More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1614 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_1614  ribulose-phosphate 3-epimerase  100 
 
 
231 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.987779  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2620  ribulose-phosphate 3-epimerase  88.26 
 
 
233 aa  412  1e-114  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.498011  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3689  ribulose-phosphate 3-epimerase  87.39 
 
 
232 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4340  Ribulose-phosphate 3-epimerase  88.16 
 
 
232 aa  390  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1771  ribulose-phosphate 3-epimerase  89.09 
 
 
232 aa  384  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.617739 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2218  ribulose-phosphate 3-epimerase  85.22 
 
 
233 aa  381  1e-105  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5332  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  87.39 
 
 
233 aa  369  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.137752  normal  0.671613 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1489  ribulose-phosphate 3-epimerase  69.82 
 
 
226 aa  319  1.9999999999999998e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0453865 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2376  ribulose-phosphate 3-epimerase  67.57 
 
 
225 aa  319  1.9999999999999998e-86  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1739  ribulose-phosphate 3-epimerase  68.58 
 
 
227 aa  315  4e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.178471  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0850  ribulose-phosphate 3-epimerase  68.87 
 
 
225 aa  313  9.999999999999999e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0842  ribulose-phosphate 3-epimerase  68.4 
 
 
225 aa  311  4.999999999999999e-84  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.804917  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0954  Ribulose-phosphate 3-epimerase  67.42 
 
 
227 aa  307  8e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.516916  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5429  ribulose-phosphate 3-epimerase  66.81 
 
 
227 aa  305  5.0000000000000004e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0005  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  70.51 
 
 
223 aa  304  7e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.591326  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2419  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.33 
 
 
225 aa  302  2.0000000000000002e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.176106  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1918  Ribulose-phosphate 3-epimerase  66.06 
 
 
225 aa  298  4e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.301545  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2125  ribulose-phosphate 3-epimerase  66.06 
 
 
225 aa  298  5e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00642843 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0991  ribulose-phosphate 3-epimerase  67.42 
 
 
234 aa  293  2e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.459485 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0932  Ribulose-phosphate 3-epimerase  69.71 
 
 
227 aa  283  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.327749  normal  0.83421 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0454  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  61.3 
 
 
243 aa  283  2.0000000000000002e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0801863 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4780  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.49 
 
 
221 aa  280  1e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.833549 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1430  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.61 
 
 
236 aa  279  2e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0377706 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1941  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  62.39 
 
 
220 aa  278  4e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2864  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  61.61 
 
 
236 aa  278  5e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1024  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.89 
 
 
225 aa  278  7e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0856  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.83 
 
 
230 aa  276  2e-73  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0271981  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0104  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  63.08 
 
 
219 aa  273  1.0000000000000001e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3557  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.61 
 
 
228 aa  271  6e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1198  Ribulose-phosphate 3-epimerase  71.78 
 
 
227 aa  271  8.000000000000001e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00622607 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1512  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.4 
 
 
236 aa  271  9e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.659208  normal  0.0217297 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2606  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.54 
 
 
236 aa  270  2e-71  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.203389 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3927  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.12 
 
 
228 aa  269  2e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3710  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  56.64 
 
 
226 aa  266  2e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0845805 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1619  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.37 
 
 
234 aa  265  5e-70  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1646  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.37 
 
 
234 aa  265  5e-70  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3128  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.14 
 
 
223 aa  264  1e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0022  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.25 
 
 
223 aa  262  3e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2572  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.29 
 
 
244 aa  262  3e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.712481  normal  0.356706 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3006  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.76 
 
 
232 aa  260  1e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0790  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  57.8 
 
 
226 aa  259  2e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2925  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  60.83 
 
 
219 aa  259  3e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5270  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.82 
 
 
235 aa  259  4e-68  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.12238 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4675  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.28 
 
 
235 aa  257  1e-67  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0827  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.59 
 
 
225 aa  256  2e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0604  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.85 
 
 
247 aa  256  3e-67  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000939667  normal  0.65152 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3229  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.28 
 
 
235 aa  255  4e-67  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.247025  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3649  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  61.93 
 
