More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2620 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_2620  ribulose-phosphate 3-epimerase  100 
 
 		 233 aa  473  1e-132  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.498011  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2218  ribulose-phosphate 3-epimerase  92.7 
 
 		 233 aa  419  1e-116  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3689  ribulose-phosphate 3-epimerase  85.41 
 
 		 232 aa  395  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1614  ribulose-phosphate 3-epimerase  88.26 
 
 		 231 aa  378  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.987779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5332  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  86.27 
 
 		 233 aa  372  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.137752  normal  0.671613 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4340  Ribulose-phosphate 3-epimerase  82.61 
 
 		 232 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1771  ribulose-phosphate 3-epimerase  84.75 
 
 		 232 aa  365  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.617739 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2376  ribulose-phosphate 3-epimerase  69.51 
 
 		 225 aa  332  3e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1489  ribulose-phosphate 3-epimerase  70.27 
 
 		 226 aa  329  2e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0453865 
 
 
-
 
NC_004310  BR0850  ribulose-phosphate 3-epimerase  70.28 
 
 		 225 aa  322  2e-87  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0842  ribulose-phosphate 3-epimerase  69.81 
 
 		 225 aa  320  9.000000000000001e-87  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.804917  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0954  Ribulose-phosphate 3-epimerase  68.78 
 
 		 227 aa  315  3e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.516916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1739  ribulose-phosphate 3-epimerase  66.37 
 
 		 227 aa  308  5.9999999999999995e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.178471  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2419  ribulose-phosphate 3-epimerase  66.06 
 
 		 225 aa  304  6e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.176106  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5429  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.49 
 
 		 227 aa  303  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1918  Ribulose-phosphate 3-epimerase  66.52 
 
 		 225 aa  301  6.000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.301545  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0991  ribulose-phosphate 3-epimerase  68.78 
 
 		 234 aa  301  8.000000000000001e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.459485 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0005  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  70.05 
 
 		 223 aa  300  1e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.591326  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2125  ribulose-phosphate 3-epimerase  66.06 
 
 		 225 aa  298  5e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00642843 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0932  Ribulose-phosphate 3-epimerase  70.67 
 
 		 227 aa  286  1e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.327749  normal  0.83421 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0454  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  62.22 
 
 		 243 aa  285  4e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0801863 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1941  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  63.76 
 
 		 220 aa  280  1e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1024  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.41 
 
 		 225 aa  280  2e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1198  Ribulose-phosphate 3-epimerase  72.77 
 
 		 227 aa  278  7e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00622607 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0856  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.19 
 
 		 230 aa  277  1e-73  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0271981  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1430  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.68 
 
 		 236 aa  276  2e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0377706 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3927  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.68 
 
 		 228 aa  275  4e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2864  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  60.68 
 
 		 236 aa  275  4e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4780  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.02 
 
 		 221 aa  274  9e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.833549 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3557  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.25 
 
 		 228 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0104  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  64.02 
 
 		 219 aa  273  2.0000000000000002e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3710  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  57.4 
 
 		 226 aa  271  9e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0845805 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2572  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.19 
 
 		 244 aa  269  2e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.712481  normal  0.356706 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2925  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  63.13 
 
 		 219 aa  268  4e-71  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1512  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.08 
 
 		 236 aa  268  5.9999999999999995e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.659208  normal  0.0217297 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2606  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.18 
 
 		 236 aa  263  1e-69  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.203389 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3006  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.25 
 
 		 232 aa  262  4e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3128  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.3 
 
 		 223 aa  261  6e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0827  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.08 
 
 		 225 aa  261  8.999999999999999e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0790  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  58.18 
 
 		 226 aa  260  1e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0022  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.5 
 
 		 223 aa  259  3e-68  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5270  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.02 
 
 		 235 aa  258  5.0000000000000005e-68  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.12238 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3649  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  58.96 
 
 		 224 aa  257  1e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1619  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.36 
 
 		 234 aa  254  6e-67  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1646  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.36 
 
 		 234 aa  254  6e-67  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4675  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.02 
 
 		 235 aa  253  2.0000000000000002e-66  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0604  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.46 
 
 		 247 aa  252  3e-66  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000939667  normal  0.65152 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1252  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.56 
 
