67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3407 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3407  patatin  100 
 
 		 400 aa  811    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.607013 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2041  patatin  86.93 
 
 		 397 aa  664    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.129971 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2174  Patatin  74.12 
 
 		 396 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0775647  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3579  patatin  70.13 
 
 		 396 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4930  Patatin  54.27 
 
 		 397 aa  366  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.149942 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4420  patatin  54.42 
 
 		 397 aa  367  1e-100  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.0052323  normal  0.804694 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4884  Patatin  54.42 
 
 		 397 aa  367  1e-100  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.183386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3360  patatin  52.71 
 
 		 395 aa  363  3e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.397819  normal  0.987081 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5259  patatin  56.87 
 
 		 395 aa  357  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.670986  normal  0.312042 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5819  Patatin  56.59 
 
 		 395 aa  356  3.9999999999999996e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16646  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6391  alpha/beta superfamily hydrolase  52.04 
 
 		 389 aa  340  2e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.892369  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5658  Patatin  42.35 
 
 		 393 aa  276  4e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.595864  normal  0.124932 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6656  patatin  42.81 
 
 		 423 aa  268  1e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.378058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4284  patatin  42.33 
 
 		 398 aa  257  3e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.150448 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1086  patatin  44.1 
 
 		 411 aa  253  5.000000000000001e-66  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.477256  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3027  patatin  42.2 
 
 		 424 aa  252  7e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.121062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3783  hypothetical protein  37.77 
 
 		 412 aa  245  8e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7175  Patatin  40.05 
 
 		 409 aa  241  1e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.656867  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0164  patatin  36.32 
 
 		 406 aa  239  8e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.607133  normal  0.62412 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2253  patatin  40.32 
 
 		 410 aa  236  8e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1656  patatin family phospholipase  36.8 
 
 		 418 aa  233  3e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3530  patatin family phospholipase  36.8 
 
 		 418 aa  233  3e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.288489  normal  0.0848725 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1768  patatin  36.8 
 
 		 418 aa  233  3e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1962  patatin  45.78 
 
 		 403 aa  224  1e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.308138  normal  0.105403 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6318  patatin  40.16 
 
 		 454 aa  224  2e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.105916  hitchhiker  0.00104777 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2755  Patatin  37.82 
 
 		 409 aa  224  2e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4389  Patatin  37.78 
 
 		 434 aa  224  2e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.525618  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0368  hypothetical protein  32.73 
 
 		 401 aa  216  7e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0343  hypothetical protein  33.15 
 
 		 401 aa  216  8e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3916  patatin  38.81 
 
 		 431 aa  211  2e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.158973 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4284  Patatin  38.29 
 
 		 437 aa  209  7e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.401301  normal  0.127899 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4658  patatin  39.26 
 
 		 438 aa  194  2e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.631828 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2447  patatin  37.54 
 
 		 375 aa  184  2.0000000000000003e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.191371  normal  0.648479 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0147  Patatin  27.42 
 
 		 380 aa  104  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02679  Patatin  26.55 
 
 		 378 aa  55.8  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1864  patatin  27.75 
 
 		 293 aa  50.1  0.00006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00450091  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0408  Patatin  28.96 
 
 		 256 aa  50.1  0.00007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.129061  normal  0.273153 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3091  patatin  27.92 
 
 		 298 aa  48.9  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0120977  normal  0.361961 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1615  patatin  27.98 
 
 		 394 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.793061  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1611  patatin  27.37 
 
 		 327 aa  48.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000105595  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1627  Patatin  28.35 
 
 		 250 aa  47.8  0.0003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.999239  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2334  hypothetical protein  24.02 
 
 		 665 aa  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1682  Patatin  27.22 
 
 		 317 aa  47  0.0005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.776672  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1117  patatin  24.29 
 
 		 621 aa  47.4  0.0005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.142446 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1737  cyclic nucleotide-binding protein  25.93 
 
 		 584 aa  47.4  0.0005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.987776 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2892  patatin  28.5 
 
 		 320 aa  47  0.0006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.679989  normal  0.123114 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1237  patatin  27.95 
 
 		 393 aa  47  0.0006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.880366  normal  0.614167 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4379  Patatin  26.88 
 
 		 420 aa  47  0.0007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.375815  normal  0.227942 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4269  Patatin  26.88 
 
 		 420 aa  47  0.0007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.59934  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3870  patatin family protein  27.94 
 
 		 393 aa  46.6  0.0008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.838023  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2479  hypothetical protein  23.58 
 
 		 661 aa  46.6  0.0008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2550  patatin  27.06 
 
 		 335 aa  45.8  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.128442  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1002  patatin  27.5 
 
 		 326 aa  45.8  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1182  Patatin  26.83 
 
 		 416 aa  46.2  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.41454  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1178  lipoprotein transmembrane  25.21 
 
 		 319 aa  45.1  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0068369  normal  0.214637 
 
 
-
 
NC_003296  RS02397  putative transmembrane protein  26.88 
 
 		 377 aa  45.1  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.104475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4898  putative patatin-like phospholipase  28.11 
 
 		 313 aa  44.7  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0432192 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1232  patatin  27.24 
 
 		 301 aa  44.7  0.003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.288587  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0898  hypothetical protein  26.2 
 
 		 263 aa  44.7  0.003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4294  patatin  29.44 
 
 		 382 aa  43.9  0.005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0057  hypothetical protein  29.35 
 
 		 310 aa  43.9  0.005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.771152 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0302  patatin  26.37 
 
 		 302 aa  43.9  0.005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1505  putative exported phospholipase  28.35 
 
 		 308 aa  43.9  0.006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.000365604  normal  0.370586 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2385  patatin  26.61 
 
 		 335 aa  43.1  0.009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000835704  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2662  patatin  28.49 
 
 		 368 aa  43.1  0.009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.31003  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2182  patatin  23.5 
 
 		 293 aa  42.7  0.01  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000772751  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1960  patatin  42.67 
 
 		 417 aa  42.7  0.01  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.508656  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>