More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyc_1127 on replicon NC_007204
Organism: Psychrobacter arcticus 273-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009524  PsycPRwf_1212  UvrD/REP helicase  72.55 
 
 
1496 aa  2187    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0942329 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1127  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  100 
 
 
1495 aa  3089    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.225678  normal  0.0443825 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1291  UvrD/REP helicase  85.25 
 
 
1484 aa  2608    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0991  exonuclease V subunit beta  25.95 
 
 
1220 aa  254  8.000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3231  exonuclease V subunit beta  25.95 
 
 
1220 aa  254  9.000000000000001e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1043  exonuclease V subunit beta  25.95 
 
 
1220 aa  254  9.000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2420  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.31 
 
 
1238 aa  246  1.9999999999999999e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.415139  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0691  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.87 
 
 
1200 aa  244  1e-62  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2149  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.66 
 
 
1203 aa  240  1e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.277093  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0769  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.79 
 
 
1207 aa  233  2e-59  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2246  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.86 
 
 
1263 aa  230  1e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.919114 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1936  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.81 
 
 
1251 aa  230  2e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002685  exodeoxyribonuclease V beta chain  27.16 
 
 
1224 aa  228  5.0000000000000005e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03301  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  26.91 
 
 
1212 aa  227  1e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0681  exodeoxyribonuclease V beta chain  26.42 
 
 
1208 aa  227  1e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.112115  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1852  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.94 
 
 
1269 aa  224  7e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1774  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.09 
 
 
1274 aa  223  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1459  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.37 
 
 
1226 aa  223  3e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1748  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.95 
 
 
1241 aa  219  2e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2025  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.37 
 
 
1224 aa  217  9.999999999999999e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0546  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.43 
 
 
1183 aa  217  9.999999999999999e-55  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2148  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.24 
 
 
1259 aa  216  1.9999999999999998e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2642  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.12 
 
 
1229 aa  215  3.9999999999999995e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01028  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.91 
 
 
1336 aa  214  9e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2534  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.04 
 
 
1276 aa  213  2e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2047  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.2 
 
 
1273 aa  213  3e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.680974  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2094  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.83 
 
 
1273 aa  211  7e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.780628  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2291  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.74 
 
 
1273 aa  211  9e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2279  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.08 
 
 
1273 aa  211  1e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4565  hypothetical protein  25.08 
 
 
1273 aa  211  1e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3232  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.53 
 
 
1240 aa  210  2e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0067022  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1893  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.01 
 
 
1200 aa  208  5e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000174869 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0579  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.76 
 
 
1085 aa  208  7e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1433  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.34 
 
 
1199 aa  207  9e-52  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1904  exodeoxyribonuclease V, 135 kDa subunit  26.72 
 
 
1208 aa  207  1e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2111  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.71 
 
 
1251 aa  202  3e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0997  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.21 
 
 
1203 aa  201  1.0000000000000001e-49  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.749431 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2768  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.32 
 
 
1286 aa  200  2.0000000000000003e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2171  Exodeoxyribonuclease V  25.16 
 
 
1152 aa  197  1e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4671  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.02 
 
 
1224 aa  197  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000828259 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1614  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.26 
 
 
1232 aa  196  3e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0364449  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2352  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.23 
 
 
1355 aa  195  5e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1534  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.99 
 
 
1204 aa  193  2e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4568  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.22 
 
 
1263 aa  192  2.9999999999999997e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0929  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.35 
 
 
1216 aa  192  4e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0689  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.71 
 
 
1229 aa  191  1e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0221198  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1359  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.56 
 
 
1226 aa  188  5e-46  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.182882  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1401  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.68 
 
 
1221 aa  188  8e-46  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0681  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.61 
 
 
1230 aa  187  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.639627  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0777  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.4 
 
 
1230 aa  185  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1055  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.16 
 
 
1203 aa  184  1e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1209  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  22.96 
 
