141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2700 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2700  triple helix repeat-containing collagen  100 
 
 		 168 aa  322  1e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.215932  normal  0.595774 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2742  triple helix repeat-containing collagen  73.33 
 
 		 174 aa  211  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2599  triple helix repeat-containing collagen  59.64 
 
 		 222 aa  145  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0118729  normal  0.173421 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3141  Collagen triple helix repeat  80.95 
 
 		 165 aa  133  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4370  triple helix repeat-containing collagen  37.95 
 
 		 344 aa  95.5  3e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324657  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4914  Collagen triple helix repeat protein  45.95 
 
 		 283 aa  92.8  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.209024  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0804  Collagen triple helix repeat  43.97 
 
 		 288 aa  85.5  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.479308  normal  0.0397602 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2011  triple helix repeat-containing collagen  38.46 
 
 		 308 aa  78.6  0.00000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.160641 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0878  triple helix repeat-containing collagen  41.01 
 
 		 303 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0304216 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1804  tail fiber protein  62.16 
 
 		 434 aa  72.4  0.000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.982324  hitchhiker  0.00650595 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0838  Collagen triple helix repeat protein  41.03 
 
 		 297 aa  72  0.000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.932228  normal  0.0295691 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1608  collagen triple helix repeat protein  55.7 
 
 		 1101 aa  71.2  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.712053 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1202  triple helix repeat-containing collagen  36 
 
 		 400 aa  70.9  0.000000000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.0000183423  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1203  tail fiber protein  55.06 
 
 		 451 aa  69.7  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2871  tail fiber protein  53.85 
 
 		 437 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0235495 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2165  tail fiber protein  53.85 
 
 		 437 aa  68.9  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.468721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3118  tail fiber protein  54.35 
 
 		 437 aa  69.3  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.145222 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2758  tail fiber protein  53.85 
 
 		 439 aa  67.8  0.00000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.204827  normal  0.264951 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0478  cell-surface large adhesin  53.85 
 
 		 2851 aa  65.9  0.0000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3402  triple helix repeat-containing collagen  63.64 
 
 		 253 aa  65.9  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000301368 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3508  tail fiber protein  51.76 
 
 		 645 aa  65.5  0.0000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.283696 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0915  tail fiber protein  55.13 
 
 		 438 aa  63.5  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1632  large adhesin  48.89 
 
 		 2914 aa  63.2  0.000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1262  BclA protein  54.55 
 
 		 295 aa  62.8  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5836  Collagen triple helix repeat protein  41.32 
 
 		 1426 aa  62  0.000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.278516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0538  triple helix repeat-containing collagen  30.36 
 
 		 272 aa  62  0.000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0330891 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3403  triple helix repeat-containing collagen  50 
 
 		 582 aa  61.6  0.000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000154784 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0586  Collagen triple helix repeat protein  57.75 
 
 		 606 aa  61.2  0.000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2569  hypothetical protein  34.73 
 
 		 442 aa  61.2  0.000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13970  collagen triple helix repeat protein  55.22 
 
 		 523 aa  60.8  0.000000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2697  hypothetical protein  54.17 
 
 		 382 aa  60.5  0.00000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1924  triple helix repeat-containing collagen  59.38 
 
 		 466 aa  60.5  0.00000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1592  Collagen triple helix repeat protein  30 
 
 		 320 aa  59.7  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3470  triple helix repeat-containing collagen  54.29 
 
 		 813 aa  58.9  0.00000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.943395  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1027  triple helix repeat-containing collagen  38.18 
 
 		 403 aa  59.3  0.00000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.155494  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3339  triple helix repeat-containing collagen  42.4 
 
 		 158 aa  58.9  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.487784  normal  0.022781 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2198  hypothetical protein  43.53 
 
 		 240 aa  58.2  0.00000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3684  triple helix repeat-containing collagen  57.81 
 
 		 468 aa  58.2  0.00000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5433  triple helix repeat-containing collagen  36.54 
 
 		 232 aa  57.8  0.00000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2406  collagen triple helix repeat protein  46.91 
 
 		 300 aa  57.8  0.00000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3152  BclA protein  50.67 
 
 		 347 aa  57  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0005  BclA protein  50.67 
 
 		 347 aa  57  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3557  hypothetical protein  52.05 
 
 		 481 aa  57  0.0000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.285889  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0713  Collagen triple helix repeat protein  50 
 
 		 322 aa  57  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3841  hypothetical protein  52.05 
 
 		 478 aa  57  0.0000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000174288  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2467  exosporium protein H  61.02 
 
 		 437 aa  57  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2240  hypothetical protein  45.57 
 
 		 258 aa  56.2  0.0000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1681  hypothetical protein  61.82 
 
 		 953 aa  56.2  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1704  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  45.83 
 
 		 689 aa  56.2  0.0000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1618  group-specific protein  52.78 
 
 		 643 aa  56.2  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.747405  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1304  Collagen triple helix repeat protein  51.32 
 
