127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2330 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2330  response regulator  100 
 
 		 130 aa  257  4e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.26082  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2115  response regulator receiver  82.81 
 
 		 130 aa  213  5e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.223549 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1483  response regulator/EAL domain protein  37.4 
 
 		 429 aa  70.9  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0483  cyclic-di-GMP regulatory protein  33.07 
 
 		 406 aa  69.3  0.00000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1293  EAL:response regulator receiver  36.29 
 
 		 453 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.532656  normal  0.518355 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2139  CheY-like chemotaxis protein, response regulator receiver  28.57 
 
 		 155 aa  60.5  0.000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.109074  normal  0.326223 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0908  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  31.45 
 
 		 405 aa  55.5  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3039  diguanylate phosphodiesterase  30.89 
 
 		 395 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0303288  normal  0.300283 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1309  response regulator receiver domain-containing protein  27.27 
 
 		 209 aa  51.2  0.000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106598 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4002  putative two-component response regulator  31.54 
 
 		 404 aa  51.6  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.490249  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2469  response regulator receiver/diguanylate phosphodiesterase  27.69 
 
 		 407 aa  51.2  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.456711  normal  0.0660939 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3209  response regulator receiver protein  32.58 
 
 		 122 aa  51.2  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.770272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2580  putative diguanylate phosphodiesterase  23.14 
 
 		 413 aa  49.7  0.00001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.465232 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3750  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  30.16 
 
 		 397 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0119  PAS sensor protein  35.04 
 
 		 1561 aa  48.1  0.00004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2289  response regulator receiver protein  32.03 
 
 		 135 aa  48.1  0.00004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4347  two component LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 218 aa  47.8  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.705126 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4343  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.53 
 
 		 759 aa  47  0.00008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.77937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1179  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 457 aa  47.4  0.00008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.655382  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1960  response regulator transcription factor  28.21 
 
 		 471 aa  47  0.00009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0374  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.71 
 
 		 218 aa  47  0.00009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2707  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.78 
 
 		 776 aa  46.2  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2932  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  29.23 
 
 		 394 aa  45.8  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000651793  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1062  response regulator receiver protein  28.46 
 
 		 120 aa  45.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.58489  hitchhiker  0.0000344775 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2639  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.13 
 
 		 817 aa  45.4  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1339  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.49 
 
 		 931 aa  45.1  0.0003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1754  histidine kinase  29.23 
 
 		 1407 aa  45.1  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3257  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  33.05 
 
 		 358 aa  45.4  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3072  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.25 
 
 		 689 aa  45.1  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0145505 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0737  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  29.51 
 
 		 406 aa  45.4  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0972  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.72 
 
 		 994 aa  44.7  0.0004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.172335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1555  response regulator receiver/diguanylate phosphodiesterase  25.21 
 
 		 412 aa  44.7  0.0004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4590  two component LuxR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 258 aa  45.1  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.038066 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.68 
 
 		 1036 aa  45.1  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.705021 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2580  response regulator receiver domain-containing protein  37.5 
 
 		 150 aa  44.3  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.102517 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3362  PAS sensor protein  31.01 
 
 		 678 aa  44.3  0.0005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3531  response regulator receiver protein  32.86 
 
 		 159 aa  44.7  0.0005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5991  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.4 
 
 		 642 aa  44.3  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4295  response regulator receiver protein  31.2 
 
 		 124 aa  44.3  0.0006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4273  response regulator receiver protein  31.2 
 
 		 124 aa  44.3  0.0006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1229  hybrid sensory histidine kinase TorS  38.89 
 
 		 904 aa  44.3  0.0006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0346249  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3211  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.2 
 
 		 394 aa  43.9  0.0007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6598  response regulator receiver protein  34.82 
 
 		 122 aa  43.9  0.0007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0263146  normal  0.165096 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4142  response regulator receiver domain-containing protein  31.2 
 
 		 124 aa  43.9  0.0008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.996905  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.48 
 
 		 900 aa  43.5  0.0009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.269875  normal  0.342346 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06170  sensory transduction protein kinase  24.17 
 
 		 380 aa  43.5  0.0009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0574  LuxR family DNA-binding response regulator  33.33 
 
 		 258 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3350  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  31.2 
 
 		 923 aa  43.5  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.634179 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2551  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  29.27 
 
 		 396 aa  43.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.14529e-19 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0751  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 485 aa  43.5  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0880271  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4906  response regulator receiver  40.79 
 