 
224 aa  252  3e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1252  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.36 
 
 
227 aa  251  5.000000000000001e-66  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16821  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.5 
 
 
264 aa  248  4e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1996  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.52 
 
 
238 aa  248  7e-65  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09961  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.71 
 
 
221 aa  247  9e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.469289  normal  0.317171 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1230  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.41 
 
 
221 aa  244  9.999999999999999e-64  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.942402  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1322  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.72 
 
 
220 aa  243  1.9999999999999999e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.307834  hitchhiker  0.00000000745159 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0626  Ribulose-phosphate 3-epimerase  55.5 
 
 
225 aa  243  1.9999999999999999e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.132839 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3971  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  56.05 
 
 
224 aa  242  5e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0517248  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2590  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.92 
 
 
234 aa  236  3e-61  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0691249  normal  0.0209735 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2484  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.74 
 
 
220 aa  235  4e-61  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4115  Ribulose-phosphate 3-epimerase  56.64 
 
 
224 aa  234  8e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0155127  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4082  Ribulose-phosphate 3-epimerase  56.64 
 
 
224 aa  234  8e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.349999  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3247  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.76 
 
 
220 aa  234  1.0000000000000001e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2848  Ribulose-phosphate 3-epimerase  55.76 
 
 
220 aa  234  1.0000000000000001e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.19951  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1716  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.84 
 
 
218 aa  232  4.0000000000000004e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1537  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.77 
 
 
222 aa  231  9e-60  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0447  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.5 
 
 
230 aa  230  1e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.423262  normal  0.174808 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0307  Ribulose-phosphate 3-epimerase  53.67 
 
 
223 aa  229  3e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2302  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.31 
 
 
231 aa  228  6e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.492163  hitchhiker  0.000182482 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0240  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.3 
 
 
221 aa  227  1e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_32100  predicted protein  52.53 
 
 
265 aa  227  1e-58  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0416889  normal  0.0231462 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1951  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.25 
 
 
229 aa  227  1e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1069  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.05 
 
 
221 aa  227  1e-58  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1327  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.31 
 
 
217 aa  226  2e-58  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2043  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.94 
 
 
211 aa  224  7e-58  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3619  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.06 
 
 
214 aa  224  8e-58  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000498078  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3842  Ribulose-phosphate 3-epimerase  56.28 
 
 
224 aa  224  8e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0107323  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1284  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.06 
 
 
214 aa  223  1e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000283492  hitchhiker  0.00041943 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3902  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.06 
 
 
214 aa  224  1e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000909006  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3711  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.06 
 
 
214 aa  224  1e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000326882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3601  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.06 
 
 
214 aa  224  1e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000335974  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3908  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.06 
 
 
214 aa  224  1e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456124  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3998  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.06 
 
 
214 aa  224  1e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000394109  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1959  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.07 
 
 
218 aa  223  1e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3874  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.06 
 
 
214 aa  224  1e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9214700000000005e-28 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2696  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.39 
 
 
227 aa  224  1e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0463  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.39 
 
 
227 aa  223  2e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2512  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.06 
 
 
214 aa  223  2e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000411423  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2907  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.94 
 
 
243 aa  222  3e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3959  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.56 
 
 
214 aa  222  3e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130124  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0566  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.11 
 
 
224 aa  222  4e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3494  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.39 
 
 
238 aa  221  6e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00334689  hitchhiker  0.000085645 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2756  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.79 
 
 
241 aa  221  7e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1586  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.33 
 
 
219 aa  221  7e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.134483  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3121  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.21 
 
 
241 aa  221  8e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.798582  normal  0.13274 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0576  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  53.81 
 
 
220 aa  221  8e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.885825  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2051  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.69 
 
 
224 aa  221  9e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.623176  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1981  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.73 
 
 
236 aa  220  9.999999999999999e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.564168  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4611  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.67 
 
 
224 aa  220  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3683  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.05 
 
 
214 aa  220  9.999999999999999e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00141472  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2446  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  51.71 
 
 
239 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.87044 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0491  Ribulose-phosphate 3-epimerase  51.98 
 
 
221 aa  220  1.9999999999999999e-56  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>