More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3956 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3956  membrane protein, PerM family  100 
 
 		 356 aa  689    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1545  hypothetical protein  96.91 
 
 		 356 aa  621  1e-177  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0842476  normal  0.0322858 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1368  hypothetical protein  85.11 
 
 		 356 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.140137  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1234  hypothetical protein  82.58 
 
 		 356 aa  518  1e-146  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.946074 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1264  hypothetical protein  82.58 
 
 		 356 aa  518  1e-146  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.833636 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4184  hypothetical protein  82.58 
 
 		 356 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1660  hypothetical protein  76.9 
 
 		 356 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3978  hypothetical protein  82.58 
 
 		 356 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4390  hypothetical protein  73.5 
 
 		 357 aa  462  1e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51300  hypothetical protein  72.73 
 
 		 357 aa  457  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000068395 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2574  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.82 
 
 		 356 aa  362  6e-99  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0823  protein of unknown function UPF0118  51.72 
 
 		 358 aa  357  9.999999999999999e-98  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.74505  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0190  hypothetical protein  52.87 
 
 		 356 aa  354  1e-96  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2818  hypothetical protein  55.06 
 
 		 363 aa  347  2e-94  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1693  hypothetical protein  55.49 
 
 		 358 aa  345  8e-94  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.561325  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2482  hypothetical protein  54.78 
 
 		 359 aa  339  4e-92  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1990  protein of unknown function UPF0118  49.86 
 
 		 372 aa  335  5e-91  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002790  permease PerM  50.14 
 
 		 357 aa  335  5e-91  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2087  hypothetical protein  49.57 
 
 		 353 aa  333  4e-90  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.257402  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0259  protein of unknown function UPF0118  50.43 
 
 		 356 aa  329  4e-89  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1742  putative permease PerM  52.27 
 
 		 354 aa  324  1e-87  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2006  hypothetical protein  46.05 
 
 		 363 aa  323  2e-87  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000247505  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1003  permease  49.29 
 
 		 350 aa  322  5e-87  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0492002  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03191  hypothetical protein  50.99 
 
 		 356 aa  322  8e-87  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2201  hypothetical protein  47.7 
 
 		 365 aa  320  3e-86  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000750597  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1408  hypothetical protein  50.14 
 
 		 372 aa  319  6e-86  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.285024  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3187  putative permease  50.72 
 
 		 357 aa  309  5e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.295884  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1911  hypothetical protein  49.72 
 
 		 372 aa  305  6e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.24805  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2382  membrane protein  48.42 
 
 		 355 aa  305  1.0000000000000001e-81  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2861  permease PerM  46.18 
 
 		 362 aa  303  4.0000000000000003e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2730  permease PerM  46.18 
 
 		 362 aa  303  4.0000000000000003e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.659097  normal  0.956035 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2640  permease PerM  46.18 
 
 		 355 aa  302  4.0000000000000003e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.419277  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0662  permease, putative  52.77 
 
 		 362 aa  302  5.000000000000001e-81  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.531977  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2752  permease PerM  46.15 
 
 		 362 aa  302  5.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2688  permease PerM  46.18 
 
 		 355 aa  301  8.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1973  hypothetical protein  46.96 
 
 		 369 aa  301  2e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0953876  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02385  predicted inner membrane protein  45.85 
 
 		 353 aa  297  2e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0762767  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1176  protein of unknown function UPF0118  45.85 
 
 		 353 aa  297  2e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.412561  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1183  hypothetical protein  45.85 
 
 		 353 aa  297  2e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0538168 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2640  PerM family permease  45.85 
 
 		 353 aa  297  2e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2867  putative permease, PerM family  45.85 
 
 		 353 aa  297  2e-79  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.697689  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02347  hypothetical protein  45.85 
 
 		 353 aa  297  2e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.106827  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3715  putative permease, PerM family  45.85 
 
 		 353 aa  297  2e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2627  PerM family permease  45.85 
 
 		 353 aa  297  2e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2775  PerM family permease  45.85 
 
 		 353 aa  297  2e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0215248  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3512  hypothetical protein  46.26 
 
 		 356 aa  292  6e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.293962  normal  0.922433 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3128  putative permease PerM  47.41 
 
 		 354 aa  291  9e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00611871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1240  putative permease PerM  47.41 
 
 		 354 aa  291  9e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00935863  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1357  hypothetical protein  47.41 
 
 		 354 aa  291  9e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02140  putative permease  47.74 
 
