More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_4241 on replicon NC_008757
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008757  Pnap_4241  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  100 
 
 		 555 aa  1157    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.224345  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3759  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  49.15 
 
 		 500 aa  442  1e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.324134  normal  0.152428 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6048  UvrD Superfamily I DNA and RNA helicase  35.9 
 
 		 645 aa  263  6e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2787  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  35.35 
 
 		 519 aa  250  4e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.803649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0186  hypothetical protein  32.51 
 
 		 503 aa  233  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.589701  hitchhiker  0.00261133 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0120  hypothetical protein  35.52 
 
 		 647 aa  230  6e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210723 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0926  F-box only protein 18  31.99 
 
 		 498 aa  228  2e-58  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.0098755  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1452  hypothetical protein  33.2 
 
 		 487 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.215489 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4503  DNA helicase  35.36 
 
 		 493 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0879  hypothetical protein  32.92 
 
 		 485 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59830  putative helicase  34.58 
 
 		 493 aa  207  3e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000685074  hitchhiker  7.95621e-18 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4050  hypothetical protein  33.76 
 
 		 481 aa  203  6e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.707092 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3510  superfamily I DNA/RNA helicase  29.88 
 
 		 600 aa  195  2e-48  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.418094  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3358  hypothetical protein  31.49 
 
 		 509 aa  192  9e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2163  putative DNA helicase  28.83 
 
 		 518 aa  183  7e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.522245  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2003  DNA helicase  32.17 
 
 		 499 aa  182  2e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2306  putative DNA helicase  32.18 
 
 		 499 aa  180  5.999999999999999e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.92249 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3757  putative DNA helicase  30.14 
 
 		 501 aa  179  9e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2323  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  31.49 
 
 		 505 aa  174  5e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488765 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5233  putative helicase superfamily I  29.81 
 
 		 486 aa  169  1e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.161896  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1569  putative DNA helicase  29.81 
 
 		 486 aa  169  1e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_14422  predicted protein  28.6 
 
 		 1658 aa  168  2e-40  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.799653  normal  0.0906106 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4987  putative helicase superfamily I  30.48 
 
 		 500 aa  167  4e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.086869 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6248  putative DNA helicase  29.3 
 
 		 486 aa  167  4e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0575  UvrD/REP helicase  30.45 
 
 		 536 aa  167  5e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000167989  unclonable  0.00000359794 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3627  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  29.12 
 
 		 513 aa  152  1e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.180644  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4323  hypothetical protein  27.29 
 
 		 511 aa  139  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0092  helicase, UvrD/Rep family  26.39 
 
 		 666 aa  68.9  0.0000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2436  UvrD/REP helicase  26.38 
 
 		 759 aa  61.6  0.00000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000724075  normal  0.154121 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1021  UvrD/REP helicase  25.08 
 
 		 783 aa  61.6  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.751613  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0661  UvrD/REP helicase  25.5 
 
 		 708 aa  61.2  0.00000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.612479  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2924  UvrD/REP helicase  25.53 
 
 		 778 aa  60.5  0.00000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1437  UvrD/REP helicase  33.66 
 
 		 769 aa  58.9  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.618729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  33.33 
 
 		 735 aa  57.8  0.0000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1264  UvrD/REP helicase  27.22 
 
 		 678 aa  57.8  0.0000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.145211 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2149  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.81 
 
 		 1203 aa  57.4  0.0000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.277093  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1401  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  40 
 
 		 1221 aa  57  0.0000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl566  repair endonuclease ATP-dependent DNA helicase  34.07 
 
 		 723 aa  56.2  0.000001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546872  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1114  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.46 
 
 		 1208 aa  56.2  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0953517  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0993  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  40.23 
 
 		 1125 aa  56.2  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00861563  normal  0.126412 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1359  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  40 
 
 		 1226 aa  56.6  0.000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.182882  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11941  UvrD/REP helicase subunit B  26.44 
 
 		 1212 aa  56.6  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_12101  UvrD/REP helicase subunit B  31.46 
 
 		 1208 aa  55.1  0.000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0982  UvrD/REP helicase  28.91 
 
 		 731 aa  55.1  0.000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.158215  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1045  UvrD/REP helicase  26.16 
 
 		 587 aa  55.1  0.000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.52657  normal  0.201232 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2746  Exodeoxyribonuclease V  36.67 
 
 		 1134 aa  55.1  0.000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3655  UvrD/REP helicase  26.17 
 
 		 774 aa  55.5  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_12091  UvrD/REP helicase subunit B  31.46 
 
 		 1208 aa  55.1  0.000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10008  putative helicase  24.83 
 