 		 205 aa  43.5  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.275081  normal  0.875639 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_1394  predicted protein  28.43 
 
 		 550 aa  43.1  0.001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.191003 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0613  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 258 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0682847  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1642  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.68 
 
 		 1131 aa  42.7  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0330659  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0013  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.78 
 
 		 241 aa  43.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.349161 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2169  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.37 
 
 		 1148 aa  43.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1662  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  29.27 
 
 		 396 aa  43.5  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0640  two component LuxR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 269 aa  42.4  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4180  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.62 
 
 		 657 aa  42.7  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0157583  normal  0.971406 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0159  response regulator receiver domain-containing protein  33.33 
 
 		 128 aa  42.4  0.002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0749254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2738  response regulator receiver domain-containing protein  28.57 
 
 		 194 aa  42.4  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000186206  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4889  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.48 
 
 		 720 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59790  two component response regulator  28.91 
 
 		 399 aa  42.7  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000119799  hitchhiker  4.43105e-18 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2265  histidine kinase  37.5 
 
 		 559 aa  42.4  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.592554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1023  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  28.74 
 
 		 399 aa  42.4  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0438319 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2941  putative PAS/PAC sensor protein  30.4 
 
 		 1169 aa  42.4  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.725686  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3564  response regulator receiver protein  28.03 
 
 		 122 aa  42.4  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0923704 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2131  hybrid sensory histidine kinase TorS  37.5 
 
 		 900 aa  42.4  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2108  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.67 
 
 		 1014 aa  42.4  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.659699  normal  0.848073 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2321  hybrid sensory histidine kinase TorS  37.5 
 
 		 914 aa  42.4  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00396933  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1796  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.92 
 
 		 871 aa  42  0.003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000183002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1549  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.27 
 
 		 823 aa  41.6  0.003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.11093  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1643  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.17 
 
 		 633 aa  42  0.003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.231435  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1020  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  26.79 
 
 		 399 aa  42  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1110  hybrid sensory histidine kinase TorS  37.5 
 
 		 914 aa  42  0.003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00372691  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3079  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  25.2 
 
 		 403 aa  42  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.713986  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2602  hybrid sensory histidine kinase TorS  37.5 
 
 		 904 aa  42  0.003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.417001 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2364  response regulator receiver protein  28.95 
 
 		 806 aa  41.6  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8084  response regulator receiver protein  30.36 
 
 		 124 aa  41.6  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1424  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.52 
 
 		 1050 aa  41.2  0.004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.4662  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0812  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 453 aa  41.2  0.004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0257022  hitchhiker  0.00000328811 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3767  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  31.58 
 
 		 587 aa  41.6  0.004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.634012  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4963  two-component sensor response receiver component, histidine kinase  31.54 
 
 		 1122 aa  41.2  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.341676 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2082  histidine kinase  32.93 
 
 		 714 aa  41.6  0.004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1142  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.16 
 
 		 227 aa  41.6  0.004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3016  two component response regulator  30.47 
 
 		 399 aa  41.6  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2110  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.92 
 
 		 789 aa  41.2  0.004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.377648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2267  putative PAS/PAC sensor protein  28 
 
 		 576 aa  41.2  0.004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0262742  normal  0.128517 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5218  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.45 
 
 		 580 aa  41.6  0.004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0126538 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3603  response regulator receiver protein  27.56 
 
 		 131 aa  41.6  0.004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.656399  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34990  integral membrane hybrid histidine protein kinase  37.1 
 
 		 914 aa  40.8  0.005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4230  two component transcriptional regulator  36.78 
 
 		 226 aa  41.2  0.005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.285059  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2483  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.71 
 
 		 1071 aa  41.2  0.005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4296  two component transcriptional regulator  36.78 
 
 		 226 aa  41.2  0.005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0135013  normal  0.794825 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4608  two component transcriptional regulator  36.78 
 
 		 226 aa  41.2  0.005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3779  hypothetical protein  30.53 
 
 		 159 aa  41.2  0.005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5422  histidine kinase  32.17 
 
 		 685 aa  41.2  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0504919 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0967  response regulator receiver protein  35.8 
 
 		 145 aa  40.8  0.006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.646893 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3527  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.86 
 
 		 839 aa  40.8  0.006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.064663 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2764  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.4 
 
 		 1275 aa  40.8  0.006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0647988  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>