More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_2295 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009338  Mflv_5130  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  43.78 
 
 
1109 aa  709    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.915993  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2295  Exodeoxyribonuclease V  100 
 
 
1110 aa  2191    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0900  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  43.61 
 
 
1115 aa  741    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.274913  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0993  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  45.56 
 
 
1125 aa  722    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00861563  normal  0.126412 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0906  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  43.16 
 
 
1115 aa  734    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.025647 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3907  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  44.64 
 
 
1139 aa  701    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0574999  normal  0.0165259 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10641  exonuclease V beta subunit recB  42.72 
 
 
1094 aa  644    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000417929  normal  0.0791919 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0252  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  44.24 
 
 
1111 aa  744    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.103947  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0917  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  43.61 
 
 
1115 aa  741    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.45261  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1209  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  42.31 
 
 
1097 aa  706    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.686656 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2746  Exodeoxyribonuclease V  49.87 
 
 
1134 aa  887    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2429  Exodeoxyribonuclease V  47.18 
 
 
1148 aa  793    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.765298  hitchhiker  0.0020094 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3373  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  41.67 
 
 
1132 aa  624  1e-177  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.665127 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0324  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.6 
 
 
1129 aa  396  1e-108  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.904758 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0344  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.57 
 
 
1130 aa  387  1e-106  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0579  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.15 
 
 
1085 aa  357  5.999999999999999e-97  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1893  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.48 
 
 
1200 aa  317  6e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000174869 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1534  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.64 
 
 
1204 aa  310  1.0000000000000001e-82  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3263  exonuclease V subunit beta  31.44 
 
 
1181 aa  305  2.0000000000000002e-81  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3814  exonuclease V subunit beta  31.75 
 
 
1183 aa  304  8.000000000000001e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565336  normal  0.0108471 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3231  exonuclease V subunit beta  31.17 
 
 
1220 aa  297  7e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1043  exonuclease V subunit beta  31.17 
 
 
1220 aa  297  7e-79  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0991  exonuclease V subunit beta  31.17 
 
 
1220 aa  297  7e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1433  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.98 
 
 
1199 aa  295  4e-78  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0914  exonuclease V subunit beta  29.99 
 
 
1194 aa  285  3.0000000000000004e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3007  exonuclease V subunit beta  31.36 
 
 
1189 aa  284  5.000000000000001e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002685  exodeoxyribonuclease V beta chain  28.63 
 
 
1224 aa  283  2e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2149  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.03 
 
 
1203 aa  282  3e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.277093  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2130  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.3 
 
 
1223 aa  281  6e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3220  exonuclease V subunit beta  30.92 
 
 
1181 aa  281  7e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3320  exonuclease V subunit beta  30.81 
 
 
1181 aa  278  4e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.602721 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3206  exonuclease V subunit beta  31.19 
 
 
1181 aa  278  5e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.146819  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3157  exonuclease V subunit beta  31.03 
 
 
1181 aa  278  6e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0871  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.72 
 
 
1180 aa  277  9e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0895  exonuclease V subunit beta  30.72 
 
 
1180 aa  277  9e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.861993  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2966  exonuclease V subunit beta  30.72 
 
 
1180 aa  277  9e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3042  exonuclease V subunit beta  30.57 
 
 
1180 aa  277  9e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3140  exonuclease V subunit beta  30.72 
 
 
1180 aa  277  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3140  exonuclease V subunit beta  30.81 
 
 
1181 aa  277  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2967  exonuclease V subunit beta  30.9 
 
 
1170 aa  277  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.483472  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03301  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  28.61 
 
 
1212 aa  276  2.0000000000000002e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4085  exonuclease V subunit beta  31 
 
 
1180 aa  276  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02668  exonuclease V (RecBCD complex), beta subunit  30.72 
 
 
1180 aa  275  3e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.501353  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02629  hypothetical protein  30.72 
 
 
1180 aa  275  3e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.447852  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0769  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.99 
 
 
1207 aa  274  5.000000000000001e-72  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3389  exonuclease V subunit beta  29.75 
 