 		 773 aa  54.3  0.000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0925  UvrD/REP helicase  30.18 
 
 		 1135 aa  54.3  0.000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.963076 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1397  UvrD/REP helicase  22.3 
 
 		 625 aa  54.3  0.000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.477297  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  32 
 
 		 749 aa  53.9  0.000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1571  UvrD/REP helicase  28.87 
 
 		 1110 aa  53.5  0.000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0997  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  50 
 
 		 1203 aa  53.5  0.000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.749431 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1937  UvrD/REP helicase  26.73 
 
 		 726 aa  53.5  0.00001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0467  DNA-dependent helicase II  23.56 
 
 		 722 aa  53.1  0.00001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1893  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  36.47 
 
 		 1200 aa  53.5  0.00001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000174869 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0236  DNA-dependent helicase II  25.7 
 
 		 720 aa  53.5  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2070  UvrD/REP helicase  24.03 
 
 		 789 aa  53.1  0.00001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.535098  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0468  DNA-dependent helicase II  23.76 
 
 		 721 aa  53.1  0.00001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000657213  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2580  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.27 
 
 		 754 aa  52.4  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0080  DNA helicase II  25.58 
 
 		 721 aa  52.4  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3571  ATP-dependent DNA helicase UvrD  25.96 
 
 		 719 aa  52.4  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1682  UvrD/REP helicase  24.01 
 
 		 743 aa  52.4  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3971  DNA-dependent helicase II  24.82 
 
 		 720 aa  52.4  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6233  DNA-dependent helicase II  25 
 
 		 728 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0779  UvrD/REP helicase  35.8 
 
 		 630 aa  52  0.00002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  31.87 
 
 		 724 aa  52.8  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0473  DNA-dependent helicase II  23.64 
 
 		 722 aa  52.8  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3558  DNA-dependent helicase II  23.64 
 
 		 722 aa  52.8  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.231339  normal  0.569551 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71870  DNA-dependent helicase II  25 
 
 		 728 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.186903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3373  DNA-dependent helicase II  23.88 
 
 		 722 aa  52.8  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0469  DNA-dependent helicase II  23.64 
 
 		 722 aa  52.8  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.154526  normal  0.949387 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4015  DNA-dependent helicase II  23.47 
 
 		 722 aa  52.4  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2295  Exodeoxyribonuclease V  50 
 
 		 1110 aa  52.8  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1322  hypothetical protein  35.87 
 
 		 1057 aa  52.4  0.00002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  28.57 
 
 		 706 aa  51.6  0.00003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.07 
 
 		 742 aa  52  0.00003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4444  UvrD/REP helicase  25.89 
 
 		 737 aa  51.6  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.805765  normal  0.0453578 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3818  DNA-dependent helicase II  23.47 
 
 		 722 aa  52  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0868  UvrD/REP helicase  36.59 
 
 		 741 aa  52  0.00003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3892  DNA-dependent helicase II  23.47 
 
 		 722 aa  52  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3023  UvrD/REP helicase  26.14 
 
 		 706 aa  52  0.00003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0441  DNA-dependent helicase II  23.47 
 
 		 722 aa  52  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419194  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4241  UvrD/REP helicase  28.68 
 
 		 907 aa  51.6  0.00004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000158675 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2007  UvrD/REP helicase  36.9 
 
 		 714 aa  51.6  0.00004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0358603  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0930  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.17 
 
 		 837 aa  51.2  0.00004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3397  DNA-dependent helicase II  24.56 
 
 		 727 aa  51.2  0.00004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0365  putative ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.38 
 
 		 1023 aa  51.6  0.00004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0286  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.73 
 
 		 747 aa  51.2  0.00005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4162  DNA-dependent helicase II  24.47 
 
 		 720 aa  51.2  0.00005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0353617  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.28 
 
 		 755 aa  51.2  0.00005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0716  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.46 
 
 		 685 aa  51.2  0.00005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0794  UvrD/REP helicase  24.86 
 
 		 735 aa  51.2  0.00005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0484  DNA-dependent helicase II  25.27 
 
 		 722 aa  50.8  0.00006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3907  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  47.92 
 
 		 1139 aa  50.8  0.00006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0574999  normal  0.0165259 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3373  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  39.76 
 
 		 1132 aa  50.8  0.00006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.665127 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3788  UvrD/REP helicase  35.71 
 
 		 755 aa  50.8  0.00006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1633  UvrD/REP helicase  25.86 
 
 		 681 aa  50.4  0.00007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0760  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.87 
 
 		 737 aa  50.8  0.00007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>