74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0681 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_0909  hypothetical protein  96.05 
 
 		 709 aa  1372    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0681  hypothetical protein  100 
 
 		 709 aa  1442    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2056  hypothetical protein  63.53 
 
 		 709 aa  885    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0300  hypothetical protein  47.8 
 
 		 719 aa  631  1e-179  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0133976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0417  peptidase M50  41.83 
 
 		 701 aa  507  9.999999999999999e-143  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1149  peptidase M50  41.35 
 
 		 714 aa  491  1e-137  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0472  peptidase M50  39.51 
 
 		 702 aa  492  1e-137  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0390  peptidase M50  39.72 
 
 		 707 aa  487  1e-136  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.270715  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0567  peptidase M50  39.86 
 
 		 701 aa  481  1e-134  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0147  peptidase M50  39.34 
 
 		 698 aa  480  1e-134  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0479  peptidase M50  38.66 
 
 		 701 aa  465  1e-129  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0670  peptidase M50  40.54 
 
 		 697 aa  462  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.726178  normal  0.0130371 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3180  peptidase M50  38.36 
 
 		 688 aa  449  1e-125  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0372  hypothetical protein  45.24 
 
 		 474 aa  436  1e-121  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.707522  normal  0.611726 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3741  HlyD domain-containing protein  38.74 
 
 		 720 aa  425  1e-117  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1674  peptidase M50  34.8 
 
 		 703 aa  413  1e-114  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.607865  normal  0.551659 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5411  putative membrane Zinc metallopeptidase, M50 family  37.77 
 
 		 699 aa  409  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000871616  normal  0.282869 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3074  peptidase M50  37.36 
 
 		 696 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.688769  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0925  M50 family peptidase  27.82 
 
 		 715 aa  196  1e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.135222  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3966  peptidase M50  26.28 
 
 		 741 aa  191  5e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.884919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1342  M50 family peptidase  28.14 
 
 		 714 aa  181  4e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1407  M50 family peptidase  27.92 
 
 		 720 aa  179  1e-43  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0619  M50 family peptidase  28.14 
 
 		 715 aa  160  7e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2399  M50 family peptidase  26.67 
 
 		 715 aa  159  2e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2176  M50 family peptidase  26.16 
 
 		 721 aa  155  2e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.510962  normal  0.28263 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3235  M50 family peptidase  24.87 
 
 		 711 aa  148  3e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.347928 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2358  peptidase, M50 family  26.08 
 
 		 715 aa  144  6e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.398035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2198  peptidase M50  27.85 
 
 		 720 aa  143  9.999999999999999e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0961426 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0366  peptidase M50  26.49 
 
 		 736 aa  130  1.0000000000000001e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4341  peptidase M50  24.05 
 
 		 367 aa  115  2.0000000000000002e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0325098  normal  0.460481 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0373  hypothetical protein  31.52 
 
 		 205 aa  93.2  2e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.5146 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1793  cyclic nucleotide-binding protein  29.17 
 
 		 1171 aa  90.9  8e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.18567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2624  cyclic nucleotide-binding protein  30.15 
 
 		 1177 aa  90.5  9e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2911  cyclic nucleotide-binding protein  32.31 
 
 		 1124 aa  85.9  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.965385  normal  0.0176228 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3220  sterol-regulatory element binding protein (SREBP) site 2 protease family protein  27.14 
 
 		 413 aa  79.3  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.496668  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3579  hypothetical protein  29.85 
 
 		 350 aa  78.2  0.0000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00448549  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2677  hypothetical protein  28.73 
 
 		 847 aa  76.3  0.000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2722  hypothetical protein  28.73 
 
 		 847 aa  76.3  0.000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0895227  normal  0.132345 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2708  hypothetical protein  28.73 
 
 		 844 aa  76.3  0.000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.577877 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33960  hypothetical protein  31.4 
 
 		 238 aa  70.5  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.331304  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4373  hypothetical protein  31.03 
 
 		 825 aa  67.8  0.0000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0921  hypothetical protein  32.52 
 
 		 398 aa  67.4  0.0000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2919  hypothetical protein  30.48 
 
 		 824 aa  66.6  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4351  cyclic nucleotide-binding protein  29.93 
 
 		 948 aa  67.4  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2293  hypothetical protein  34.43 
 
 		 838 aa  64.3  0.000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3233  hypothetical protein  29.85 
 
 		 812 aa  58.2  0.0000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5410  hypothetical protein  26.16 
 
 		 449 aa  56.6  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288703  normal  0.36048 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0926  GAF domain-containing protein  26.46 
 
 		 614 aa  55.8  0.000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1596  hypothetical protein  30.88 
 
 		 497 aa  55.8  0.000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.272119  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3238  RND family efflux transporter MFP subunit  27.81 
 
 		 368 aa  55.1  0.000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3073  hypothetical protein  25.86 
 
 		 448 aa  54.3  0.000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.880129  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2611  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.57 
 
 		 549 aa  54.3  0.000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3142  hypothetical protein  30.58 
 
 		 761 aa  53.1  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0154209  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0299  hypothetical protein  28.37 
 
 		 450 aa  53.1  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.251177  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2470  hypothetical protein  29.58 
 
 		 176 aa  52.8  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0418  membrane-fusion protein  27.04 
 
 		 436 aa  52  0.00004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.989546 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1234  RND family efflux transporter MFP subunit  29.56 
 
 		 359 aa  52  0.00004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.580475  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0680  hypothetical protein  25.35 
 
 		 451 aa  50.8  0.00009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2055  hypothetical protein  24.4 
 
 		 442 aa  50.1  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.31 
 
 		 351 aa  49.7  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6009  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.47 
 
 		 356 aa  49.3  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.359632  normal  0.895367 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0739  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.55 
 
 		 362 aa  48.5  0.0004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.941037  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3236  GAF domain-containing protein  23.61 
 
 		 578 aa  48.1  0.0005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.604941 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.68 
 
 		 361 aa  48.1  0.0005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3231  sterol-regulatory element binding protein  29.1 
 
 		 235 aa  47.8  0.0008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.329955  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1408  membrane-fusion protein-like  22.27 
 
 		 631 aa  47.4  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.382309  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1766  heavy metal efflux system protein, putative  26.29 
 
 		 376 aa  46.2  0.002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3176  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.88 
 
 		 426 aa  45.8  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0987  membrane fusion component of efflux system  25.66 
 
 		 246 aa  45.4  0.004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.872539  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5058  membrane protein; metalloprotease  26.42 
 
 		 224 aa  45.1  0.004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5073  membrane protein; metalloprotease  26.42 
 
 		 224 aa  45.4  0.004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0677  hypothetical protein  31.13 
 
 		 117 aa  45.1  0.004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616461 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0171  RND family efflux transporter MFP subunit  29.17 
 
 		 378 aa  44.7  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0579  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.14 
 
 		 362 aa  44.3  0.008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.087454  normal  0.0363138 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>