186 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0422 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0422  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 399 aa  783    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0398  extracellular ligand-binding receptor  90.98 
 
 		 399 aa  678    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0322  extracellular ligand-binding receptor  77.78 
 
 		 400 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.809903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0148  extracellular ligand-binding receptor  76.62 
 
 		 403 aa  559  1e-158  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0327  extracellular ligand-binding receptor  82.71 
 
 		 399 aa  555  1e-157  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.19118  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0190  hypothetical protein  72.38 
 
 		 407 aa  543  1e-153  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.613594  normal  0.386647 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0183  hypothetical protein  71.93 
 
 		 415 aa  535  1e-151  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33353  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3284  extracellular ligand-binding receptor  49.21 
 
 		 425 aa  332  9e-90  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0026  Extracellular ligand-binding receptor  53.33 
 
 		 398 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0291  Extracellular ligand-binding receptor  49.07 
 
 		 403 aa  319  5e-86  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.28159 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0404  extracellular ligand-binding receptor  48.83 
 
 		 403 aa  311  2e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.697779  normal  0.706576 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2940  extracellular ligand-binding receptor  52.52 
 
 		 421 aa  309  5.9999999999999995e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0023  extracellular ligand-binding receptor  52.02 
 
 		 404 aa  305  6e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0633447 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0437  extracellular ligand-binding receptor  49.12 
 
 		 401 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0602967  normal  0.574504 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0472  extracellular ligand-binding receptor  48.99 
 
 		 399 aa  299  5e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108493  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3584  extracellular ligand-binding receptor  42.24 
 
 		 413 aa  252  1e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4012  hypothetical protein  41.33 
 
 		 402 aa  228  2e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.101541  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3012  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  38.61 
 
 		 420 aa  209  7e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2832  hypothetical protein  35.57 
 
 		 394 aa  191  2e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0190613  normal  0.571034 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3694  hypothetical protein  39.88 
 
 		 408 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.61828  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0447  extracellular ligand-binding receptor  35.38 
 
 		 394 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.766827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0470  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  34.88 
 
 		 391 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.10614 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1812  hypothetical protein  34.88 
 
 		 391 aa  171  2e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0459  hypothetical protein  34.88 
 
 		 391 aa  171  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3957  hypothetical protein  33.08 
 
 		 400 aa  165  2.0000000000000002e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2085  extracellular ligand-binding receptor  34.99 
 
 		 356 aa  160  5e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.137371  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0570  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  33.6 
 
 		 394 aa  160  5e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1534  putative lipoprotein-like protein  32.64 
 
 		 402 aa  155  2e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.75635  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0264  extracellular ligand-binding receptor  34.21 
 
 		 378 aa  152  7e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.241284  normal  0.379489 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0898  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  27.99 
 
 		 370 aa  113  7.000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3138  hypothetical protein  27.86 
 
 		 419 aa  91.3  3e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2581  hypothetical protein  33.55 
 
 		 354 aa  91.3  3e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0732986  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3300  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.6 
 
 		 676 aa  87.4  4e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.464162 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3118  hypothetical protein  37.29 
 
 		 494 aa  76.3  0.0000000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0105  ABC-type transport systems, periplasmic component  24.53 
 
 		 627 aa  76.3  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1037  extracellular ligand-binding receptor  24.8 
 
 		 643 aa  71.6  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000129321  unclonable  0.0000121148 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0446  extracellular ligand-binding receptor  25.25 
 
 		 451 aa  67.8  0.0000000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1392  extracellular ligand-binding receptor  23.86 
 
 		 386 aa  67.4  0.0000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1490  Extracellular ligand-binding receptor  24.73 
 
 		 397 aa  66.6  0.0000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1763  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  28.8 
 
 		 677 aa  63.5  0.000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1044  extracellular ligand-binding receptor  27.07 
 
 		 382 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.483308  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1047  extracellular ligand-binding receptor  27.07 
 
 		 382 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.545009 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2140  extracellular ligand-binding receptor  27.15 
 
 		 382 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.250679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  23.16 
 
 		 383 aa  58.9  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0316  Putative lipoprotein-like protein  25.29 
 
 		 612 aa  57.4  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.915463  hitchhiker  0.000474295 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3058  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 		 392 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5309  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 		 392 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.186665 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0143  lipoprotein, putative  25.29 
 
 		 612 aa  57.4  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2022  Extracellular ligand-binding receptor  22.22 
 
 		 373 aa  57.4  0.0000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.882154  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4960  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 		 392 aa  57  0.0000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00971777 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0339  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.14 
 
 		 428 aa  56.6  0.0000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.824912 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4487  extracellular ligand-binding receptor  28.09 
 
