More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2113 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2113  alpha amylase, catalytic region  100 
 
 		 590 aa  1230    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01554  1,4-alpha-glucan branching enzyme  53.99 
 
 		 623 aa  618  1e-176  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0213  glycoside hydrolase family 13 domain protein  46.26 
 
 		 607 aa  556  1e-157  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000901025  normal  0.0389775 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2421  glycoside hydrolase family protein  47.06 
 
 		 593 aa  544  1e-153  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0413  glycoside hydrolase family 13 domain protein  43.88 
 
 		 637 aa  528  1e-149  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5116  putative 1,4-alpha-glucan branching enzyme  29.98 
 
 		 653 aa  214  3.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.203734 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2027  alpha amylase catalytic region  31.73 
 
 		 876 aa  214  3.9999999999999995e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.748072  normal  0.857591 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1127  glycoside hydrolase family 13 protein  29.92 
 
 		 648 aa  206  1e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.453988 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1434  1,4-alpha-glucan branching enzyme  28.1 
 
 		 631 aa  203  7e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.944975  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1374  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  31.39 
 
 		 577 aa  198  3e-49  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.816613  normal  0.363157 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2793  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  32.12 
 
 		 586 aa  197  4.0000000000000005e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000000584085  decreased coverage  0.00000363421 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10310  alpha-1,4-glucan:alpha-1,4-glucan 6-glycosyltransferase  28.6 
 
 		 748 aa  196  1e-48  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0840  glycogen branching enzyme  29.19 
 
 		 643 aa  196  1e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.049249 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0359  alpha amylase, catalytic region  28.53 
 
 		 827 aa  196  1e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0267919  normal  0.617485 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2453  1,4-alpha-glucan branching enzyme  29.82 
 
 		 841 aa  196  1e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5028  glycogen branching enzyme  29.04 
 
 		 645 aa  195  2e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4621  glycogen branching enzyme  29.04 
 
 		 637 aa  195  2e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3308  1,4-alpha-glucan branching enzyme  28.12 
 
 		 636 aa  195  2e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0744248 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4710  glycogen branching enzyme  28.86 
 
 		 645 aa  195  2e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0415  1,4-alpha-glucan branching enzyme  29.73 
 
 		 723 aa  195  2e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4761  glycogen branching enzyme  29.04 
 
 		 645 aa  194  3e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5123  glycogen branching enzyme  29.04 
 
 		 645 aa  194  3e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2805  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  30.75 
 
 		 561 aa  194  5e-48  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.244463  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4599  glycogen branching enzyme  28.99 
 
 		 645 aa  194  5e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4980  glycogen branching enzyme  28.99 
 
 		 645 aa  194  5e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0558  glycogen branching enzyme  29.09 
 
 		 680 aa  193  6e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0238  glycogen branching enzyme  29.17 
 
 		 645 aa  194  6e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0276021  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5009  glycogen branching enzyme  29.04 
 
 		 645 aa  193  6e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6075  1,4-alpha-glucan branching enzyme  28.8 
 
 		 822 aa  193  6e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5112  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  30.54 
 
 		 630 aa  193  8e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2358  isoamylase family protein  30.43 
 
 		 630 aa  192  1e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.330198  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0597  1,4-alpha-glucan branching enzyme  27.8 
 
 		 761 aa  192  2e-47  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.983775 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4999  glycogen branching enzyme  28.81 
 
 		 645 aa  192  2e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1817  glycogen branching enzyme  29.65 
 
 		 736 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.297047 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1636  glycogen branching enzyme  27.46 
 
 		 729 aa  192  2e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.310271  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1294  1,4-alpha-glucan branching enzyme  27.7 
 
 		 732 aa  191  2.9999999999999997e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2574  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  31.5 
 
 		 610 aa  191  4e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0923119  normal  0.935867 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1463  1,4-alpha-glucan branching enzyme  27.84 
 
 		 731 aa  191  4e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.433405  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3233  1,4-alpha-glucan branching enzyme  28.2 
 
 		 638 aa  191  5e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0239273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3657  glycogen branching enzyme  28.25 
 
 		 736 aa  190  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0888692  normal  0.0129978 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1809  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  30.48 
 
 		 618 aa  190  5.999999999999999e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1347  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  32.61 
 
 		 593 aa  190  5.999999999999999e-47  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3504  glycogen branching enzyme  29.17 
 
 		 645 aa  189  9e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5166  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  32.9 
 
 		 594 aa  189  1e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.155383  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5281  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  28.79 
 
 		 642 aa  189  1e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.64117 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2536  glycogen branching enzyme  29.92 
 
 		 743 aa  189  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.507075 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2285  glycogen branching enzyme  28.03 
 
 		 638 aa  189  2e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4095  1,4-alpha-glucan branching enzyme  27.95 
 
 		 659 aa  188  2e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0557741 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1279  alpha amylase catalytic region  30.23 
 
 		 560 aa  188  2e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1316  1,4-alpha-glucan branching enzyme  28.12 
 
 		 728 aa  188  2e-46  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1785  glycogen branching enzyme  29.02 
 
 		 736 aa  188  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.146996  normal  0.282857 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4621  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  28.9 
 
