286 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4672 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1987  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  63.02 
 
 		 676 aa  746    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000228018  normal  0.266094 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4672  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  100 
 
 		 691 aa  1375    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.156704 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0778  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  72.81 
 
 		 697 aa  941    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51700  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  65.89 
 
 		 703 aa  786    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.851543  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0682  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  72.81 
 
 		 697 aa  954    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0690  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  71.26 
 
 		 702 aa  923    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55660  exodeoxyribonuclease V alpha chain  67.8 
 
 		 721 aa  802    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4850  exodeoxyribonuclease V alpha chain  67.69 
 
 		 720 aa  805    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.61173  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4670  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  94.5 
 
 		 691 aa  1261    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0281806 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4536  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  99.13 
 
 		 691 aa  1362    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.636293  normal  0.640936 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0762  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  90.45 
 
 		 691 aa  1206    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.089759 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2026  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  54.4 
 
 		 681 aa  585  1.0000000000000001e-165  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0805  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  52.94 
 
 		 703 aa  560  1e-158  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.983579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0010  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  48.81 
 
 		 750 aa  553  1e-156  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1623  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  50.66 
 
 		 679 aa  524  1e-147  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.127673  normal  0.170261 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1269  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  51.39 
 
 		 680 aa  512  1e-143  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1170  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  51.33 
 
 		 655 aa  508  9.999999999999999e-143  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.768019  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4567  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  47.48 
 
 		 708 aa  463  1e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1847  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  47.62 
 
 		 683 aa  443  1e-123  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.401727  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3813  exonuclease V subunit alpha  46.78 
 
 		 621 aa  434  1e-120  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.752384  hitchhiker  0.00686322 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2548  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  44.08 
 
 		 650 aa  429  1e-118  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.975526 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2933  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  44.08 
 
 		 646 aa  429  1e-118  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.238613  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0522  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  45.99 
 
 		 735 aa  424  1e-117  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.496827  hitchhiker  0.000245551 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1778  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  46.08 
 
 		 739 aa  420  1e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000685942 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4084  exonuclease V subunit alpha  44.24 
 
 		 608 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02667  exonuclease V (RecBCD complex), alpha chain  44.24 
 
 		 608 aa  415  1e-114  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.690529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0872  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  44.09 
 
 		 608 aa  414  1e-114  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.938405  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3319  exonuclease V subunit alpha  45.02 
 
 		 611 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.940485 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02628  hypothetical protein  44.24 
 
 		 608 aa  415  1e-114  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.627808  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2966  exonuclease V subunit alpha  43.94 
 
 		 608 aa  414  1e-114  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1892  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  41.27 
 
 		 594 aa  413  1e-114  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.087164  hitchhiker  0.00000000000433292 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3231  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  43.4 
 
 		 639 aa  415  1e-114  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00025834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2965  exonuclease V subunit alpha  43.94 
 
 		 608 aa  412  1e-114  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3156  exonuclease V subunit alpha  45.04 
 
 		 611 aa  413  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3139  exonuclease V subunit alpha  44.09 
 
 		 608 aa  414  1e-114  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3043  exonuclease V subunit alpha  44.09 
 
 		 608 aa  414  1e-114  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.225396  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0896  exonuclease V subunit alpha  44.09 
 
 		 608 aa  414  1e-114  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.367719  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3205  exonuclease V subunit alpha  45.04 
 
 		 611 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3139  exonuclease V subunit alpha  45.04 
 
 		 611 aa  412  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3219  exonuclease V subunit alpha  45.04 
 
 		 611 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3262  exonuclease V subunit alpha  44.05 
 
 		 607 aa  410  1e-113  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002686  exodeoxyribonuclease V alpha chain  39.81 
 
 		 715 aa  408  1.0000000000000001e-112  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0915  exonuclease V subunit alpha  45.78 
 
 		 619 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.718919  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3230  exonuclease V subunit alpha  42.78 
 
 		 652 aa  405  1e-111  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.91996 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03300  hypothetical protein  40.03 
 
 		 725 aa  403  1e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0992  exonuclease V subunit alpha  42.61 
 
 		 657 aa  403  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0323  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  42.81 
 
 		 599 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1980  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  41.77 
 
