More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4601 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_4601  ABC transporter related  100 
 
 
382 aa  763    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.531787  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5131  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  69.7 
 
 
381 aa  530  1e-149  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1613  sperimidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  49.15 
 
 
365 aa  323  2e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0570  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50.3 
 
 
365 aa  309  5e-83  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.124586  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0301  putative spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  47.01 
 
 
355 aa  308  8e-83  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00163011  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0449  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.76 
 
 
366 aa  306  5.0000000000000004e-82  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0327  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein, putative  46.72 
 
 
355 aa  305  1.0000000000000001e-81  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.100504  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3716  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.44 
 
 
355 aa  305  1.0000000000000001e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.841303  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4107  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.26 
 
 
357 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003668  spermidine putrescine transport ATP-binding protein PotA  43.54 
 
 
373 aa  301  1e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1587  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.15 
 
 
376 aa  299  5e-80  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.167194 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3737  ABC transporter related  46.44 
 
 
349 aa  299  7e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2418  sperimidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  45.41 
 
 
363 aa  298  1e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4263  ABC transporter related  46.46 
 
 
364 aa  297  2e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2371  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.69 
 
 
393 aa  297  2e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1534  polyamine transport protein PotA  46.55 
 
 
359 aa  296  4e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1865  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.77 
 
 
364 aa  296  4e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.919871  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1882  ABC polyamine/opine transporter, ATPase subunit  42.42 
 
 
367 aa  296  6e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  unclonable  0.000264611  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0530  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.42 
 
 
367 aa  296  6e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0747  ABC transporter ATP-binding protein  44.93 
 
 
369 aa  295  7e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.962273  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17640  polyamine transport protein PotA  45.98 
 
 
363 aa  295  1e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1453  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  38.75 
 
 
368 aa  294  2e-78  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5125  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  44.32 
 
 
374 aa  293  2e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0754257  normal  0.720307 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2913  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  44.32 
 
 
369 aa  293  2e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1034  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  43.38 
 
 
359 aa  294  2e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.330861  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1407  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  38.75 
 
 
370 aa  294  2e-78  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.890613  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5592  ABC transporter related  46.46 
 
 
358 aa  292  5e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07860  putative ATP-binding component of ABC transporter  44.64 
 
 
369 aa  293  5e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0131341 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2349  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  49.06 
 
 
365 aa  292  7e-78  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00542305 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4696  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.24 
 
 
364 aa  292  7e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4252  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.08 
 
 
367 aa  292  8e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6149  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.83 
 
 
360 aa  291  1e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4045  ABC transporter related  46.63 
 
 
367 aa  291  1e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0750  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter ATPase  44.6 
 
 
363 aa  291  2e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0659663  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4431  ABC transporter related  43.75 
 
 
363 aa  291  2e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.140949  normal  0.44138 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4003  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.09 
 
 
365 aa  290  3e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0289  ABC transporter ATP-binding protein  47.77 
 
 
370 aa  290  3e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6039  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.13 
 
 
395 aa  290  3e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.292434  hitchhiker  0.00935557 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1716  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.37 
 
 
355 aa  290  3e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198407  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0442  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.51 
 
 
374 aa  290  4e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.826065  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0411  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase  43.77 
 
 
374 aa  288  8e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0445  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.77 
 
 
374 aa  288  8e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.467134 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1641  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.95 
 
 
372 aa  288  1e-76  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1782  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.91 
 
 
364 aa  288  1e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.132629  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2208  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  45.38 
 
 
363 aa  288  1e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.103585  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1587  ABC transporter related protein  42.94 
 
 
367 aa  288  1e-76  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2540  ABC spermidine/putrescine transporter, ATPase subunit  42.74 
 
 
364 aa  288  1e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.534677 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3853  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.19 
 
 
357 aa  288  1e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3459  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.87 
 
 
378 aa  288  1e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.356453  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0666  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.85 
 
 
367 aa  288  2e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0172946 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5470  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.01 
 