 		 608 aa  188  3e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00732341 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1302  alpha amylase catalytic region  30.56 
 
 		 541 aa  187  4e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.312205 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17070  alpha-1,4-glucan:alpha-1,4-glucan 6-glycosyltransferase  26.22 
 
 		 654 aa  186  8e-46  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4058  glycogen branching enzyme  28.85 
 
 		 736 aa  186  9e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2941  1,4-alpha-glucan branching enzyme  30.28 
 
 		 784 aa  186  9e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.595342  hitchhiker  0.00590873 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0999  glycogen branching enzyme  27.81 
 
 		 640 aa  186  9e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.970102  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0775  1,4-alpha-glucan branching enzyme  29.2 
 
 		 721 aa  186  9e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1428  glycoside hydrolase family protein  28.78 
 
 		 606 aa  186  1.0000000000000001e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2714  1,4-alpha-glucan branching enzyme  30.28 
 
 		 784 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.199051 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2403  1,4-alpha-glucan branching enzyme  27.04 
 
 		 659 aa  186  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4715  alpha amylase catalytic region  26.55 
 
 		 818 aa  186  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.717913 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03375  glycogen branching enzyme  28.82 
 
 		 728 aa  186  1.0000000000000001e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2353  1,4-alpha-glucan branching enzyme  27.04 
 
 		 659 aa  186  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1475  glycogen branching enzyme  28.6 
 
 		 740 aa  185  2.0000000000000003e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3075  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  32.33 
 
 		 583 aa  185  2.0000000000000003e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0126578 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1334  1,4-alpha-glucan branching enzyme  28.55 
 
 		 743 aa  185  2.0000000000000003e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3603  1,4-alpha-glucan branching enzyme  27.95 
 
 		 736 aa  185  2.0000000000000003e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.747738  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06491  glycogen branching enzyme  28.17 
 
 		 754 aa  185  2.0000000000000003e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.930927  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4362  1,4-alpha-glucan branching enzyme  27.56 
 
 		 654 aa  184  4.0000000000000006e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1168  glycogen branching enzyme  30.74 
 
 		 765 aa  184  4.0000000000000006e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.159491 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0958  glycogen branching enzyme  29.09 
 
 		 695 aa  184  4.0000000000000006e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.32011 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2165  glycogen branching enzyme  28.32 
 
 		 744 aa  184  5.0000000000000004e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3094  1,4-alpha-glucan branching enzyme  27.75 
 
 		 646 aa  183  6e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.302104  normal  0.0711873 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1559  glycogen branching enzyme  27.15 
 
 		 659 aa  183  6e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.018797  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2836  1,4-alpha-glucan branching enzyme  30.16 
 
 		 785 aa  183  7e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.573096  normal  0.13472 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3348  glycogen branching enzyme  28.62 
 
 		 735 aa  183  8.000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3692  alpha amylase catalytic region  28.36 
 
 		 551 aa  182  1e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0036  1,4-alpha-glucan branching enzyme  28.42 
 
 		 635 aa  182  2e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4479  glycoside hydrolase family protein  28.86 
 
 		 552 aa  182  2e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0151  1,4-alpha-glucan branching enzyme  29.27 
 
 		 639 aa  181  2e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.248482 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1518  glycogen branching enzyme  28.65 
 
 		 728 aa  182  2e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.39818 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2267  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  31.85 
 
 		 609 aa  182  2e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.767056 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0536  alpha amylase catalytic region  27.35 
 
 		 552 aa  182  2e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0863  glycogen branching enzyme  28.3 
 
 		 1240 aa  182  2e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2092  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  30.28 
 
 		 592 aa  181  2.9999999999999997e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3467  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  31.46 
 
 		 612 aa  181  2.9999999999999997e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1278  1,4-alpha-glucan branching enzyme  27.46 
 
 		 734 aa  181  2.9999999999999997e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11594  maltooligosyltrehalose trehalohydrolase treZ  34.96 
 
 		 580 aa  181  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0024442  normal  0.83191 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2349  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  28.55 
 
 		 614 aa  181  2.9999999999999997e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.249555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1806  glycogen branching enzyme  27.48 
 
 		 749 aa  181  2.9999999999999997e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03669  glycogen branching enzyme  28.62 
 
 		 727 aa  181  4e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0020  glycogen branching enzyme  25.67 
 
 		 755 aa  181  4.999999999999999e-44  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.663134  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19050  alpha-1,4-glucan:alpha-1,4-glucan 6-glycosyltransferase  26.92 
 
 		 732 aa  180  4.999999999999999e-44  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.217286  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3633  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  31.47 
 
 		 577 aa  180  5.999999999999999e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0818  1,4-alpha-glucan branching enzyme  28.01 
 
 		 674 aa  180  7e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0230422 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1049  glycogen branching enzyme  28.42 
 
 		 755 aa  180  8e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.145385  normal  0.795016 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06101  glycogen branching enzyme  26.91 
 
 		 754 aa  179  1e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2458  1,4-alpha-glucan branching enzyme  28.79 
 
 		 735 aa  179  1e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.106606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10681  glycogen branching enzyme  27.23 
 
 		 759 aa  179  1e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.134433  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>