More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2293 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009091  P9301_06101  glycogen branching enzyme  44.44 
 
 		 754 aa  655    Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03284  glycogen branching enzyme  52.33 
 
 		 728 aa  737    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0237204  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0282  1,4-alpha-glucan branching enzyme  52.33 
 
 		 728 aa  737    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.890555  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1294  1,4-alpha-glucan branching enzyme  50.99 
 
 		 732 aa  703    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06401  glycogen branching enzyme  46.81 
 
 		 755 aa  689    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.636304  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4058  glycogen branching enzyme  65.74 
 
 		 736 aa  964    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1566  glycogen branching enzyme  57.02 
 
 		 738 aa  798    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1475  glycogen branching enzyme  50.91 
 
 		 740 aa  710    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0239  glycogen branching enzyme  60.27 
 
 		 775 aa  833    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0137851  normal  0.599627 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2936  1,4-alpha-glucan branching enzyme  60.7 
 
 		 721 aa  823    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3840  glycogen branching enzyme  51.69 
 
 		 728 aa  724    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.933712 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1494  glycogen branching enzyme  49.31 
 
 		 746 aa  716    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2762  1,4-alpha-glucan branching enzyme  66.34 
 
 		 741 aa  964    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.184347  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1785  glycogen branching enzyme  65.32 
 
 		 736 aa  959    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.146996  normal  0.282857 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2745  glycogen branching enzyme  49.6 
 
 		 634 aa  643    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.225912  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2293  glycogen branching enzyme  100 
 
 		 712 aa  1449    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.467117  hitchhiker  0.000028583 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0117  glycogen branching enzyme  48.54 
 
 		 729 aa  663    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1168  glycogen branching enzyme  51.52 
 
 		 765 aa  724    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.159491 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2491  glycogen branching enzyme  65.92 
 
 		 741 aa  966    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00781855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0586  glycogen branching enzyme  53.48 
 
 		 621 aa  636    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.994531 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0582  glycogen branching enzyme  51.42 
 
 		 749 aa  686    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0020  glycogen branching enzyme  46.68 
 
 		 755 aa  690    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.663134  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4229  glycogen branching enzyme  59.92 
 
 		 750 aa  808    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1111  glycogen branching enzyme  57.98 
 
 		 728 aa  811    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.827586  normal  0.454122 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2058  glycogen branching enzyme  54.31 
 
 		 740 aa  753    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0222807  normal  0.370562 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1207  glycogen branching enzyme  56.04 
 
 		 716 aa  768    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06491  glycogen branching enzyme  45.33 
 
 		 754 aa  665    Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.930927  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4616  glycogen branching enzyme  47.64 
 
 		 764 aa  672    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.490681 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1737  glycogen branching enzyme  57.02 
 
 		 738 aa  798    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.304043  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0904  glycogen branching enzyme  52.37 
 
 		 749 aa  728    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.294253  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2536  glycogen branching enzyme  66.67 
 
 		 743 aa  974    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.507075 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1331  glycogen branching enzyme  49.17 
 
 		 743 aa  708    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2448  glycogen branching enzyme  57.7 
 
 		 728 aa  805    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7032  glycogen branching enzyme  57.06 
 
 		 735 aa  804    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.131595  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0919  glycogen branching enzyme  47.7 
 
 		 764 aa  676    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.144042  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1018  glycogen branching enzyme  47.76 
 
 		 765 aa  682    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.650452  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3960  1,4-alpha-glucan branching protein  47.77 
 
 		 763 aa  674    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.169565  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0511  glycogen branching enzyme  50.42 
 
 		 726 aa  689    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.971764  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1248  glycogen branching enzyme  49.93 
 
 		 745 aa  716    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0584  glycogen branching enzyme  44.72 
 
 		 754 aa  656    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1085  glycogen branching enzyme  49.13 
 
 		 774 aa  687    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000217496 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0717  glycogen branching enzyme  52.75 
 
 		 746 aa  709    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2191  1,4-alpha-glucan branching enzyme  49.03 
 
 		 737 aa  718    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18371  glycogen branching enzyme  48.71 
 
 		 756 aa  681    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.801014 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2576  glycogen branching enzyme  56.55 
 
 		 740 aa  798    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.894399  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1265  glycogen branching enzyme  50.63 
 
 		 642 aa  635    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.24267  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0939  glycogen branching enzyme  56.51 
 
 		 834 aa  757    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6323  glycogen branching enzyme  54.34 
 
 		 712 aa  740    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0125562  normal  0.86015 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3681  glycogen branching enzyme  51.8 
 
