More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3005 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3005  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  100 
 
 
370 aa  759    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02834  sigma-54 depedent transcriptional activator PspF  77.96 
 
 
373 aa  600  1e-170  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3774  sigma-54 depedent transcriptional activator PspF  70.97 
 
 
372 aa  542  1e-153  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2483  Fis family transcriptional regulator  67.31 
 
 
362 aa  502  1e-141  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2551  Fis family transcriptional regulator  67.31 
 
 
362 aa  503  1e-141  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0309861 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1639  Fis family transcriptional regulator  67.49 
 
 
363 aa  498  1e-140  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.403304  normal  0.766979 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1616  Fis family transcriptional regulator  67.49 
 
 
363 aa  498  1e-140  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1501  Fis family transcriptional regulator  68.41 
 
 
362 aa  498  1e-140  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2738  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  67.3 
 
 
363 aa  496  1e-139  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.509695  normal  0.150026 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1806  psp operon transcriptional activator  67.58 
 
 
363 aa  495  1e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1605  Fis family transcriptional regulator  67.49 
 
 
363 aa  498  1e-139  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2649  Fis family transcriptional regulator  67.77 
 
 
362 aa  496  1e-139  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.55227 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1553  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  65.47 
 
 
355 aa  484  1e-136  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000495101 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3101  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  66.58 
 
 
357 aa  483  1e-135  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.701095  hitchhiker  0.0000294704 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2670  Fis family transcriptional regulator  65.11 
 
 
366 aa  483  1e-135  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2579  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  65.85 
 
 
359 aa  483  1e-135  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2497  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  66.02 
 
 
356 aa  479  1e-134  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00185562  normal  0.0915842 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1236  psp operon transcriptional activator  64.36 
 
 
357 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.787384  normal  0.286341 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2481  sigma-54 factor, interaction region  64.74 
 
 
368 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2322  phage shock protein operon transcriptional activator  57.18 
 
 
325 aa  408  1e-113  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.333192  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1418  phage shock protein operon transcriptional activator  57.18 
 
 
325 aa  408  1e-113  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1819  phage shock protein operon transcriptional activator  57.18 
 
 
325 aa  408  1e-113  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.235357 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1945  phage shock protein operon transcriptional activator  57.18 
 
 
325 aa  408  1e-113  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1513  phage shock protein operon transcriptional activator  57.18 
 
 
325 aa  408  1e-113  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01280  DNA-binding transcriptional activator  56.9 
 
 
325 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2343  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  56.9 
 
 
325 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00890881  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01291  hypothetical protein  56.9 
 
 
325 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1539  phage shock protein operon transcriptional activator  57.18 
 
 
325 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.833762  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1785  phage shock protein operon transcriptional activator  56.39 
 
 
342 aa  403  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1893  phage shock protein operon transcriptional activator  56.39 
 
 
342 aa  403  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2538  phage shock protein operon transcriptional activator  56.39 
 
 
342 aa  403  1e-111  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2336  phage shock protein operon transcriptional activator  56.7 
 
 
328 aa  402  1e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.816239  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1753  phage shock protein operon transcriptional activator  55.9 
 
 
330 aa  400  9.999999999999999e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1815  phage shock protein operon transcriptional activator  55.49 
 
 
326 aa  398  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.275809  hitchhiker  0.0000000461951 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1459  phage shock protein operon transcriptional activator  55.77 
 
 
331 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.749362  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2625  phage shock protein operon transcriptional activator  55.98 
 
 
335 aa  398  9.999999999999999e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.212931  normal  0.477628 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2611  phage shock protein operon transcriptional activator  56.98 
 
 
328 aa  396  1e-109  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1641  phage shock protein operon transcriptional activator  55.49 
 
 
331 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000132822 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01871  hypothetical protein  53.09 
 
 
357 aa  393  1e-108  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1877  phage shock protein operon transcriptional activator  54.65 
 
 
331 aa  391  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.436401  normal  0.0112899 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1816  phage shock protein operon transcriptional activator  54.93 
 
 
331 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.233716 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2170  phage shock protein operon transcriptional activator  55.77 
 
 
325 aa  389  1e-107  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0948049  normal  0.0900334 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1721  phage shock protein operon transcriptional activator  55.9 
 
 
331 aa  391  1e-107  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0328875  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003815  Psp operon transcriptional activator  51.69 
 