 		 384 aa  56.6  0.0000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00567759  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1583  extracellular ligand-binding receptor  26.05 
 
 		 450 aa  56.2  0.0000009  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1977  putative transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.74 
 
 		 432 aa  56.2  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.212694  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1153  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.64 
 
 		 371 aa  55.1  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.488211  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4277  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.76 
 
 		 515 aa  55.5  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0628932  normal  0.928843 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2424  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  25.14 
 
 		 383 aa  55.5  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.806831  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4669  extracellular ligand-binding receptor  26.14 
 
 		 378 aa  55.1  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.969731 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5197  extracellular ligand-binding receptor  26.14 
 
 		 378 aa  55.1  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.308157  normal  0.258081 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0253  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.64 
 
 		 371 aa  55.1  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1762  extracellular ligand-binding receptor  23.78 
 
 		 449 aa  55.1  0.000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.304418  hitchhiker  0.000873526 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1141  extracellular ligand-binding receptor  25.9 
 
 		 382 aa  54.7  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2938  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26 
 
 		 383 aa  54.7  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0686  extracellular ligand-binding receptor  25.9 
 
 		 461 aa  54.7  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1455  extracellular ligand-binding receptor  20.83 
 
 		 402 aa  54.3  0.000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1165  extracellular ligand-binding receptor  25.9 
 
 		 461 aa  54.7  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.439455  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1593  putative transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.46 
 
 		 405 aa  54.7  0.000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0185942  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2102  LppC family lipoprotein  26.97 
 
 		 631 aa  54.7  0.000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0907  putative transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.46 
 
 		 405 aa  54.7  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.26662  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2121  outative extracellular ligand binding protein  26.46 
 
 		 405 aa  53.9  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0914412  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1959  putative transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.46 
 
 		 405 aa  53.9  0.000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3414  extracellular ligand-binding receptor  25.38 
 
 		 378 aa  53.5  0.000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0938732  normal  0.686919 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1439  Extracellular ligand-binding receptor  24.27 
 
 		 383 aa  53.1  0.000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.249756  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1539  Extracellular ligand-binding receptor  24.71 
 
 		 383 aa  52.8  0.000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2101  Extracellular ligand-binding receptor  26.13 
 
 		 380 aa  53.1  0.000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0592  extracellular ligand-binding receptor  25.72 
 
 		 447 aa  53.1  0.000009  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.944632  hitchhiker  0.0000426056 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2005  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  21.65 
 
 		 385 aa  52.8  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.635473  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0572  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.32 
 
 		 382 aa  52.8  0.00001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2434  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.32 
 
 		 382 aa  52.8  0.00001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00891241  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2846  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.32 
 
 		 382 aa  52.8  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2747  putative periplasmic substrate-binding protein  26.32 
 
 		 382 aa  52.8  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312608  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2807  putative periplasmic substrate-binding protein  26.32 
 
 		 382 aa  52.8  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1756  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.32 
 
 		 382 aa  52.8  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0548138  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1534  Extracellular ligand-binding receptor  23.98 
 
 		 383 aa  51.6  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.688038  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2866  periplasmic ligand binding lipoprotein  26.32 
 
 		 662 aa  51.2  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.691628  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3863  Extracellular ligand-binding receptor  26.81 
 
 		 651 aa  50.8  0.00004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0863227 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  25.16 
 
 		 419 aa  50.8  0.00004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3536  extracellular ligand-binding receptor  22.99 
 
 		 388 aa  50.8  0.00004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000357876  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3170  Extracellular ligand-binding receptor  27.51 
 
 		 381 aa  50.4  0.00005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  25.15 
 
 		 399 aa  50.4  0.00006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1761  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.59 
 
 		 467 aa  50.4  0.00006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4231  Extracellular ligand-binding receptor  24.02 
 
 		 384 aa  50.4  0.00006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4471  extracellular ligand-binding receptor  24.77 
 
 		 373 aa  50.1  0.00006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0185  putative lipoprotein  27.54 
 
 		 625 aa  49.7  0.00008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4030  extracellular ligand-binding receptor  22.88 
 
 		 386 aa  49.7  0.00008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.229342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3492  extracellular ligand-binding receptor  22.88 
 
 		 386 aa  49.7  0.00008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.839805 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2836  hypothetical protein  26.81 
 
 		 775 aa  49.7  0.00009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3495  Extracellular ligand-binding receptor  27.51 
 
 		 381 aa  49.7  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5889  extracellular ligand-binding receptor  24.78 
 
 		 382 aa  48.9  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1970  extracellular ligand-binding receptor  23.86 
 
 		 372 aa  49.3  0.0001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0123  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>