More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2165 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010512  Bcenmc03_6086  glycogen branching enzyme  46.66 
 
 		 736 aa  679    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.133555  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03284  glycogen branching enzyme  49.17 
 
 		 728 aa  697    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0237204  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0282  1,4-alpha-glucan branching enzyme  49.17 
 
 		 728 aa  697    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.890555  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1597  1,4-alpha-glucan branching enzyme  48.06 
 
 		 760 aa  686    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.14436 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2745  glycogen branching enzyme  48.48 
 
 		 634 aa  638    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.225912  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1105  glycogen branching enzyme  49.76 
 
 		 748 aa  644    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.545328  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4058  glycogen branching enzyme  48.69 
 
 		 736 aa  706    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3632  glycogen branching enzyme  49.17 
 
 		 728 aa  697    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1475  glycogen branching enzyme  48.29 
 
 		 740 aa  692    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1104  1,4-alpha-glucan branching enzyme  50.21 
 
 		 729 aa  710    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0239  glycogen branching enzyme  46.51 
 
 		 775 aa  682    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0137851  normal  0.599627 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2740  glycogen branching enzyme  47 
 
 		 736 aa  674    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.296268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3840  glycogen branching enzyme  48.27 
 
 		 728 aa  684    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.933712 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1494  glycogen branching enzyme  66.49 
 
 		 746 aa  1046    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2762  1,4-alpha-glucan branching enzyme  49.17 
 
 		 741 aa  726    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.184347  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6323  glycogen branching enzyme  48.76 
 
 		 712 aa  688    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0125562  normal  0.86015 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3714  glycogen branching enzyme  49.17 
 
 		 728 aa  698    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.470927  normal  0.781278 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1785  glycogen branching enzyme  48.41 
 
 		 736 aa  704    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.146996  normal  0.282857 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4647  glycogen branching enzyme  48.46 
 
 		 728 aa  704    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.616835 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2491  glycogen branching enzyme  48 
 
 		 741 aa  715    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00781855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3657  glycogen branching enzyme  48.41 
 
 		 736 aa  704    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0888692  normal  0.0129978 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0582  glycogen branching enzyme  49.31 
 
 		 749 aa  677    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0020  glycogen branching enzyme  43.9 
 
 		 755 aa  642    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.663134  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4229  glycogen branching enzyme  49.46 
 
 		 750 aa  720    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1049  glycogen branching enzyme  48.36 
 
 		 755 aa  680    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.145385  normal  0.795016 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2058  glycogen branching enzyme  47.84 
 
 		 740 aa  691    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0222807  normal  0.370562 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1207  glycogen branching enzyme  48.62 
 
 		 716 aa  690    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1331  glycogen branching enzyme  66.89 
 
 		 743 aa  1062    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1111  glycogen branching enzyme  49.24 
 
 		 728 aa  713    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.827586  normal  0.454122 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4616  glycogen branching enzyme  43.34 
 
 		 764 aa  645    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.490681 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1737  glycogen branching enzyme  45.85 
 
 		 738 aa  661    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.304043  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0904  glycogen branching enzyme  47.41 
 
 		 749 aa  674    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.294253  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2536  glycogen branching enzyme  49.31 
 
 		 743 aa  718    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.507075 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2448  glycogen branching enzyme  49.1 
 
 		 728 aa  709    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7032  glycogen branching enzyme  46.93 
 
 		 735 aa  682    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.131595  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2714  1,4-alpha-glucan branching enzyme  48.82 
 
 		 784 aa  714    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.199051 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4118  glycogen branching enzyme  49.58 
 
 		 727 aa  691    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.595644 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06401  glycogen branching enzyme  43.76 
 
 		 755 aa  642    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.636304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5489  glycogen branching enzyme  47.27 
 
 		 732 aa  675    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.461102  decreased coverage  0.0000652942 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0511  glycogen branching enzyme  45.91 
 
 		 726 aa  649    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.971764  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1357  glycogen branching enzyme  66.89 
 
 		 743 aa  1063    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.513069 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0584  glycogen branching enzyme  42.88 
 
 		 754 aa  636    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1085  glycogen branching enzyme  43.48 
 
 		 774 aa  646    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000217496 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0717  glycogen branching enzyme  48.58 
 
 		 746 aa  694    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1566  glycogen branching enzyme  45.85 
 
 		 738 aa  661    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3153  glycogen branching enzyme  48.61 
 
 		 732 aa  690    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.252202  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2576  glycogen branching enzyme  50.9 
 
 		 740 aa  770    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.894399  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1543  glycogen branching enzyme  45.85 
 
 		 738 aa  661    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.408672  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0939  glycogen branching enzyme  48.01 
 
