More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3165 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3165  hypothetical protein  100 
 
 		 214 aa  436  1e-121  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.550145  normal  0.0595917 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2490  hypothetical protein  43.06 
 
 		 222 aa  179  2e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01876  conserved metal-binding protein  42.47 
 
 		 221 aa  176  3e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000425313  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01865  hypothetical protein  42.47 
 
 		 221 aa  176  3e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000280044  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2648  hypothetical protein  42.47 
 
 		 221 aa  176  3e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.265395  hitchhiker  0.000000180818 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1735  yecA family protein  42.01 
 
 		 221 aa  174  9e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000279922  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1275  hypothetical protein  42.01 
 
 		 221 aa  174  9e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000031022  hitchhiker  0.000229612 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2006  hypothetical protein  42.01 
 
 		 221 aa  174  9e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000852324  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1728  hypothetical protein  42.01 
 
 		 221 aa  174  9e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000258214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2141  hypothetical protein  42.01 
 
 		 221 aa  174  9e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000291021  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1306  hypothetical protein  40.37 
 
 		 221 aa  169  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.477015  hitchhiker  0.00000000164009 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1183  hypothetical protein  40.37 
 
 		 221 aa  169  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.022199  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2153  hypothetical protein  40.37 
 
 		 221 aa  169  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000183931 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2100  hypothetical protein  40.37 
 
 		 221 aa  169  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.45396e-18 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1035  hypothetical protein  40.64 
 
 		 221 aa  168  4e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000463904  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2093  hypothetical protein  40.37 
 
 		 221 aa  169  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.228892  hitchhiker  0.0000586575 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1161  metal-binding protein  32.96 
 
 		 223 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0107008 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4251  yecA family protein  31.84 
 
 		 183 aa  111  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.882611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1195  yecA family protein  31.67 
 
 		 183 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1179  yecA family protein  31.11 
 
 		 184 aa  106  3e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.100279  normal  0.0734438 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5791  yecA family protein  29.46 
 
 		 236 aa  92.4  4e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3553  yecA family protein  30.39 
 
 		 204 aa  90.9  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0311519 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3237  YgfB and YecA  30.52 
 
 		 235 aa  75.1  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.278176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4386  transporter  30.53 
 
 		 228 aa  73.2  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.387377  normal  0.216789 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2706  yecA family protein  28.02 
 
 		 232 aa  73.2  0.000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.179188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2940  yecA family protein  28.02 
 
 		 232 aa  73.2  0.000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.188532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0115  yecA family protein  29.13 
 
 		 225 aa  72.4  0.000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.410021  hitchhiker  0.00793411 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1413  yecA family protein  28 
 
 		 237 aa  72  0.000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3093  yecA family protein  28 
 
 		 267 aa  72  0.000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.062887  normal  0.759909 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1894  YgfB and YecA  26.87 
 
 		 432 aa  71.2  0.00000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00737905  normal  0.979127 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0098  YgfB and YecA  27.84 
 
 		 210 aa  71.2  0.00000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0060  yecA family protein  26.76 
 
 		 237 aa  71.2  0.00000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1895  YgfB and YecA  29.57 
 
 		 231 aa  68.6  0.00000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2000  yecA family protein  26.96 
 
 		 259 aa  62  0.000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0229  preprotein translocase subunit SecA  62.22 
 
 		 896 aa  59.7  0.00000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0140186  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0244  yecA family protein  29.09 
 
 		 253 aa  59.3  0.00000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3722  SecC motif-containing protein  36.61 
 
 		 272 aa  59.3  0.00000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000837198  decreased coverage  0.00531296 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2224  YgfB and YecA  27.95 
 
 		 239 aa  59.3  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.358802 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3702  SecA-related metal-binding protein  25.41 
 
 		 254 aa  58.9  0.00000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.569831 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1865  SecC motif-containing protein  25.42 
 
 		 257 aa  58.2  0.00000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.356111  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4747  preprotein translocase, SecA subunit  67.74 
 
 		 834 aa  57  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000758665  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2859  yecA family protein  24.47 
 
 		 249 aa  57  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.448598  normal  0.212674 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2873  preprotein translocase subunit SecA  54.35 
 
 		 844 aa  56.2  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0589  preprotein translocase, SecA subunit  88 
 
 		 910 aa  55.8  0.0000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0760479  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0176  preprotein translocase, SecA subunit  44.12 
 
 		 921 aa  55.5  0.0000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0185588  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1677  preprotein translocase, SecA subunit  64.86 
 
 		 1004 aa  55.5  0.0000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.243336  normal  0.336231 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4194  yecA family protein  26.11 
 
 		 221 aa  55.5  0.0000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000432994 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0205  SecC motif-containing protein  82.14 
 
 		 162 aa  55.1  0.0000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7276  yecA family protein  23.84 
 
 		 336 aa  55.1  0.0000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.106691 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7393  yecA family protein  23.84 
 
 		 336 aa  55.1  0.0000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147246  normal  0.347754 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0914  yecA family protein  24.73 
 
 		 198 aa  54.7  0.0000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1429  SEC-C motif domain protein  62.16 
 
