More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4406 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4406  histidine kinase  100 
 
 		 622 aa  1234    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.226466 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3170  histidine kinase  52.88 
 
 		 597 aa  582  1.0000000000000001e-165  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.111612  normal  0.304086 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3461  histidine kinase  53.38 
 
 		 600 aa  569  1e-161  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.350821  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4690  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  52.53 
 
 		 606 aa  533  1e-150  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.381822 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1197  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  45.2 
 
 		 622 aa  407  1.0000000000000001e-112  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.534155 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1731  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  40.84 
 
 		 621 aa  360  4e-98  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.144225  normal  0.746753 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6214  histidine kinase  39.73 
 
 		 669 aa  353  5e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0714  C4-dicarboxylate transport sensor protein ATPase subunit  36.09 
 
 		 594 aa  353  7e-96  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0431  histidine kinase  39.9 
 
 		 668 aa  352  1e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0477  C4-dicarboxylate transport sensor histidine kinase DctB  38.68 
 
 		 677 aa  351  2e-95  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.277779  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0457  C4-dicarboxylate transport sensor histidine kinase DctB  38.68 
 
 		 677 aa  351  2e-95  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.7577  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2883  histidine kinase  38.45 
 
 		 669 aa  351  2e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.296171  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2927  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.39 
 
 		 672 aa  350  3e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.600674  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4196  histidine kinase  38.42 
 
 		 666 aa  350  4e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.531315 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0400  C4-dicarboxylate transport sensor protein  39.7 
 
 		 677 aa  348  1e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0519  histidine kinase  37.82 
 
 		 666 aa  348  1e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0541835  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0226  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.72 
 
 		 683 aa  348  1e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2258  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.7 
 
 		 669 aa  347  3e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2872  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.7 
 
 		 669 aa  347  3e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.13678  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0641  C4-dicarboxylate transport sensor protein  38.78 
 
 		 677 aa  346  8.999999999999999e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1248  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.56 
 
 		 628 aa  346  8.999999999999999e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4049  histidine kinase  41.74 
 
 		 630 aa  343  5e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.431231  normal  0.418791 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2789  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.05 
 
 		 677 aa  342  9e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0187  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.32 
 
 		 672 aa  342  2e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.622547  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0193  histidine kinase  39.12 
 
 		 670 aa  336  5.999999999999999e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0541233 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0307  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.52 
 
 		 627 aa  336  7.999999999999999e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.876198  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03690  C4-dicarboxylate sensory histidine protein kinase, two component; DctB2  38.22 
 
 		 603 aa  334  2e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.571137  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5220  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.23 
 
 		 631 aa  335  2e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.747879 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5668  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.11 
 
 		 623 aa  332  1e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3389  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.79 
 
 		 627 aa  329  8e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.420715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4691  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.72 
 
 		 638 aa  329  9e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.203801 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0478  histidine kinase  38.3 
 
 		 616 aa  327  5e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.936007 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0276  sensor histidine kinase  37.3 
 
 		 659 aa  324  4e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3454  histidine kinase  36.46 
 
 		 623 aa  323  4e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3025  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.56 
 
 		 634 aa  323  5e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5341  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.56 
 
 		 634 aa  323  5e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.556905 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5398  sensor histidine kinase  36.72 
 
 		 602 aa  323  7e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2406  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.1 
 
 		 652 aa  323  8e-87  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4927  histidine kinase  37.18 
 
 		 627 aa  322  9.000000000000001e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1420  histidine kinase  38.5 
 
 		 621 aa  322  9.999999999999999e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.990056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0288  histidine kinase  37.93 
 
 		 604 aa  320  7e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.709645 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1259  ATPase domain-containing protein  38.32 
 
 		 626 aa  318  2e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.27586 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1515  C4-dicarboxylate transport sensor protein  34.2 
 
 		 597 aa  317  3e-85  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0225348  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2668  histidine kinase  37.01 
 
 		 638 aa  316  8e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0589  histidine kinase  36.39 
 
 		 590 aa  314  1.9999999999999998e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4293  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.58 
 
 		 604 aa  315  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.536405 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1572  C4-dicarboxylate transport sensor protein  35.71 
 
 		 643 aa  311  2e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000397989  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0101  sensor histidine kinase  35.14 
 