 
1203 aa  273  1e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2642  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.91 
 
 
1229 aa  268  4e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1904  exodeoxyribonuclease V, 135 kDa subunit  29.05 
 
 
1208 aa  267  7e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10831  UvrD/REP helicase subunit B  28.18 
 
 
1265 aa  265  3e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.261186  normal  0.314032 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0372  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.14 
 
 
1168 aa  265  4e-69  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0389874  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2094  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.28 
 
 
1273 aa  264  6.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.780628  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2291  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.2 
 
 
1273 aa  263  1e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2047  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.66 
 
 
1273 aa  263  1e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.680974  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1651  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.1 
 
 
1226 aa  261  4e-68  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0681  exodeoxyribonuclease V beta chain  27.96 
 
 
1208 aa  260  9e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.112115  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2279  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.9 
 
 
1273 aa  259  2e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4565  hypothetical protein  28.9 
 
 
1273 aa  259  2e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0997  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.38 
 
 
1203 aa  257  7e-67  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.749431 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1614  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.22 
 
 
1232 aa  256  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0364449  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14771  UvrD/REP helicase subunit B  25.11 
 
 
1261 aa  255  3e-66  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.248766 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0645  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.03 
 
 
1261 aa  254  6e-66  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0691  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.03 
 
 
1200 aa  252  2e-65  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2111  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.88 
 
 
1251 aa  253  2e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1748  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.21 
 
 
1241 aa  252  2e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1410  exodeoxyribonuclease V, beta subunit RecB  31.09 
 
 
1208 aa  252  3e-65  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.828955  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1401  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.18 
 
 
1221 aa  252  3e-65  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1981  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.88 
 
 
1259 aa  251  6e-65  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.335433  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0681  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.52 
 
 
1230 aa  251  7e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.639627  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1359  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.76 
 
 
1226 aa  249  2e-64  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.182882  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1936  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.34 
 
 
1251 aa  249  3e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0777  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.8 
 
 
1230 aa  248  4e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2088  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.66 
 
 
1236 aa  248  6e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1055  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.08 
 
 
1203 aa  247  9e-64  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1459  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.5 
 
 
1226 aa  247  9e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01028  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.58 
 
 
1336 aa  245  3e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2246  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.23 
 
 
1263 aa  245  3e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.919114 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0761  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.28 
 
 
1223 aa  245  3e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.238035  normal  0.093599 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1852  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.48 
 
 
1269 aa  245  3.9999999999999997e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09621  UvrD/REP helicase subunit B  31.46 
 
 
1274 aa  245  3.9999999999999997e-63  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.484397 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2148  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.86 
 
 
1259 aa  242  2.9999999999999997e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1757  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.31 
 
 
1320 aa  242  2.9999999999999997e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2768  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.57 
 
 
1286 aa  241  4e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0546  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.29 
 
 
1183 aa  239  1e-61  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3232  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.49 
 
 
1240 aa  239  2e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0067022  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1774  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.37 
 
 
1274 aa  239  2e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4568  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.82 
 
 
1263 aa  239  3e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1098  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.56 
 
 
1234 aa  238  4e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0918971  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2838  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.05 
 
 
1230 aa  238  4e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.506585  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1098  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.67 
 
 
1234 aa  238  5.0000000000000005e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4323  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.16 
 
 
1236 aa  236  3e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.182798  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1270  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.24 
 
 
1240 aa  234  8.000000000000001e-60  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2420  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.26 
 
 
1238 aa  234  9e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.415139  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0735  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.18 
 
 
2007 aa  234  9e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4014  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.58 
 
 
1226 aa  233  1e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.398722 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1188  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.18 
 
 
1235 aa  234  1e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.513756  normal  0.625115 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2534  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.74 
 
 
1276 aa  233  1e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1169  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.69 
 
 
1269 aa  233  2e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1215  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.18 
 
 
1235 aa  233  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.513189  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0689  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.05 
 
 
1229 aa  230  1e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0221198  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4671  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.16 
 
 
1224 aa  230  1e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000828259 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>