 		 319 aa  56.2  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.174683  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4893  collagen triple helix repeat protein  47.54 
 
 		 230 aa  55.8  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1866  hypothetical protein  52.94 
 
 		 835 aa  55.5  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2389  triple helix repeat-containing collagen  50.68 
 
 		 842 aa  54.7  0.0000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00549275  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3477  triple helix repeat-containing collagen  39.64 
 
 		 936 aa  54.3  0.0000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00171179  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1925  triple helix repeat-containing collagen  47.3 
 
 		 492 aa  54.3  0.0000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3686  triple helix repeat-containing collagen  48.05 
 
 		 587 aa  54.3  0.0000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3227  triple helix repeat-containing collagen  48.57 
 
 		 274 aa  54.3  0.0000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2244  exosporium protein H  60.34 
 
 		 435 aa  53.5  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.800271  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3469  triple helix repeat-containing collagen  51.39 
 
 		 748 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0025  triple helix repeat-containing collagen  48 
 
 		 366 aa  53.9  0.000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.123658  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2280  triple helix repeat-containing collagen  47.14 
 
 		 299 aa  53.5  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0151545  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4912  collagen triple helix repeat protein  40.24 
 
 		 524 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3360  hypothetical protein  51.43 
 
 		 835 aa  53.9  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.888871  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1581  hypothetical protein  52 
 
 		 585 aa  52.8  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.322632  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4578  Collagen triple helix repeat protein  58.11 
 
 		 444 aa  53.1  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.567616 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3721  collagen triple helix repeat protein  52.05 
 
 		 706 aa  53.1  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.98705e-33 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1479  triple helix repeat-containing collagen  37.14 
 
 		 717 aa  53.5  0.000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.289213  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5441  Collagen triple helix repeat protein  62.96 
 
 		 296 aa  52.8  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.916377  normal  0.0707326 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1339  collagen-like protein  52.11 
 
 		 712 aa  52.4  0.000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4978  triple helix repeat-containing collagen  43.84 
 
 		 469 aa  52.4  0.000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0893  Collagen triple helix repeat protein  50 
 
 		 644 aa  52.4  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.216124  normal  0.507094 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1008  Collagen triple helix repeat protein  48.44 
 
 		 380 aa  52.4  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0623  triple helix repeat-containing collagen  66 
 
 		 221 aa  51.6  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4623  triple helix repeat-containing collagen  43.84 
 
 		 647 aa  51.6  0.000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1549  group-specific protein  57.35 
 
 		 512 aa  51.2  0.000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000333718 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0939  Collagen triple helix repeat protein  39.81 
 
 		 194 aa  51.2  0.000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0376709  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4635  collagen triple helix repeat domain protein  48 
 
 		 459 aa  51.2  0.000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.179421  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4838  collagen triple helix repeat domain protein  49.28 
 
 		 1297 aa  50.8  0.000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0444265  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4639  collagen triple helix repeat domain protein  42.25 
 
 		 360 aa  50.8  0.000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4557  triple helix repeat-containing collagen  38.18 
 
 		 934 aa  50.8  0.000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1104  bclA protein  47.14 
 
 		 283 aa  50.4  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4476  collagen-like protein  45.07 
 
 		 815 aa  50.4  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.957246  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4844  collagen triple helix repeat domain protein  45.21 
 
 		 1219 aa  50.4  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1848  Collagen triple helix repeat protein  48.53 
 
 		 250 aa  49.7  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.152171  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5064  Collagen triple helix repeat protein  47.22 
 
 		 839 aa  49.7  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.18046  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4862  collagen triple helix repeat domain protein  50 
 
 		 1170 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1007  Collagen triple helix repeat protein  45.45 
 
 		 445 aa  49.7  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4263  triple helix repeat-containing collagen  41.67 
 
 		 390 aa  49.3  0.00003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2409  hypothetical protein  45.98 
 
 		 248 aa  48.9  0.00003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.242823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4113  Collagen triple helix repeat  51.39 
 
 		 212 aa  48.9  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.366844  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4655  collagen triple helix repeat domain protein  45.83 
 
 		 426 aa  48.9  0.00003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4654  hypothetical protein  36.96 
 
 		 462 aa  48.5  0.00004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4868  triple helix repeat-containing collagen  47.83 
 
 		 1321 aa  48.9  0.00004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1338  group-specific protein  56.25 
 
 		 436 aa  48.5  0.00004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00783091  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0398  collagen triple helix repeat domain protein  47.95 
 
 		 951 aa  48.5  0.00004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.178342  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1720  Collagen triple helix repeat protein  52.38 
 
 		 558 aa  48.5  0.00004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.493637  normal  0.0315117 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2353  triple helix repeat-containing collagen  51.72 
 
 		 580 aa  48.5  0.00005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3739  hypothetical protein  52.11 
 
 		 1147 aa  48.5  0.00005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0102662  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0682  triple helix repeat-containing collagen  46.84 
 
 		 542 aa  48.5  0.00005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>