More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1023 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_1023  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
272 aa  544  1e-154  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2121  putative spermidine/putrescine transport system permease protein  72.16 
 
 
265 aa  384  1e-106  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3272  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.3 
 
 
269 aa  348  7e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.17 
 
 
273 aa  246  4e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0016  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  35.77 
 
 
268 aa  159  5e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.77 
 
 
268 aa  159  5e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.858414  normal  0.553019 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.77 
 
 
268 aa  157  2e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.0038105  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.19 
 
 
267 aa  146  3e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3606  Ornithine carbamoyltransferase  35.29 
 
 
288 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.129461 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2838  ornithine carbamoyltransferase  34.2 
 
 
286 aa  143  4e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000365648  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1644  ornithine carbamoyltransferase  33.09 
 
 
285 aa  142  5e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.574087 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.4 
 
 
268 aa  142  6e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  36.33 
 
 
266 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1582  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  30.45 
 
 
256 aa  139  4.999999999999999e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.147817  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0237  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  32.58 
 
 
276 aa  135  5e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  34.38 
 
 
266 aa  135  9e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  34.38 
 
 
266 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  34.38 
 
 
266 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3672  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  30.12 
 
 
256 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3799  ornithine carbamoyltransferase  30.24 
 
 
260 aa  134  1.9999999999999998e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.195582 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4067  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
268 aa  134  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.319859  normal  0.968203 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  34.38 
 
 
266 aa  133  3e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  34.38 
 
 
266 aa  133  3e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  34.38 
 
 
266 aa  133  3e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  34.38 
 
 
266 aa  133  3e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2866  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  33.47 
 
 
257 aa  133  3e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  34.38 
 
 
266 aa  133  3e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  34.38 
 
 
266 aa  133  3e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0287  ABC transporter permease  37.3 
 
 
269 aa  132  5e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3144  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.31 
 
 
262 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.058701  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1598  inner membrane ABC-transporter permease protein  33.92 
 
 
268 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.131611  normal  0.983656 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.34 
 
 
275 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02287  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  29.22 
 
 
256 aa  130  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2805  ornithine carbamoyltransferase  31.15 
 
 
276 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.465458  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.4 
 
 
281 aa  130  3e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360283  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003483  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotC  29.63 
 
 
256 aa  129  5.0000000000000004e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000553951  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1063  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  32.13 
 
 
258 aa  129  5.0000000000000004e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000694719  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1543  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  30.83 
 
 
275 aa  128  8.000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.414706 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8156  ABC transporter  30.61 
 
 
264 aa  128  8.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0870  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  30.49 
 
 
270 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.41546  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1549  ornithine carbamoyltransferase  32.95 
 
 
284 aa  127  2.0000000000000002e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.899373  normal 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.71 
 
 
267 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.242595  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1958  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  34.69 
 
 
266 aa  125  6e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2347  Ornithine carbamoyltransferase  35.38 
 
 
288 aa  125  7e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00485927 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3854  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.68 
 
 
273 aa  125  8.000000000000001e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.181021  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0283  polyamine ABC-transporter, inner membrane subunit  34.34 
 
 
274 aa  124  2e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.463421  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2817  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
287 aa  124  2e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3949  ornithine carbamoyltransferase  32.02 
 
 
287 aa  122  5e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.551991  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1441  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  34.38 
 
 
266 aa  122  5e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0782345  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1037  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  30.04 
 
 
256 aa  122  6e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000490693  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5055  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  30.89 
 
 
264 aa  121  9.999999999999999e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.429894 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1063  ornithine carbamoyltransferase  30.56 
 
 
293 aa  121  9.999999999999999e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1803  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  32.63 
 
 
257 aa  121  9.999999999999999e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8304  ABC transporter  30.74 
 
 
265 aa  120  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0178234  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04230  putative permease of ABC transporter  32.91 
 
 
262 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0372  ornithine carbamoyltransferase  31.76 
 
 
261 aa  121  1.9999999999999998e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  29.64 
 
 
267 aa  120  3e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1834  ABC transporter, permease protein  32.19 
 
 
269 aa  120  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.632575 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3073  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.75 
 
 
284 aa  119  3.9999999999999996e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.446798  normal  0.0908777 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8149  ABC transporter  28 
 
 
266 aa  118  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.828592  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6034  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.95 
 
 
259 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.958438 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1379  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.53 
 
 
266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.361864  normal  0.102972 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane protein  30.21 
 
 
260 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.814917  normal  0.279187 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0325  Ornithine carbamoyltransferase  33.05 
 
 
268 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000489255  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1787  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.92 
 
 
669 aa  117  1.9999999999999998e-25  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0343  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  32.19 
 
 
256 aa  116  3e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3765  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.08 
 
 
267 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.548577  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3038  ABC permidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  30.08 
 
 
267 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17620  polyamine transport protein PotC  30.83 
 
 
256 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3226  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.64 
 
 
289 aa  116  5e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.698414  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1141  hypothetical protein  29.72 
 
 
255 aa  115  6e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1451  ornithine carbamoyltransferase  30.04 
 
 
256 aa  115  6.9999999999999995e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0748  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.07 
 
 
264 aa  115  7.999999999999999e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0148885  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1146  hypothetical protein  29.72 
 
 
255 aa  115  8.999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1847  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  26.91 
 
 
254 aa  115  8.999999999999998e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0489966  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2943  ornithine carbamoyltransferase  32.6 
 
 
272 aa  114  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2037  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotC  32.49 
 
 
269 aa  115  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0823298  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1884  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.34 
 
 
277 aa  114  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1532  polyamine transport protein PotC  30.42 
 
 
256 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1221  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  32.57 
 
 
282 aa  114  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1405  ornithine carbamoyltransferase  30.04 
 
 
256 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.386311  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.69 
 
 
268 aa  114  1.0000000000000001e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.57 
 
 
282 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1261  Ornithine carbamoyltransferase  32.69 
 
 
273 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1061  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.66 
 
 
266 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.115095  normal  0.340586 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3109  spermidine/putrescine ABC transporter permease  32.57 
 
 
282 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.49 
 
 
264 aa  114  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01122  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  30.09 
 
 
264 aa  113  3e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2523  Ornithine carbamoyltransferase  30.09 
 
 
264 aa  113  3e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000122553  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01130  hypothetical protein  30.09 
 
 
264 aa  113  3e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1247  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  30.09 
 
 
264 aa  113  3e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0802676  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2398  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit  32.66 
 
 
266 aa  113  3e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.58 
 
 
286 aa  113  3e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.163733  normal  0.0234889 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2479  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  30.09 
 
 
264 aa  113  3e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0237436  normal  0.58915 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4305  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.67 
 
 
265 aa  113  3e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000237313  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2002  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  30.09 
 
 
264 aa  113  3e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.818334 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1502  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  30.09 
 
 
264 aa  113  3e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000827524  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2201  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  30.09 
 
 
264 aa  113  3e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.381737  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1244  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  30.09 
 
 
264 aa  113  3e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0760675  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.98 
 
 
263 aa  113  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.829399  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>