 
364 aa  287  2e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.867721  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2840  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.04 
 
 
372 aa  287  2e-76  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.803293  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2631  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.99 
 
 
358 aa  287  2.9999999999999996e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3469  ABC spermidine/putrescine transporter, ATPase subunit  43.42 
 
 
393 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.647978 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6541  ABC transporter related  46.01 
 
 
359 aa  286  4e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.131089 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4791  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.93 
 
 
374 aa  286  4e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1511  ABC spermidine/putrescine transporter, ATPase subunit  45.81 
 
 
358 aa  285  7e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.280689  normal  0.146459 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2487  ABC transporter related  39.56 
 
 
379 aa  285  9e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00872773  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0424  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.15 
 
 
368 aa  285  1.0000000000000001e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1061  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.14 
 
 
366 aa  284  2.0000000000000002e-75  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0562  polyamine ABC transporter, ATP-binding protein  43.06 
 
 
374 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4615  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  43.94 
 
 
374 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.268203 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7063  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.36 
 
 
353 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.790238 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7799  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.54 
 
 
384 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.57968  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1266  ABC transporter related  41.06 
 
 
365 aa  283  4.0000000000000003e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.358849  normal  0.95628 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0568  ABC transporter related  38.33 
 
 
363 aa  282  6.000000000000001e-75  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0218426  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3244  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  41.76 
 
 
384 aa  282  7.000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.290922  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6582  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.13 
 
 
360 aa  282  7.000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.34057 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4944  ABC transporter related  45.48 
 
 
364 aa  282  7.000000000000001e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2580  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.22 
 
 
372 aa  281  9e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2039  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  40.91 
 
 
356 aa  281  1e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2235  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.2 
 
 
364 aa  281  1e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2383  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45 
 
 
363 aa  281  1e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1114  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  43.02 
 
 
376 aa  281  1e-74  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.188638  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2153  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.46 
 
 
367 aa  281  1e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.200708  normal  0.986613 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2088  ABC transporter related  43.01 
 
 
382 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.619396  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4639  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45 
 
 
380 aa  280  2e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1644  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.55 
 
 
357 aa  281  2e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.632646 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4853  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.64 
 
 
376 aa  281  2e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.685744  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3229  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.98 
 
 
408 aa  280  2e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2369  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.11 
 
 
373 aa  280  2e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6112  ABC transporter related  43.99 
 
 
368 aa  280  3e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.614045  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3450  ABC transporter related  41.92 
 
 
384 aa  280  3e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.622564  normal  0.365938 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2547  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.2 
 
 
364 aa  280  4e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.370363  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3817  polyamine ABC transporter ATP-binding protein  42.47 
 
 
382 aa  279  5e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.217368  normal  0.691578 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3142  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  45.4 
 
 
361 aa  279  7e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.891192  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1063  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.65 
 
 
354 aa  278  8e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.50404 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1952  ABC transporter related  43.29 
 
 
382 aa  278  8e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6092  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (polyamine)  43.9 
 
 
358 aa  278  9e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.196126  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2303  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  39.22 
 
 
381 aa  278  1e-73  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2805  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  38.33 
 
 
381 aa  278  1e-73  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.593662 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2398  ABC transporter  40.93 
 
 
384 aa  277  2e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0142955  normal  0.636582 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0015  ABC spermidine/putrescine transporter, ATPase subunit  43.27 
 
 
365 aa  277  2e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2048  ABC transporter component  43.82 
 
 
363 aa  277  2e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0311  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.03 
 
 
380 aa  278  2e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.671338  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1896  ABC transporter related  44.92 
 
 
359 aa  278  2e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0892333  normal  0.42443 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6630  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.94 
 
 
363 aa  276  4e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00510446  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1518  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.95 
 
 
362 aa  276  4e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0467578  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1544  ABC transporter related  44.13 
 
 
336 aa  276  5e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0675386  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2703  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase  44.35 
 
 
359 aa  276  5e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.76714  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>