More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4637 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4637  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 280 aa  565  1e-160  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  94.64 
 
 		 280 aa  538  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  87.14 
 
 		 280 aa  498  1e-140  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4695  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  83.93 
 
 		 280 aa  462  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4827  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.29 
 
 		 295 aa  245  6e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.06 
 
 		 287 aa  238  1e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.38962  normal  0.0399907 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3782  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.23 
 
 		 282 aa  191  1e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.25135  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3770  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.23 
 
 		 282 aa  191  1e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.694275  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.23 
 
 		 282 aa  191  1e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3076  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.82 
 
 		 285 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4245  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.02 
 
 		 275 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.126058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.36 
 
 		 276 aa  181  1e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.952588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0169  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 		 273 aa  177  2e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.476438 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1510  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.69 
 
 		 258 aa  176  4e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.623129  normal  0.55267 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  41.7 
 
 		 249 aa  172  3.9999999999999995e-42  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  39.92 
 
 		 255 aa  172  5e-42  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.85 
 
 		 259 aa  170  3e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2226  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.64 
 
 		 261 aa  165  5.9999999999999996e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0121072  hitchhiker  0.00000459382 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.7 
 
 		 251 aa  165  9e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  40.08 
 
 		 251 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.57 
 
 		 282 aa  164  1.0000000000000001e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0692729  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  40.23 
 
 		 253 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2415  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.23 
 
 		 273 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00507131  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2585  short chain dehydrogenase  37.45 
 
 		 259 aa  163  3e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.25122  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1472  short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) family protein  39.69 
 
 		 282 aa  161  9e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0273044  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.09 
 
 		 255 aa  161  9e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.7 
 
 		 249 aa  160  2e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 		 246 aa  160  2e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 		 258 aa  160  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1563  short-chain alcohol dehydrogenase  40.23 
 
 		 266 aa  160  3e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.147181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2549  short chain dehydrogenase  39.53 
 
 		 272 aa  159  4e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2499  short chain dehydrogenase  39.53 
 
 		 272 aa  159  4e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.496805  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.22 
 
 		 252 aa  159  5e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.25 
 
 		 250 aa  159  6e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.38 
 
 		 249 aa  157  1e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.38 
 
 		 248 aa  157  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0136754  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2249  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.25 
 
 		 260 aa  158  1e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000113674  decreased coverage  1.89116e-19 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3288  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.38 
 
 		 264 aa  157  1e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.197949 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 		 256 aa  157  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.83 
 
 		 256 aa  156  3e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 		 248 aa  156  4e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0620  putative short-chain dehydrogenase/reductase  39.76 
 
 		 277 aa  156  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.096892 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 		 250 aa  155  9e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0264  putative short-chain dehydrogenase  40.71 
 
 		 262 aa  154  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4626  short chain dehydrogenase  36.19 
 
 		 254 aa  154  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.130325  normal  0.180414 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.54 
 
 		 255 aa  155  1e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.423234  normal  0.0918658 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.54 
 
 		 255 aa  155  1e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2079  short chain dehydrogenase  37.98 
 
 		 255 aa  154  1e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.47 
 
 		 251 aa  154  1e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.694744  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2045  short chain dehydrogenase  37.98 
 
 		 272 aa  154  2e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 		 262 aa  154  2e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1270  Short-chain dehydrogenase  37.84 
 
 		 248 aa  154  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 		 244 aa  154  2e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.271894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 		 246 aa  154  2e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1849  short chain dehydrogenase  37.89 
 
 		 255 aa  154  2e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.838313 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4356  short chain dehydrogenase  35.74 
 
 		 254 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.146165 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.84 
 
 		 251 aa  153  2.9999999999999998e-36  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  38.76 
 
 		 253 aa  152  8e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.61 
 
 		 265 aa  151  1e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.22 
 
 		 252 aa  151  1e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 		 252 aa  151  1e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  39.69 
 
 		 253 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3603  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 		 249 aa  151  1e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.15 
 
 		 250 aa  150  2e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1534  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.33 
 
 		 275 aa  150  2e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.23134  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.33 
 
 		 275 aa  150  2e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.254503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7132  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.64 
 
 		 257 aa  150  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.928828  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.46 
 
 		 256 aa  150  3e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.89 
 
 		 246 aa  150  3e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.408574  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.13 
 
 		 251 aa  149  5e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.640216  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.98 
 
 		 254 aa  149  5e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5146  short chain dehydrogenase  39.45 
 
 		 249 aa  149  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.485132 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2964  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  35.97 
 
 		 248 aa  149  6e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.95662  hitchhiker  0.0000180421 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0641  short chain dehydrogenase  40.16 
 
 		 249 aa  149  6e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2523  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  35.97 
 
 		 248 aa  149  6e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.97 
 
 		 248 aa  149  6e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.219217  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.31 
 
 		 251 aa  148  8e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 		 252 aa  148  8e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5518  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 		 260 aa  148  9e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000468902  normal  0.0104317 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2259  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 		 256 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.654674 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 		 270 aa  148  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.309971 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7184  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.23 
 
 		 249 aa  147  1.0000000000000001e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3284  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.55 
 
 		 248 aa  148  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.849975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.63 
 
 		 245 aa  147  2.0000000000000003e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  39.3 
 
 		 253 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.16 
 
 		 249 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.875683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1494  short chain dehydrogenase  35.61 
 
 		 255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000180405  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 		 252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.87063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.96 
 
 		 246 aa  147  3e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  38.91 
 
 		 253 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  39.3 
 
 		 253 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 		 253 aa  146  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5441  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 		 249 aa  146  3e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  38.52 
 
 		 253 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.55 
 
 		 249 aa  146  3e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.28 
 
 		 246 aa  147  3e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.6 
 
 		 254 aa  146  3e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_006684  CNB00370  fatty acid beta-oxidation-related protein, putative  38.66 
 
 		 292 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.170907  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.58 
 
 		 261 aa  145  5e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.806821  normal  0.214566 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.05 
 
 		 255 aa  146  5e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>