 		 384 aa  54.3  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2323  preprotein translocase subunit SecA  77.78 
 
 		 896 aa  54.3  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000487805  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1082  preprotein translocase subunit SecA  77.78 
 
 		 864 aa  54.7  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0466  preprotein translocase subunit SecA  59.52 
 
 		 888 aa  54.7  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0943  yecA family protein  37.36 
 
 		 254 aa  54.3  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2102  yecA family protein  27.59 
 
 		 196 aa  54.7  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3796  preprotein translocase subunit SecA  34.09 
 
 		 906 aa  54.3  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000547853  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04358  preprotein translocase subunit SecA  75.86 
 
 		 912 aa  54.3  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2011  preprotein translocase subunit SecA  80 
 
 		 836 aa  54.7  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2443  preprotein translocase subunit SecA  83.33 
 
 		 912 aa  54.7  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.163659  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3971  preprotein translocase subunit SecA  58.33 
 
 		 872 aa  53.9  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000111083  unclonable  0.000000000374715 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3318  preprotein translocase subunit SecA  76.92 
 
 		 838 aa  53.5  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.338485  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5240  preprotein translocase, SecA subunit  62.16 
 
 		 1067 aa  53.9  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0916466  normal  0.569995 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4216  SecC motif-containing protein  80.77 
 
 		 162 aa  53.5  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.900488  normal  0.210806 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0113  yecA family protein  22.99 
 
 		 198 aa  53.9  0.000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000620345  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0418  preprotein translocase subunit SecA  69.7 
 
 		 907 aa  53.9  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000808939  hitchhiker  0.00000270752 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2156  preprotein translocase subunit SecA  56.52 
 
 		 833 aa  53.9  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2483  preprotein translocase, SecA subunit  70.37 
 
 		 859 aa  53.9  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0804  YecA  39.09 
 
 		 283 aa  53.1  0.000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00909  preprotein translocase subunit SecA  80.77 
 
 		 909 aa  53.1  0.000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3327  protein translocase subunit secA  70 
 
 		 901 aa  53.1  0.000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0362  preprotein translocase subunit SecA  77.78 
 
 		 908 aa  53.1  0.000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0221508  unclonable  0.0000124471 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0706  yecA family protein  33.09 
 
 		 314 aa  52.8  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2814  SecC motif-containing protein  63.33 
 
 		 61 aa  52.8  0.000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.720005  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2736  SecC motif-containing protein  74.07 
 
 		 162 aa  52.8  0.000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.122843 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2413  SecC motif-containing protein  38.36 
 
 		 319 aa  52.4  0.000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00422033  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0997  preprotein translocase subunit SecA  43.59 
 
 		 1031 aa  52.4  0.000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.407169 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0856  preprotein translocase subunit SecA  50 
 
 		 917 aa  52.4  0.000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0137755  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2104  preprotein translocase, SecA subunit  62.16 
 
 		 848 aa  52.4  0.000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000251511  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3445  preprotein translocase subunit SecA  66.67 
 
 		 907 aa  52.4  0.000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000355256  hitchhiker  0.0000512951 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2234  protein translocase subunit secA  73.33 
 
 		 908 aa  52.4  0.000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0826801  normal  0.15252 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2445  hypothetical protein  66.67 
 
 		 318 aa  52  0.000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0779  preprotein translocase, SecA subunit  76.92 
 
 		 925 aa  51.6  0.000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.54499  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0811  preprotein translocase, SecA subunit  48.89 
 
 		 899 aa  51.6  0.000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3195  preprotein translocase subunit SecA  72.41 
 
 		 837 aa  51.6  0.000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1631  SecC motif-containing protein  67.86 
 
 		 291 aa  51.6  0.000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0783853  normal  0.0894126 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004483  protein export cytoplasm protein SecA ATPase RNA helicase  76.92 
 
 		 909 aa  51.6  0.000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.341931  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1913  SEC-C motif domain protein  67.86 
 
 		 291 aa  51.2  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.233989 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0071  SEC-C motif domain protein  67.86 
 
 		 593 aa  51.2  0.00001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1419  preprotein translocase subunit SecA  79.17 
 
 		 896 aa  50.8  0.00001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1565  preprotein translocase subunit SecA  79.17 
 
 		 896 aa  50.8  0.00001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0477  preprotein translocase subunit SecA  62.86 
 
 		 897 aa  51.2  0.00001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000253416  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2485  preprotein translocase subunit SecA  39.73 
 
 		 917 aa  50.8  0.00001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00468846  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1273  yecA family protein  23.73 
 
 		 204 aa  51.6  0.00001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0849  SEC-C motif domain protein  80 
 
 		 170 aa  50.8  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.132285  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1156  yecA family protein  24.86 
 
 		 201 aa  51.2  0.00001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.324064 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3803  preprotein translocase subunit SecA  49.09 
 
 		 907 aa  50.8  0.00001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000517033  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03250  preprotein translocase subunit SecA  91.3 
 
 		 902 aa  51.6  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0950  yecA family protein  24.38 
 
 		 226 aa  50.8  0.00001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>