56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5411 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3074  peptidase M50  52.01 
 
 
696 aa  676    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.688769  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5411  putative membrane Zinc metallopeptidase, M50 family  100 
 
 
699 aa  1389    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000871616  normal  0.282869 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1149  peptidase M50  38.75 
 
 
714 aa  442  1e-123  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3180  peptidase M50  38.53 
 
 
688 aa  430  1e-119  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0417  peptidase M50  39.26 
 
 
701 aa  427  1e-118  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0681  hypothetical protein  37.77 
 
 
709 aa  425  1e-117  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2056  hypothetical protein  39.97 
 
 
709 aa  414  1e-114  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0300  hypothetical protein  36.36 
 
 
719 aa  411  1e-113  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0133976  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0909  hypothetical protein  38.43 
 
 
709 aa  411  1e-113  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1674  peptidase M50  35.03 
 
 
703 aa  398  1e-109  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.607865  normal  0.551659 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3741  HlyD domain-containing protein  39.26 
 
 
720 aa  387  1e-106  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0472  peptidase M50  35.29 
 
 
702 aa  371  1e-101  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0147  peptidase M50  36.99 
 
 
698 aa  368  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0390  peptidase M50  35.39 
 
 
707 aa  361  2e-98  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.270715  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0567  peptidase M50  35.41 
 
 
701 aa  361  2e-98  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0670  peptidase M50  36.94 
 
 
697 aa  362  2e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.726178  normal  0.0130371 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0479  peptidase M50  35.12 
 
 
701 aa  357  3.9999999999999996e-97  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0372  hypothetical protein  42.76 
 
 
474 aa  346  1e-93  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.707522  normal  0.611726 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1407  M50 family peptidase  26.09 
 
 
720 aa  182  2e-44  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3966  peptidase M50  26.76 
 
 
741 aa  155  2e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.884919  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1342  M50 family peptidase  25.83 
 
 
714 aa  154  8e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0925  M50 family peptidase  24.74 
 
 
715 aa  152  2e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.135222  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0619  M50 family peptidase  28.84 
 
 
715 aa  138  4e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2358  peptidase, M50 family  27.69 
 
 
715 aa  137  8e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.398035  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2399  M50 family peptidase  26.92 
 
 
715 aa  137  8e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0366  peptidase M50  27.94 
 
 
736 aa  134  3.9999999999999996e-30  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2198  peptidase M50  25.47 
 
 
720 aa  132  2.0000000000000002e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0961426 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3235  M50 family peptidase  24.15 
 
 
711 aa  120  7.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.347928 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4341  peptidase M50  25.97 
 
 
367 aa  103  1e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0325098  normal  0.460481 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2176  M50 family peptidase  24.68 
 
 
721 aa  100  7e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.510962  normal  0.28263 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1793  cyclic nucleotide-binding protein  35.9 
 
 
1171 aa  83.6  0.00000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.18567  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3220  sterol-regulatory element binding protein (SREBP) site 2 protease family protein  25.51 
 
 
413 aa  82  0.00000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.496668  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2624  cyclic nucleotide-binding protein  35.26 
 
 
1177 aa  81.3  0.00000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2911  cyclic nucleotide-binding protein  36.84 
 
 
1124 aa  80.1  0.0000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.965385  normal  0.0176228 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3579  hypothetical protein  22.33 
 
 
350 aa  71.6  0.00000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00448549  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4373  hypothetical protein  31.72 
 
 
825 aa  71.2  0.00000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33960  hypothetical protein  36.72 
 
 
238 aa  67.8  0.0000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.331304  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0373  hypothetical protein  27.14 
 
 
205 aa  67  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.5146 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2708  hypothetical protein  28.77 
 
 
844 aa  65.1  0.000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.577877 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2722  hypothetical protein  28.77 
 
 
847 aa  64.7  0.000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0895227  normal  0.132345 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2677  hypothetical protein  28.77 
 
 
847 aa  64.7  0.000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2293  hypothetical protein  28.38 
 
 
838 aa  63.9  0.000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4351  cyclic nucleotide-binding protein  30.71 
 
 
948 aa  63.2  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0921  hypothetical protein  28.95 
 
 
398 aa  62  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1596  hypothetical protein  28.03 
 
 
497 aa  61.6  0.00000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.272119  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2919  hypothetical protein  25.95 
 
 
824 aa  60.1  0.0000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3142  hypothetical protein  29.55 
 
 
761 aa  58.9  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0154209  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3233  hypothetical protein  30.89 
 
 
812 aa  54.7  0.000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.27 
 
 
361 aa  50.8  0.00008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2586  peptidase M50  31.25 
 
 
398 aa  48.9  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0867548  normal  0.103168 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2470  hypothetical protein  25.95 
 
 
176 aa  48.5  0.0004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3230  sterol-regulatory element binding protein  27.88 
 
 
171 aa  47.4  0.0008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.258333  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2431  peptidase M50  29.88 
 
 
410 aa  47.4  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0730109  normal  0.718016 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3231  sterol-regulatory element binding protein  39.66 
 
 
235 aa  45.8  0.003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.329955  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1032  peptidase M50  30.97 
 
 
395 aa  45.1  0.005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.0615226 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0487  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.66 
 
 
360 aa  44.7  0.006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>