More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3159 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_3696  DNA-directed DNA polymerase  82.01 
 
 		 422 aa  694    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0931583  normal  0.897611 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3159  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 431 aa  875    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.382923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1647  DNA-directed DNA polymerase  79.09 
 
 		 432 aa  628  1e-179  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.162886  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2649  DNA-directed DNA polymerase  79.74 
 
 		 403 aa  627  1e-178  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1323  DNA-directed DNA polymerase  75.57 
 
 		 416 aa  609  1e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.308192  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1964  DNA-directed DNA polymerase  76.47 
 
 		 425 aa  579  1e-164  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.560205  normal  0.0220335 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5287  DNA-directed DNA polymerase  72.17 
 
 		 437 aa  569  1e-161  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3296  DNA-directed DNA polymerase  72.28 
 
 		 399 aa  562  1.0000000000000001e-159  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2353  DNA-directed DNA polymerase  69.6 
 
 		 413 aa  560  1e-158  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.48043  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1234  DNA-directed DNA polymerase  61.93 
 
 		 396 aa  471  1e-132  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2123  UMUC-like DNA-repair protein  57.18 
 
 		 387 aa  434  1e-120  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.48636  hitchhiker  0.00329078 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5871  DNA-directed DNA polymerase  56.99 
 
 		 381 aa  425  1e-118  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.937041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2067  DNA-directed DNA polymerase  58.36 
 
 		 388 aa  423  1e-117  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0860005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0274  DNA-directed DNA polymerase  56.2 
 
 		 385 aa  422  1e-117  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3545  UMUC-like DNA-repair protein  57.58 
 
 		 393 aa  424  1e-117  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3123  DNA-directed DNA polymerase  58.58 
 
 		 384 aa  422  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.401966  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0949  DNA-directed DNA polymerase  58.56 
 
 		 385 aa  419  1e-116  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.868276  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0937  DNA-directed DNA polymerase  55.84 
 
 		 436 aa  421  1e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0008  DNA-directed DNA polymerase  54.71 
 
 		 385 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0144  DNA-directed DNA polymerase  38.56 
 
 		 354 aa  254  3e-66  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  36.9 
 
 		 419 aa  229  7e-59  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  37.63 
 
 		 378 aa  227  3e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  37.63 
 
 		 378 aa  227  3e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3277  DNA-directed DNA polymerase  36.58 
 
 		 402 aa  226  4e-58  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1270  DNA-directed DNA polymerase  37.97 
 
 		 430 aa  225  1e-57  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.725906  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  36.39 
 
 		 419 aa  224  2e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  37.63 
 
 		 410 aa  215  9.999999999999999e-55  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  34.93 
 
 		 425 aa  214  1.9999999999999998e-54  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  37.28 
 
 		 374 aa  214  2.9999999999999995e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1616  ImpB/MucB/SamB family protein  36.46 
 
 		 409 aa  213  3.9999999999999995e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1096  DNA-directed DNA polymerase  36.36 
 
 		 424 aa  213  4.9999999999999996e-54  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0380  DNA-directed DNA polymerase  37.97 
 
 		 360 aa  212  1e-53  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.158929  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5112  DNA-directed DNA polymerase  36.14 
 
 		 420 aa  211  2e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360047  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  37.34 
 
 		 406 aa  210  5e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  34.58 
 
 		 389 aa  207  3e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  34.76 
 
 		 426 aa  207  4e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2765  DNA polymerase IV  35.01 
 
 		 367 aa  205  1e-51  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0953517 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2528  DNA polymerase IV  36.9 
 
 		 414 aa  204  3e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0229  DNA-directed DNA polymerase  35.83 
 
 		 384 aa  204  3e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2424  DNA-directed DNA polymerase  35.77 
 
 		 415 aa  203  4e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0565493 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  34.03 
 
 		 393 aa  203  4e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  36.08 
 
 		 380 aa  203  5e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1494  DNA polymerase IV  36.1 
 
 		 418 aa  203  5e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.129133 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0882  DNA-directed DNA polymerase  35.16 
 
 		 417 aa  202  9.999999999999999e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2331  DNA-directed DNA polymerase  34.26 
 
 		 408 aa  202  9.999999999999999e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.632571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1132  DNA-directed DNA polymerase  34.92 
 
 		 408 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2313  DNA-directed DNA polymerase  35.51 
 
 		 481 aa  201  3e-50  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25070  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  36.84 
 
 		 415 aa  201  3e-50  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.487274  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  35.13 
 
 		 422 aa  200  3.9999999999999996e-50  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000325025  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5784  DNA-directed DNA polymerase  34.91 
 
 		 430 aa  200  3.9999999999999996e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.108507  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  34.22 
 
