47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4251 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4251  yecA family protein  100 
 
 		 183 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.882611  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1161  metal-binding protein  90.71 
 
 		 223 aa  343  7e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0107008 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1195  yecA family protein  90.61 
 
 		 183 aa  338  2e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1179  yecA family protein  77.9 
 
 		 184 aa  297  5e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.100279  normal  0.0734438 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2490  hypothetical protein  39.89 
 
 		 222 aa  139  1.9999999999999998e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1183  hypothetical protein  39.55 
 
 		 221 aa  135  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.022199  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1735  yecA family protein  38.98 
 
 		 221 aa  134  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000279922  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1275  hypothetical protein  38.98 
 
 		 221 aa  134  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000031022  hitchhiker  0.000229612 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1728  hypothetical protein  38.98 
 
 		 221 aa  134  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000258214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2141  hypothetical protein  38.98 
 
 		 221 aa  134  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000291021  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2006  hypothetical protein  38.98 
 
 		 221 aa  134  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000852324  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2153  hypothetical protein  43.23 
 
 		 221 aa  134  7.000000000000001e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000183931 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01865  hypothetical protein  38.98 
 
 		 221 aa  134  8e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000280044  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01876  conserved metal-binding protein  38.98 
 
 		 221 aa  134  8e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000425313  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1306  hypothetical protein  43.23 
 
 		 221 aa  134  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.477015  hitchhiker  0.00000000164009 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2100  hypothetical protein  43.23 
 
 		 221 aa  134  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.45396e-18 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2093  hypothetical protein  43.23 
 
 		 221 aa  134  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.228892  hitchhiker  0.0000586575 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2648  hypothetical protein  38.42 
 
 		 221 aa  132  3e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.265395  hitchhiker  0.000000180818 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1035  hypothetical protein  37.29 
 
 		 221 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000463904  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3165  hypothetical protein  31.84 
 
 		 214 aa  111  5e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.550145  normal  0.0595917 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3553  yecA family protein  31.1 
 
 		 204 aa  76.6  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0311519 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0060  yecA family protein  30.48 
 
 		 237 aa  73.9  0.000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0113  yecA family protein  27.89 
 
 		 198 aa  72  0.000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000620345  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4194  yecA family protein  29.79 
 
 		 221 aa  68.9  0.00000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000432994 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1156  yecA family protein  25.93 
 
 		 201 aa  64.3  0.0000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.324064 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0950  yecA family protein  29.78 
 
 		 226 aa  62.8  0.000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2102  yecA family protein  26.7 
 
 		 196 aa  62  0.000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1273  yecA family protein  26.4 
 
 		 204 aa  61.2  0.000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1894  YgfB and YecA  33.02 
 
 		 432 aa  61.2  0.000000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00737905  normal  0.979127 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5791  yecA family protein  29.73 
 
 		 236 aa  59.3  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2456  yecA family protein  31.4 
 
 		 228 aa  57.8  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7276  yecA family protein  25.48 
 
 		 336 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.106691 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7393  yecA family protein  25.48 
 
 		 336 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147246  normal  0.347754 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0098  YgfB and YecA  23.53 
 
 		 210 aa  55.8  0.0000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2940  yecA family protein  33.83 
 
 		 232 aa  56.2  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.188532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2706  yecA family protein  33.83 
 
 		 232 aa  56.2  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.179188  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3093  yecA family protein  26.54 
 
 		 267 aa  52.4  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.062887  normal  0.759909 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1413  yecA family protein  26.54 
 
 		 237 aa  52.4  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3237  YgfB and YecA  30.99 
 
 		 235 aa  52.4  0.000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.278176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0914  yecA family protein  26.92 
 
 		 198 aa  51.6  0.000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01619  hypothetical protein  28.7 
 
 		 203 aa  48.1  0.00006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0115  yecA family protein  24.86 
 
 		 225 aa  47.8  0.00009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.410021  hitchhiker  0.00793411 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2224  YgfB and YecA  25.97 
 
 		 239 aa  47.4  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.358802 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003905  hypothetical protein  30.17 
 
 		 203 aa  45.8  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.968515  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2227  yecA family protein  24.73 
 
 		 214 aa  45.8  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.802171  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3702  SecA-related metal-binding protein  23.08 
 
 		 254 aa  42.4  0.004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.569831 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1425  hypothetical protein  29.81 
 
 		 190 aa  41.6  0.006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0990149  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>