 		 227 aa  251  6e-66  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16821  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.39 
 
 		 264 aa  251  1e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0626  Ribulose-phosphate 3-epimerase  55.96 
 
 		 225 aa  249  2e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.132839 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3229  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.72 
 
 		 235 aa  249  4e-65  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.247025  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3971  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  56.5 
 
 		 224 aa  248  4e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0517248  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1322  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.57 
 
 		 220 aa  249  4e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.307834  hitchhiker  0.00000000745159 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09961  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.16 
 
 		 221 aa  246  2e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.469289  normal  0.317171 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1996  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.72 
 
 		 238 aa  245  4e-64  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1230  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.16 
 
 		 221 aa  243  1.9999999999999999e-63  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.942402  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3247  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.14 
 
 		 220 aa  240  2e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2848  Ribulose-phosphate 3-epimerase  57.14 
 
 		 220 aa  240  2e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.19951  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3902  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.1 
 
 		 214 aa  238  5e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000909006  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3711  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.1 
 
 		 214 aa  238  5e-62  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000326882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3601  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.1 
 
 		 214 aa  238  5e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000335974  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3619  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.1 
 
 		 214 aa  238  5e-62  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000498078  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3998  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.1 
 
 		 214 aa  238  5e-62  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000394109  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3874  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.1 
 
 		 214 aa  238  5e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9214700000000005e-28 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3908  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.1 
 
 		 214 aa  238  5e-62  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456124  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2512  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.1 
 
 		 214 aa  238  8e-62  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000411423  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1716  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.38 
 
 		 218 aa  237  1e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4082  Ribulose-phosphate 3-epimerase  55.95 
 
 		 224 aa  237  1e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.349999  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4115  Ribulose-phosphate 3-epimerase  55.95 
 
 		 224 aa  237  1e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0155127  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0447  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.5 
 
 		 230 aa  236  2e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.423262  normal  0.174808 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3959  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.6 
 
 		 214 aa  236  2e-61  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130124  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3683  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.6 
 
 		 214 aa  236  2e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00141472  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1069  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.08 
 
 		 221 aa  236  3e-61  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0240  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.76 
 
 		 221 aa  234  6e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1537  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.19 
 
 		 222 aa  234  7e-61  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2484  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.34 
 
 		 220 aa  234  8e-61  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1284  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.09 
 
 		 214 aa  234  8e-61  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000283492  hitchhiker  0.00041943 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2590  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.92 
 
 		 234 aa  234  9e-61  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0691249  normal  0.0209735 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0307  Ribulose-phosphate 3-epimerase  55.05 
 
 		 223 aa  233  2.0000000000000002e-60  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2043  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.3 
 
 		 211 aa  233  2.0000000000000002e-60  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2402  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  54.87 
 
 		 228 aa  230  1e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3842  Ribulose-phosphate 3-epimerase  57.79 
 
 		 224 aa  230  1e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0107323  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1911  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.46 
 
 		 230 aa  229  4e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.822201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0536  Ribulose-phosphate 3-epimerase  55.39 
 
 		 221 aa  228  6e-59  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3527  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.07 
 
 		 221 aa  228  6e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3593  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.07 
 
 		 221 aa  228  6e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_32100  predicted protein  54.46 
 
 		 265 aa  228  7e-59  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0416889  normal  0.0231462 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2051  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.17 
 
 		 224 aa  227  1e-58  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.623176  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1959  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.06 
 
 		 218 aa  227  1e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2696  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.15 
 
 		 227 aa  226  2e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2756  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.26 
 
 		 241 aa  226  2e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0067  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  59.26 
 
 		 221 aa  226  2e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3121  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.68 
 
 		 241 aa  226  2e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.798582  normal  0.13274 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5433  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.42 
 
 		 219 aa  226  2e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.591445  normal  0.901905 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1586  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.85 
 
 		 219 aa  227  2e-58  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.134483  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0576  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  54.82 
 
 		 220 aa  226  2e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.885825  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0491  Ribulose-phosphate 3-epimerase  53.47 
 
 		 221 aa  225  4e-58  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3999  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.77 
 
 		 224 aa  224  9e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.79681 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2879  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.69 
 
 		 242 aa  224  1e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.403873  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4611  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.67 
 
 		 224 aa  224  1e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>