0.571034 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0447  extracellular ligand-binding receptor  36.84 
 
 		 394 aa  169  7e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.766827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0470  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  35.33 
 
 		 391 aa  166  9e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.10614 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0264  extracellular ligand-binding receptor  36.73 
 
 		 378 aa  164  3e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.241284  normal  0.379489 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2085  extracellular ligand-binding receptor  35.28 
 
 		 356 aa  162  1e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.137371  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1812  hypothetical protein  35.04 
 
 		 391 aa  160  3e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0459  hypothetical protein  35.04 
 
 		 391 aa  160  3e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1534  putative lipoprotein-like protein  33.78 
 
 		 402 aa  153  5e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.75635  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0570  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  33.73 
 
 		 394 aa  147  3e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0898  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  31.5 
 
 		 370 aa  114  4.0000000000000004e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3138  hypothetical protein  30.11 
 
 		 419 aa  102  2e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3300  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.42 
 
 		 676 aa  94  4e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.464162 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0105  ABC-type transport systems, periplasmic component  27.2 
 
 		 627 aa  83.6  0.000000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0446  extracellular ligand-binding receptor  28.12 
 
 		 451 aa  76.6  0.0000000000008  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1037  extracellular ligand-binding receptor  27.86 
 
 		 643 aa  76.3  0.0000000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000129321  unclonable  0.0000121148 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2581  hypothetical protein  32.5 
 
 		 354 aa  76.3  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0732986  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3118  hypothetical protein  38.28 
 
 		 494 aa  74.3  0.000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1392  extracellular ligand-binding receptor  25.57 
 
 		 386 aa  72.8  0.00000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1455  extracellular ligand-binding receptor  24.7 
 
 		 402 aa  67.4  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1439  Extracellular ligand-binding receptor  26.15 
 
 		 383 aa  66.6  0.0000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.249756  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1763  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.24 
 
 		 677 aa  65.9  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2424  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  26.15 
 
 		 383 aa  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.806831  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3058  extracellular ligand-binding receptor  28.02 
 
 		 392 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5309  extracellular ligand-binding receptor  28.02 
 
 		 392 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.186665 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4960  extracellular ligand-binding receptor  27.73 
 
 		 392 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00971777 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0339  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.43 
 
 		 428 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.824912 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1534  Extracellular ligand-binding receptor  25.57 
 
 		 383 aa  63.5  0.000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.688038  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5889  extracellular ligand-binding receptor  26.07 
 
 		 382 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1583  extracellular ligand-binding receptor  24.47 
 
 		 450 aa  62.4  0.00000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1044  extracellular ligand-binding receptor  25.58 
 
 		 382 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.483308  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1490  Extracellular ligand-binding receptor  24.71 
 
 		 397 aa  60.5  0.00000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1047  extracellular ligand-binding receptor  25.58 
 
 		 382 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.545009 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3414  extracellular ligand-binding receptor  26.83 
 
 		 378 aa  60.5  0.00000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0938732  normal  0.686919 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4261  extracellular ligand-binding receptor  27.33 
 
 		 373 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4669  extracellular ligand-binding receptor  26.55 
 
 		 378 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.969731 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5197  extracellular ligand-binding receptor  26.55 
 
 		 378 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.308157  normal  0.258081 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3863  Extracellular ligand-binding receptor  28.14 
 
 		 651 aa  58.5  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0863227 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2938  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.36 
 
 		 383 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679208  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3536  extracellular ligand-binding receptor  23.58 
 
 		 388 aa  58.5  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000357876  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2140  extracellular ligand-binding receptor  26.14 
 
 		 382 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.250679  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2022  Extracellular ligand-binding receptor  22.44 
 
 		 373 aa  57.8  0.0000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.882154  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2005  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  23.62 
 
 		 385 aa  57  0.0000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.635473  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  24.12 
 
 		 399 aa  57  0.0000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2101  Extracellular ligand-binding receptor  25.43 
 
 		 380 aa  57  0.0000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2733  Extracellular ligand-binding receptor  25.79 
 
 		 401 aa  56.6  0.0000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.464024  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  24.21 
 
 		 381 aa  56.6  0.0000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  27.39 
 
 		 392 aa  56.2  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2212  LppC family lipoprotein  30 
 
 		 621 aa  56.2  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.228557 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4277  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.27 
 
 		 515 aa  55.8  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0628932  normal  0.928843 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1762  extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 		 449 aa  55.5  0.000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.304418  hitchhiker  0.000873526 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4919  extracellular ligand-binding receptor  25.65 
 
 		 376 aa  55.1  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1970  extracellular ligand-binding receptor  26.85 
 
 		 372 aa  55.1  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0123  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0592  extracellular ligand-binding receptor  23.72 
 
 		 447 aa  55.1  0.000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.944632  hitchhiker  0.0000426056 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1539  Extracellular ligand-binding receptor  23.85 
 
 		 383 aa  54.7  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 		 392 aa  54.7  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0686  extracellular ligand-binding receptor  25.27 
 
 		 461 aa  54.7  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1165  extracellular ligand-binding receptor  25.27 
 
 		 461 aa  54.7  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.439455  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  24.6 
 
 		 382 aa  54.7  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4231  Extracellular ligand-binding receptor  25.91 
 
 		 384 aa  54.7  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  25.84 
 
 		 377 aa  54.3  0.000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1141  extracellular ligand-binding receptor  25.27 
 
 		 382 aa  54.3  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  24.64 
 
 		 383 aa  53.9  0.000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0316  Putative lipoprotein-like protein  24.71 
 
 		 612 aa  53.5  0.000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.915463  hitchhiker  0.000474295 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0143  lipoprotein, putative  24.71 
 
 		 612 aa  53.5  0.000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1925  extracellular ligand-binding receptor  23.39 
 
 		 377 aa  53.1  0.000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0315464  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6166  extracellular ligand-binding receptor  24.43 
 
 		 375 aa  53.1  0.000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.644445  normal  0.0557295 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2204  LppC family lipoprotein  33.71 
 
 		 628 aa  53.1  0.000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.972417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6110  extracellular ligand-binding receptor  22.39 
 
 		 369 aa  52.4  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  26.25 
 
 		 392 aa  52.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4008  extracellular ligand-binding receptor  26.27 
 
 		 373 aa  52.4  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.746913  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4359  extracellular ligand-binding receptor  26.27 
 
 		 373 aa  52.4  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1468  extracellular ligand-binding receptor  23.03 
 
 		 369 aa  51.6  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000538626  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2866  periplasmic ligand binding lipoprotein  25.34 
 
 		 662 aa  51.2  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.691628  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2102  LppC family lipoprotein  25.61 
 
 		 631 aa  51.2  0.00003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2167  hypothetical protein  27.27 
 
 		 674 aa  51.2  0.00003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0901646  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1661  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.53 
 
 		 373 aa  50.8  0.00004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00010868  normal  0.0729717 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1761  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.75 
 
 		 467 aa  50.8  0.00004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0572  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.21 
 
 		 382 aa  50.4  0.00005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2807  putative periplasmic substrate-binding protein  25.21 
 
 		 382 aa  50.4  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2846  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.21 
 
 		 382 aa  50.4  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>