 
1097 aa  182  4.999999999999999e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.686656 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1098  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.25 
 
 
1234 aa  180  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1098  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.1 
 
 
1234 aa  179  4e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0918971  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2838  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.58 
 
 
1230 aa  179  4e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.506585  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2088  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.01 
 
 
1236 aa  179  5e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0252  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.67 
 
 
1111 aa  178  7e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.103947  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1777  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.22 
 
 
1272 aa  178  9e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000848552 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1386  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.33 
 
 
1263 aa  177  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2746  Exodeoxyribonuclease V  25.47 
 
 
1134 aa  176  1.9999999999999998e-42  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4851  exodeoxyribonuclease V beta chain  24.01 
 
 
1244 aa  175  5e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0472  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.83 
 
 
1270 aa  175  5e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.352906  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1769  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.83 
 
 
1270 aa  175  5e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1169  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.37 
 
 
1269 aa  175  5e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1189  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.83 
 
 
1270 aa  175  5e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0680  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.83 
 
 
1270 aa  175  5e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0372  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.72 
 
 
1168 aa  174  7.999999999999999e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0389874  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1520  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.92 
 
 
1934 aa  174  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.604792  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55670  exodeoxyribonuclease V beta chain  24.37 
 
 
1245 aa  172  6e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.80629  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1624  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.15 
 
 
1240 aa  170  2e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.547512  normal  0.545211 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1188  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.93 
 
 
1235 aa  170  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.513756  normal  0.625115 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1390  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25 
 
 
1270 aa  169  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4014  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.23 
 
 
1226 aa  169  4e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.398722 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0521  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.23 
 
 
1274 aa  167  1.0000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000558508 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4323  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.32 
 
 
1236 aa  167  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.182798  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0993  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.39 
 
 
1125 aa  167  1.0000000000000001e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00861563  normal  0.126412 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0735  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.83 
 
 
2007 aa  167  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1215  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.54 
 
 
1235 aa  167  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.513189  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3263  exonuclease V subunit beta  28.17 
 
 
1181 aa  166  3e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0900  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.85 
 
 
1115 aa  166  3e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.274913  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0917  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.85 
 
 
1115 aa  166  3e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.45261  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3206  exonuclease V subunit beta  28.75 
 
 
1181 aa  164  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.146819  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3157  exonuclease V subunit beta  28.54 
 
 
1181 aa  163  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3140  exonuclease V subunit beta  28.54 
 
 
1181 aa  163  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3220  exonuclease V subunit beta  28.54 
 
 
1181 aa  163  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3320  exonuclease V subunit beta  28.54 
 
 
1181 aa  163  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.602721 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3140  exonuclease V subunit beta  27.64 
 
 
1180 aa  161  7e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02668  exonuclease V (RecBCD complex), beta subunit  27.64 
 
 
1180 aa  161  8e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.501353  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0871  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.64 
 
 
1180 aa  161  8e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02629  hypothetical protein  27.64 
 
 
1180 aa  161  8e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.447852  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0895  exonuclease V subunit beta  27.64 
 
 
1180 aa  161  8e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.861993  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2966  exonuclease V subunit beta  27.64 
 
 
1180 aa  161  8e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2967  exonuclease V subunit beta  27.64 
 
 
1170 aa  161  9e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.483472  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4085  exonuclease V subunit beta  27.43 
 
 
1180 aa  160  1e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3042  exonuclease V subunit beta  27.64 
 
 
1180 aa  161  1e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5130  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  22.44 
 
 
1109 aa  160  2e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.915993  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1746  UvrD/REP helicase  24.63 
 
 
1243 aa  159  4e-37  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1814  exodeoxyribonuclease V beta chain  24.73 
 
 
1242 aa  159  5.0000000000000005e-37  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1981  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.4 
 
 
1259 aa  158  7e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.335433  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0906  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.37 
 
 
1115 aa  154  1e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.025647 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>