 
336 aa  388  1e-106  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1284  psp operon transcriptional activator  50.28 
 
 
338 aa  367  1e-100  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0480  psp operon transcriptional activator PspF  48.75 
 
 
340 aa  366  1e-100  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1154  Fis family transcriptional regulator  48.48 
 
 
353 aa  351  1e-95  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.639305  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0405  Fis family transcriptional regulator  51.29 
 
 
338 aa  347  2e-94  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1226  sigma54 specific transcriptional activator, PspF, Fis family  48.56 
 
 
342 aa  321  9.999999999999999e-87  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.305483  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2936  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.4 
 
 
349 aa  321  9.999999999999999e-87  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.253004 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3227  Fis family transcriptional regulator  47.14 
 
 
362 aa  319  5e-86  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.91 
 
 
341 aa  318  7e-86  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.965833 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0383  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.79 
 
 
381 aa  318  7.999999999999999e-86  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1219  sigma54 specific transcriptional regulator  47.31 
 
 
336 aa  317  3e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1798  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  40.68 
 
 
434 aa  290  2e-77  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.665071 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5873  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.82 
 
 
484 aa  272  7e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.731232 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.41 
 
 
463 aa  245  9.999999999999999e-64  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1032  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.96 
 
 
461 aa  243  5e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  51.72 
 
 
458 aa  242  9e-63  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0853  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.67 
 
 
502 aa  240  4e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.62 
 
 
480 aa  239  5e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0437  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.56 
 
 
490 aa  238  1e-61  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2290  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.98 
 
 
456 aa  237  3e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1372  transcriptional regulator NifA  51.48 
 
 
593 aa  236  4e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1244  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  39.39 
 
 
545 aa  236  5.0000000000000005e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.771278 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1527  Nif-specific regulatory protein  39.39 
 
 
545 aa  236  5.0000000000000005e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  48.09 
 
 
542 aa  236  6e-61  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0776  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.72 
 
 
454 aa  235  7e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.89 
 
 
483 aa  235  1.0000000000000001e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  40.62 
 
 
466 aa  235  1.0000000000000001e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.28 
 
 
544 aa  234  1.0000000000000001e-60  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2629  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.89 
 
 
483 aa  234  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.14604  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.89 
 
 
485 aa  234  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  37.96 
 
 
549 aa  233  3e-60  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0127  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.85 
 
 
604 aa  232  7.000000000000001e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  49.6 
 
 
539 aa  232  8.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1570  transcriptional regulator NifA  52.36 
 
 
569 aa  232  8.000000000000001e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.840602  normal  0.572476 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.77 
 
 
544 aa  232  8.000000000000001e-60  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1445  transcriptional regulator NifA  51.93 
 
 
572 aa  231  1e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0161309 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4505  transcriptional regulatory protein ZraR  52.36 
 
 
441 aa  231  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.11324 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4385  transcriptional regulatory protein ZraR  52.36 
 
 
441 aa  231  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.712665 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4418  transcriptional regulatory protein ZraR  52.36 
 
 
441 aa  231  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.298897  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1920  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.66 
 
 
543 aa  231  2e-59  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0127788  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.49 
 
 
470 aa  230  2e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1656  sigma-54 activating ATPase  48.39 
 
 
386 aa  230  3e-59  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0864275  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50 
 
 
451 aa  230  4e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0274  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  49.01 
 
 
474 aa  229  4e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4581  transcriptional regulatory protein ZraR  51.93 
 
 
441 aa  229  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.17 
 
 
473 aa  230  4e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7728  transcriptional regulator NifA  39.89 
 
 
547 aa  229  4e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.47 
 
 
650 aa  230  4e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1919  Fis family transcriptional regulator  48.8 
 
 
545 aa  230  4e-59  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0077  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.45 
 
 
457 aa  229  5e-59  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  47.27 
 
 
537 aa  229  5e-59  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51000  Nif-specific sigma54-dependent transcriptional activator protein, NifA  47.72 
 
 
522 aa  229  6e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.519777  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0433  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.97 
 
 
472 aa  229  6e-59  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5933  NifA subfamily transcriptional regulator  40.27 
 
 
580 aa  229  7e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.088253  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.55 
 
 
454 aa  229  8e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2807  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.89 
 
 
466 aa  228  9e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.75933  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2915  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  39.15 
 
 
457 aa  228  1e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>