 		 643 aa  311  2e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000798435  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5904  two-component sensor  35.86 
 
 		 599 aa  310  5.9999999999999995e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4937  sensor histidine kinase  37.36 
 
 		 604 aa  309  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1209  histidine kinase  38.1 
 
 		 621 aa  309  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.561816 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0082  C4-dicarboxylate transport sensor kinase  36.09 
 
 		 643 aa  309  1.0000000000000001e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0289  histidine kinase  36.71 
 
 		 604 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2212  putative two-component sensor histidine kinase protein  35.81 
 
 		 600 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68230  two-component sensor  35.57 
 
 		 612 aa  306  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0604681 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4049  putative two-component sensor  36.74 
 
 		 618 aa  305  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1425  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.9 
 
 		 603 aa  304  3.0000000000000004e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.524026  normal  0.827969 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0229  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.38 
 
 		 668 aa  303  6.000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.930854  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0331  C4-dicarboxylate transport sensor kinase transcription regulator protein  37.96 
 
 		 665 aa  302  1e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4539  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  34.05 
 
 		 637 aa  302  1e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0810573  normal  0.164353 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004046  signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system  34.13 
 
 		 601 aa  302  1e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0733416  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2827  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.51 
 
 		 598 aa  301  2e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1413  ATPase domain-containing protein  32.9 
 
 		 603 aa  301  2e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0264  sensor histidine kinase  37.04 
 
 		 604 aa  301  3e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0204811 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2952  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.34 
 
 		 598 aa  300  4e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.078149 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0279  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.04 
 
 		 604 aa  300  4e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1549  histidine kinase  32.34 
 
 		 598 aa  300  5e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.924403  normal  0.563022 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2809  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.34 
 
 		 598 aa  300  5e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46980  putative two-component sensor  36.56 
 
 		 633 aa  300  6e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0066179  normal  0.0520947 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3912  sensor histidine kinase  35.5 
 
 		 635 aa  298  2e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.277084 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1360  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.14 
 
 		 603 aa  298  2e-79  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.062671 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4946  histidine kinase  35.64 
 
 		 604 aa  297  4e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000919995 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2503  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.72 
 
 		 603 aa  297  5e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4175  sensor histidine kinase  35.12 
 
 		 643 aa  295  1e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6314  putative two-component sensor  35.93 
 
 		 586 aa  292  1e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72740  putative two-component sensor  36.09 
 
 		 588 aa  291  2e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.658354  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1067  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.08 
 
 		 635 aa  291  3e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.457116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4294  histidine kinase  35.8 
 
 		 626 aa  291  3e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0465122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1108  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.26 
 
 		 634 aa  291  3e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.287066 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0368  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.45 
 
 		 620 aa  290  5.0000000000000004e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1096  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.15 
 
 		 634 aa  289  9e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4562  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.39 
 
 		 591 aa  289  1e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4345  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.08 
 
 		 634 aa  288  2e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.970987  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3259  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.35 
 
 		 622 aa  286  5e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.157895  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2348  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.01 
 
 		 602 aa  286  8e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3284  histidine kinase  37.35 
 
 		 625 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2012  C4-dicarboxylate transport sensor protein  31.98 
 
 		 611 aa  284  3.0000000000000004e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2911  ATPase domain-containing protein  32.3 
 
 		 613 aa  284  3.0000000000000004e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4321  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.94 
 
 		 585 aa  284  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3901  histidine kinase  36.64 
 
 		 615 aa  283  5.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.896437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3788  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.64 
 
 		 635 aa  283  6.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.119976 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3060  ATPase domain-containing protein  37.01 
 
 		 625 aa  283  8.000000000000001e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.457203  normal  0.839364 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1723  histidine kinase  31.1 
 
 		 608 aa  282  1e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.10547 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4339  histidine kinase  36.78 
 
 		 600 aa  282  1e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1402  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.78 
 
 		 585 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0131  histidine kinase  37.67 
 
 		 630 aa  280  4e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0399979  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2718  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.69 
 
 		 598 aa  279  1e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4409  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.67 
 
 		 585 aa  278  2e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1457  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.11 
 
 		 618 aa  277  4e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.798107  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3994  sensor histidine kinase  33.45 
 
 		 585 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0892776 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>