 		 363 aa  199  5e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3476  DNA-directed DNA polymerase  36.36 
 
 		 370 aa  199  6e-50  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0765318  normal  0.0172319 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1726  DNA polymerase IV  33.77 
 
 		 364 aa  199  7.999999999999999e-50  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.503643  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1563  DNA-directed DNA polymerase  32.28 
 
 		 371 aa  199  7.999999999999999e-50  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.233621  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3530  DNA polymerase IV  34.64 
 
 		 421 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  34.01 
 
 		 385 aa  198  2.0000000000000003e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_10  DNA polymerase IV (Y-family)  35.58 
 
 		 391 aa  197  3e-49  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1773  DNA-directed DNA polymerase  33.95 
 
 		 397 aa  197  3e-49  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.49151  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0622  DNA-directed DNA polymerase  34.22 
 
 		 365 aa  197  4.0000000000000005e-49  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  37.04 
 
 		 355 aa  197  4.0000000000000005e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1185  DNA-directed DNA polymerase  34.52 
 
 		 381 aa  196  5.000000000000001e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.129375  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  34.53 
 
 		 378 aa  195  1e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0619  DNA-directed DNA polymerase  32.71 
 
 		 345 aa  195  1e-48  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.146752  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  34.97 
 
 		 378 aa  195  1e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0010  DNA-directed DNA polymerase  35.92 
 
 		 390 aa  194  2e-48  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1107  DNA-directed DNA polymerase  33.42 
 
 		 385 aa  194  2e-48  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.27085  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1444  DNA polymerase IV  34.05 
 
 		 466 aa  195  2e-48  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.754501  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3489  DNA-directed DNA polymerase  35.59 
 
 		 394 aa  194  3e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1815  DNA-directed DNA polymerase  35.39 
 
 		 412 aa  194  3e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000272693  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4922  DNA-directed DNA polymerase  34.59 
 
 		 410 aa  192  1e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0212665 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5822  DNA polymerase IV  34.51 
 
 		 353 aa  192  1e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.127311  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1756  UMUC domain protein DNA-repair protein  34.21 
 
 		 409 aa  191  2e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000481583  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2492  DNA-directed DNA polymerase  34.04 
 
 		 409 aa  191  2.9999999999999997e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1646  DNA-directed DNA polymerase  32.74 
 
 		 834 aa  190  4e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.218783 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1441  UMUC-like DNA-repair protein  34.63 
 
 		 407 aa  189  5.999999999999999e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1469  DNA-directed DNA polymerase  34.32 
 
 		 368 aa  189  5.999999999999999e-47  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0923  DNA polymerase IV  34.58 
 
 		 430 aa  189  7e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4326  DNA-directed DNA polymerase  35.62 
 
 		 463 aa  189  8e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.49996  normal  0.088504 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1679  DNA polymerase IV  33.16 
 
 		 385 aa  189  8e-47  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.452401  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3537  DNA-directed DNA polymerase  34.28 
 
 		 357 aa  189  8e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  36.7 
 
 		 356 aa  189  1e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  33.42 
 
 		 369 aa  188  2e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000722148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  33.95 
 
 		 399 aa  188  2e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1547  DNA-directed DNA polymerase  37.68 
 
 		 425 aa  188  2e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.153092  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  32.12 
 
 		 372 aa  187  3e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3041  DNA polymerase IV  33.08 
 
 		 429 aa  187  3e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.678009  normal  0.273789 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3235  DNA-directed DNA polymerase  33.42 
 
 		 380 aa  187  3e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5052  DNA-directed DNA polymerase  36 
 
 		 448 aa  187  4e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0011  DNA polymerase IV, putative  35.22 
 
 		 390 aa  186  5e-46  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0597  DNA polymerase IV  34.93 
 
 		 355 aa  186  6e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0614  DNA polymerase IV  34.63 
 
 		 355 aa  186  8e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6078  DNA polymerase IV  33.51 
 
 		 365 aa  186  9e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22910  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  34.22 
 
 		 414 aa  186  9e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0450607 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  33.94 
 
 		 359 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1767  DNA polymerase IV  34.63 
 
 		 414 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1686  Nucleotidyltransferase/DNA polymerase for DNA repair  32.53 
 
 		 424 aa  184  3e-45  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3857  DNA polymerase IV  34.29 
 
 		 432 aa  184  3e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1574  DNA-directed DNA polymerase  33.33 
 
 		 410 aa  184  3e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3213  DNA-directed DNA polymerase  34.56 
 
 		 407 aa  183  4.0000000000000006e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0704877  normal  0.021461 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3703  DNA polymerase IV  32.99 
 
 		 362 aa  183  5.0000000000000004e-45  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.260929  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>