 		 357 aa  290  3e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0913386  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1495  protein of unknown function UPF0118  46.57 
 
 		 354 aa  289  4e-77  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0496073  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1649  hypothetical protein  45.98 
 
 		 360 aa  289  6e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.673436  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0928  permease  45.74 
 
 		 361 aa  288  9e-77  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.335153 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2481  hypothetical protein  49.28 
 
 		 356 aa  288  1e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.691389  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2171  hypothetical protein  46.72 
 
 		 366 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.655201  normal  0.719413 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1757  hypothetical protein  46.8 
 
 		 360 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.805933  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2345  hypothetical protein  48.01 
 
 		 366 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000000997744 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2977  hypothetical protein  47.4 
 
 		 353 aa  283  5.000000000000001e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.283703 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1651  hypothetical protein  48.01 
 
 		 366 aa  282  6.000000000000001e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2417  hypothetical protein  47.01 
 
 		 366 aa  281  1e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.798484  hitchhiker  0.00111788 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1843  hypothetical protein  46.65 
 
 		 366 aa  280  3e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.633644  normal  0.110752 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2867  permease PerM, putative  47.04 
 
 		 361 aa  276  3e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1829  hypothetical protein  44.38 
 
 		 360 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.2453  normal  0.256539 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2435  hypothetical protein  47.09 
 
 		 361 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0011748 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1785  hypothetical protein  44.38 
 
 		 360 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.539102  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1792  hypothetical protein  44.38 
 
 		 360 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2493  protein of unknown function UPF0118  44.38 
 
 		 360 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.544644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1697  hypothetical protein  45.86 
 
 		 360 aa  268  2e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.588209  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0764  hypothetical protein  49.27 
 
 		 363 aa  249  5e-65  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0660  riboflavin transporter  49.27 
 
 		 363 aa  249  5e-65  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3470  hypothetical protein  35.56 
 
 		 362 aa  169  9e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3687  hypothetical protein  34.52 
 
 		 357 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000304887 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1635  hypothetical protein  33.91 
 
 		 357 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.546399  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1347  permease  26.17 
 
 		 393 aa  123  4e-27  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0428205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0492  hypothetical protein  31.39 
 
 		 374 aa  123  6e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2027  protein of unknown function UPF0118  27.6 
 
 		 354 aa  121  1.9999999999999998e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.294883  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1702  permease, putative  33.33 
 
 		 357 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.303674  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1448  hypothetical protein  25.08 
 
 		 402 aa  119  6e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000360654  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1420  hypothetical protein  25.08 
 
 		 402 aa  119  6e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0644646  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2994  hypothetical protein  33.76 
 
 		 360 aa  119  9e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00687092 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1667  hypothetical protein  33.24 
 
 		 357 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.629251 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0779  Lipocalin-related protein and Bos/Can/Equ allergen  30.19 
 
 		 375 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.770407  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1265  hypothetical protein  33.43 
 
 		 357 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0876555 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2435  hypothetical protein  30.19 
 
 		 358 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0853714  normal  0.0537169 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4051  hypothetical protein  33.72 
 
 		 354 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1330  protein of unknown function UPF0118  25.93 
 
 		 351 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0768  hypothetical protein  26.1 
 
 		 343 aa  114  3e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.011294  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0632  hypothetical protein  31.13 
 
 		 348 aa  113  5e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000226632  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2065  hypothetical protein  30.42 
 
 		 370 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.76219  normal  0.0900338 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2339  protein of unknown function UPF0118  30.42 
 
 		 370 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2774  hypothetical protein  29.62 
 
 		 348 aa  110  3e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0633  hypothetical protein  28.43 
 
 		 348 aa  109  7.000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0451762  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1995  hypothetical protein  24.92 
 
 		 361 aa  107  2e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0255666  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0400  hypothetical protein  30.19 
 
 		 357 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0793  hypothetical protein  29.06 
 
 		 379 aa  107  3e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.114477  normal  0.678459 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0929  hypothetical protein  24.29 
 
 		 405 aa  107  3e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2899  hypothetical protein  25.82 
 
 		 344 aa  106  6e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0256984  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1235  protein of unknown function UPF0118  27.82 
 
 		 354 aa  105  9e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2025  protein of unknown function UPF0118  30.74 
 
 		 370 aa  105  9e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.653838 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2922  protein of unknown function UPF0118  26.46 
 
 		 357 aa  105  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.512956  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>