 		 812 aa  698    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.024212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1882  glycogen branching enzyme  54.6 
 
 		 716 aa  746    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.655867  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1658  glycogen branching enzyme  54.06 
 
 		 721 aa  732    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0104457  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3113  glycogen branching enzyme  53.01 
 
 		 638 aa  652    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2162  glycogen branching enzyme  53.56 
 
 		 625 aa  650    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.750455  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0987  glycogen branching enzyme  53.07 
 
 		 729 aa  776    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0160232 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2343  glycogen branching enzyme  47.93 
 
 		 741 aa  648    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.146745 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3680  glycogen branching enzyme  55.16 
 
 		 716 aa  756    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1367  glycogen branching enzyme  50.49 
 
 		 725 aa  680    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2863  glycogen branching enzyme  59.75 
 
 		 736 aa  840    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3484  glycogen branching enzyme  54.01 
 
 		 716 aa  741    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06401  glycogen branching enzyme  44.85 
 
 		 754 aa  655    Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.556362  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1464  glycogen branching enzyme  56.21 
 
 		 716 aa  755    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1104  1,4-alpha-glucan branching enzyme  56.75 
 
 		 729 aa  800    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3153  glycogen branching enzyme  70.21 
 
 		 732 aa  1010    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.252202  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1332  glycogen branching enzyme  56.84 
 
 		 736 aa  802    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.802487  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3861  glycogen branching enzyme  47.79 
 
 		 759 aa  659    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0316  glycogen branching enzyme  58.64 
 
 		 722 aa  804    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1636  glycogen branching enzyme  46.33 
 
 		 729 aa  660    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.310271  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1543  glycogen branching enzyme  57.26 
 
 		 738 aa  801    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.408672  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1321  glycogen branching enzyme  49.17 
 
 		 743 aa  708    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.975501  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2677  glycogen branching enzyme  57.43 
 
 		 738 aa  801    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.810703  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1783  glycogen branching enzyme  58.54 
 
 		 728 aa  802    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1463  1,4-alpha-glucan branching enzyme  46.72 
 
 		 731 aa  657    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.433405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2740  glycogen branching enzyme  54.79 
 
 		 736 aa  740    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.296268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11358  glycogen branching enzyme  49.31 
 
 		 731 aa  660    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000136152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0889  1,4-alpha-glucan branching enzyme  50.14 
 
 		 807 aa  752    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1837  glycogen branching enzyme  45.43 
 
 		 776 aa  649    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2758  glycogen branching enzyme  48.75 
 
 		 745 aa  702    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2836  glycogen branching enzyme  48.89 
 
 		 745 aa  702    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0958  glycogen branching enzyme  54.73 
 
 		 695 aa  701    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.32011 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2165  glycogen branching enzyme  47.3 
 
 		 744 aa  687    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5592  glycogen branching enzyme  57.64 
 
 		 733 aa  807    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1105  glycogen branching enzyme  53.26 
 
 		 748 aa  701    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.545328  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36710  glycogen branching enzyme  69.93 
 
 		 732 aa  1009    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.633943 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3847  glycogen branching enzyme  48.07 
 
 		 759 aa  662    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0235209 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0739  glycogen branching enzyme  53.06 
 
 		 1224 aa  692    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.345275  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6497  glycogen branching enzyme  56.84 
 
 		 736 aa  802    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1133  glycogen branching enzyme  57 
 
 		 725 aa  772    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3451  glycogen branching enzyme  51.52 
 
 		 642 aa  641    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000151331 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1392  glycogen branching enzyme  51.33 
 
 		 723 aa  699    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1518  glycogen branching enzyme  51.19 
 
 		 728 aa  701    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.39818 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2934  glycogen branching enzyme  48.89 
 
 		 745 aa  696    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0676  glycogen branching enzyme  50.35 
 
 		 727 aa  688    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.214818  normal  0.407177 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4428  glycogen branching enzyme  54.28 
 
 		 731 aa  755    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1806  glycogen branching enzyme  51.81 
 
 		 749 aa  701    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2453  1,4-alpha-glucan branching enzyme  52.1 
 
 		 841 aa  729    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3935  glycogen branching enzyme  47.79 
 
 		 759 aa  659    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.277318 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3070  1,4-alpha-glucan branching enzyme  53.53 
 
 		 1217 aa  644    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.34783  normal  0.34128 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4302  glycogen branching enzyme  49.17 
 
 		 737 aa  655    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1434  1,4-alpha-glucan branching enzyme  52.79 
 
 		 631 aa  661    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.944975  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0999  glycogen branching enzyme  54.41 
 
 		 640 aa  657    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.970102  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>