 		 834 aa  680    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3681  glycogen branching enzyme  48.14 
 
 		 812 aa  660    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.024212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1882  glycogen branching enzyme  49.45 
 
 		 716 aa  697    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.655867  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1658  glycogen branching enzyme  49.03 
 
 		 721 aa  703    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0104457  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3113  glycogen branching enzyme  49.68 
 
 		 638 aa  640    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6806  1,4-alpha-glucan branching enzyme  49.03 
 
 		 770 aa  725    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.606577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0987  glycogen branching enzyme  50.97 
 
 		 729 aa  749    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0160232 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3321  1,4-alpha-glucan branching enzyme  48.77 
 
 		 728 aa  711    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3680  glycogen branching enzyme  50.14 
 
 		 716 aa  706    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1367  glycogen branching enzyme  49.03 
 
 		 725 aa  694    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2191  1,4-alpha-glucan branching enzyme  48.21 
 
 		 737 aa  738    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2863  glycogen branching enzyme  47.86 
 
 		 736 aa  691    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3484  glycogen branching enzyme  49.86 
 
 		 716 aa  700    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0280  glycogen branching enzyme  49.17 
 
 		 728 aa  697    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.388281  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1464  glycogen branching enzyme  48.75 
 
 		 716 aa  682    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2293  glycogen branching enzyme  47.3 
 
 		 712 aa  687    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.467117  hitchhiker  0.000028583 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3960  1,4-alpha-glucan branching protein  43.68 
 
 		 763 aa  651    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.169565  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0542  1,4-alpha-glucan branching enzyme  50.56 
 
 		 732 aa  754    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.217591  normal  0.258391 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1332  glycogen branching enzyme  46.66 
 
 		 736 aa  679    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.802487  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1321  glycogen branching enzyme  66.62 
 
 		 743 aa  1060    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.975501  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0316  glycogen branching enzyme  51.11 
 
 		 722 aa  740    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1636  glycogen branching enzyme  45.6 
 
 		 729 aa  654    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.310271  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1316  1,4-alpha-glucan branching enzyme  48.48 
 
 		 728 aa  713    Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1783  glycogen branching enzyme  49.51 
 
 		 728 aa  700    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2677  glycogen branching enzyme  49.03 
 
 		 738 aa  725    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.810703  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1133  glycogen branching enzyme  47.95 
 
 		 725 aa  694    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0147  glycogen branching enzyme  50.51 
 
 		 727 aa  692    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1463  1,4-alpha-glucan branching enzyme  46.71 
 
 		 731 aa  654    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.433405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1294  1,4-alpha-glucan branching enzyme  49.37 
 
 		 732 aa  688    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0889  1,4-alpha-glucan branching enzyme  48.49 
 
 		 807 aa  718    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1817  glycogen branching enzyme  47.99 
 
 		 736 aa  699    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.297047 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2758  glycogen branching enzyme  66.49 
 
 		 745 aa  1042    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2836  glycogen branching enzyme  66.21 
 
 		 745 aa  1034    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0958  glycogen branching enzyme  48.41 
 
 		 695 aa  648    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.32011 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2165  glycogen branching enzyme  100 
 
 		 744 aa  1557    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5592  glycogen branching enzyme  46.66 
 
 		 733 aa  676    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36710  glycogen branching enzyme  48.61 
 
 		 732 aa  689    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.633943 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1168  glycogen branching enzyme  61.3 
 
 		 765 aa  973    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.159491 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0739  glycogen branching enzyme  50.23 
 
 		 1224 aa  673    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.345275  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6497  glycogen branching enzyme  46.66 
 
 		 736 aa  678    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10681  glycogen branching enzyme  43.49 
 
 		 759 aa  636    Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.134433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1392  glycogen branching enzyme  48.41 
 
 		 723 aa  676    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1518  glycogen branching enzyme  47.73 
 
 		 728 aa  687    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.39818 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2934  glycogen branching enzyme  66.49 
 
 		 745 aa  1035    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0676  glycogen branching enzyme  47.92 
 
 		 727 aa  661    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.214818  normal  0.407177 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1248  glycogen branching enzyme  65.39 
 
 		 745 aa  1030    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4428  glycogen branching enzyme  49.3 
 
 		 731 aa  704    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1806  glycogen branching enzyme  45.78 
 
 		 749 aa  645    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2453  1,4-alpha-glucan branching enzyme  60.53 
 
 		 841 aa  899    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4006  glycogen branching enzyme  50.65 
 
 		 727 aa  691    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2364  glycogen branching enzyme  44.01 
 
 		 771 aa  635    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.056819 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3911  glycogen branching enzyme  49.17 
 
 		 728 aa  697    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>