 		 714 aa  400  9.999999999999999e-111  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1044  exonuclease V subunit alpha  42.61 
 
 		 657 aa  401  9.999999999999999e-111  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0682  exodeoxyribonuclease V alpha chain  41.49 
 
 		 674 aa  400  9.999999999999999e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.163912  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3388  exonuclease V subunit alpha  45.11 
 
 		 618 aa  395  1e-108  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1535  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  41.6 
 
 		 595 aa  383  1e-105  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.559097  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0343  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  42.15 
 
 		 599 aa  384  1e-105  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0578  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  41.86 
 
 		 601 aa  380  1e-104  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3006  exonuclease V subunit alpha  43.31 
 
 		 616 aa  380  1e-104  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2150  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  41.08 
 
 		 604 aa  377  1e-103  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00157683  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1903  exodeoxyribonuclease V, 67 kDa subunit  39.92 
 
 		 706 aa  365  1e-99  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2421  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.81 
 
 		 664 aa  358  1.9999999999999998e-97  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1400  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  41.5 
 
 		 581 aa  357  2.9999999999999997e-97  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2131  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.86 
 
 		 662 aa  351  2e-95  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2292  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.03 
 
 		 740 aa  352  2e-95  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.615762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1358  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  40.03 
 
 		 588 aa  350  6e-95  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2046  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.11 
 
 		 739 aa  350  6e-95  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.591294  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2093  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.87 
 
 		 740 aa  349  1e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2643  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.6 
 
 		 682 aa  349  1e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.108895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1056  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.91 
 
 		 609 aa  348  2e-94  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.923429  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1460  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.93 
 
 		 698 aa  346  7e-94  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1432  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.56 
 
 		 576 aa  346  8.999999999999999e-94  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00407883  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2247  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.86 
 
 		 701 aa  345  1e-93  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.271795 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4566  hypothetical protein  38.63 
 
 		 739 aa  344  2.9999999999999997e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1851  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.89 
 
 		 710 aa  344  2.9999999999999997e-93  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2280  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.63 
 
 		 739 aa  344  2.9999999999999997e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2147  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  40.08 
 
 		 712 aa  343  5e-93  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2112  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.67 
 
 		 686 aa  341  2e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1773  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.44 
 
 		 706 aa  340  4e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1902  exodeoxyribonuclease V  39.13 
 
 		 631 aa  340  4e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0692  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  43.06 
 
 		 603 aa  330  7e-89  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1935  exodeoxyribonuclease V  38.46 
 
 		 683 aa  328  2.0000000000000001e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.280429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1758  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.62 
 
 		 737 aa  323  5e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2535  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.92 
 
 		 687 aa  322  9.999999999999999e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0371  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  42.2 
 
 		 588 aa  320  3.9999999999999996e-86  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.219276  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0770  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  40.16 
 
 		 579 aa  311  2e-83  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0335755  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2169  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.58 
 
 		 601 aa  300  5e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.613998  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2767  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.79 
 
 		 769 aa  298  2e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0928  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.53 
 
 		 674 aa  289  1e-76  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2837  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.45 
 
 		 704 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1747  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.37 
 
 		 672 aa  284  4.0000000000000003e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.397917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0547  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.25 
 
 		 619 aa  282  2e-74  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.607405  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0998  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.9 
 
 		 586 aa  273  6e-72  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.502416 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1615  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.66 
 
 		 695 aa  262  2e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.481167 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2353  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  41.69 
 
 		 767 aa  262  2e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0897  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.91 
 
 		 580 aa  254  5.000000000000001e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0914  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.91 
 
 		 580 aa  254  5.000000000000001e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1292  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.36 
 
 		 731 aa  253  7e-66  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.255394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0903  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.07 
 
 		 580 aa  251  3e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0479062 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1126  exonuclease V, alpha subunit  31.25 
 
 		 734 aa  250  8e-65  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00308131  normal  0.011484 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3374  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.9 
 
 		 616 aa  249  2e-64  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.860557 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1211  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.93 
 
 		 787 aa  246  9.999999999999999e-64  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.53406  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1208  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.98 
 
 		 551 aa  241  2.9999999999999997e-62  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2430  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.9 
 
 		 647 aa  239  1e-61  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.869931  hitchhiker  0.00100057 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>